Tar-sgrìobhadh Spàsail BMKMANU S1000
Sgeama Teicnigeach Transcriptome Spàs BMKMANU S1000
Feartan
● Resolution: 5 µM
● Trast-thomhas spot: 2.5 µM
● Àireamh de spotan: mu 2 Million
● 3 cruthan àite glacaidh comasach: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm no 15 mm * 20 mm
● Tha gach grìogag le còd-barra air a luchdachadh le primers air a dhèanamh suas de 4 earrannan:
earball poly(dT) airson priming mRNA agus synthesis cDNA
Aithniche Molecular Sònraichte (UMI) gus claonadh leudachaidh a cheartachadh
Còd-barra spàsail
Sreath ceangail de phìos leughaidh 1 ann an sreath primer
● H&E agus staining fluorescent earrannan
● Comasach air a chleachdadhteicneòlas sgaradh cealla: amalachadh staining H&E, staining fluorescent, agus sreath RNA gus crìochan gach cealla a dhearbhadh agus faireachdainn gine a shònrachadh gu ceart do gach cealla.
Buannachdan BMKMANU S1000
●Fuasgladh fo-cheallach: Anns gach raon glacaidh bha> 2 mhillean spotan còd-barra spàsail le trast-thomhas de 2.5 µm agus beàrn de 5 µm eadar ionadan spot, a’ comasachadh mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh spàsail le rùn fo-cheallach (5 µm).
●Mion-sgrùdadh Fuasglaidh Ioma-ìre:Mion-sgrùdadh sùbailte ioma-ìre eadar 100 μm gu 5 μm gus feartan eadar-mheasgte fhuasgladh aig an rùn as fheàrr.
● Comasach air Teicneòlas Segmentation Cell “Trì ann an aon” a chleachdadh:A’ cothlamadh staining fluorescence, staining H&E, agus sreath RNA air aon shleamhnag, tha an algairim sgrùdaidh “trì-ann-aon” againn a’ toirt cumhachd do chomharrachadh crìochan cealla airson tar-sgrìobhaidhean stèidhichte air cealla às deidh sin.
●Co-chòrdail ri àrd-ùrlaran sreath ioma-sheòrsach: An dà chuid NGS agus sreath fhada-leughaidh ri fhaighinn.
●Dealbhadh sùbailte de raon glacaidh gnìomhach 1-8: Tha meud an raon glacaidh sùbailte, le bhith comasach air 3 chruthan a chleachdadh (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm agus 15 mm * 20 mm)
●Seirbheis aon-stad: Bidh e a’ fighe a-steach a h-uile eòlas agus ceum stèidhichte air sgil, a’ gabhail a-steach cryo-section, staining, optimization maothraidh, còd-barra spàsail, ullachadh leabharlainn, sreath, agus bioinformatics.
●Bith-fiosrachadh coileanta agus sealladh de thoraidhean a tha furasta a chleachdadh:Tha am pasgan a’ toirt a-steach 29 mion-sgrùdaidhean agus 100+ figearan àrd-inbhe, còmhla ri cleachdadh bathar-bog leasaichte a-staigh gus sgoltadh cealla agus cruinneachadh spot fhaicinn agus a ghnàthachadh.
●Mion-sgrùdadh Dàta Gnàthaichte agus Lèirsinn: ri fhaotainn airson diofar iarrtasan rannsachaidh
●Sgioba Teicnigeach air leth sgileil: le eòlas ann an còrr air 250 seòrsa clò agus 100+ gnè a’ toirt a-steach daoine, luchag, mamalan, iasg agus lusan.
●Ùrachaidhean fìor-ùine air a’ phròiseact gu lèir: le làn smachd air adhartas deuchainneach.
●Co-sgrùdadh Roghainneil le Seicheamh mRNA aon-chealla
Sònrachaidhean seirbheis
|
Sampall Riatanasan
| Leabharlann |
Ro-innleachd sreathach
| Dàta air a mholadh | Smachd Càileachd |
| Sampall cryo freumhaichte OCT, 3 blocaichean gach sampall | S1000 cDNA leabharlann | Illumina PE150 (àrd-ùrlaran eile rim faighinn) | Leughadh 100K PE gach 100 uM (60-150 Gb) | RIN> 7 |
Airson tuilleadh fiosrachaidh mu stiùireadh ullachaidh sampall agus sruth-obrach seirbheis, faodaidh tu bruidhinn ri aeòlaiche BMKGENE
Sruth Obrach Seirbheis
Anns an ìre ullachaidh sampall, thèid deuchainn às-tharraing RNA tùsail a dhèanamh gus dèanamh cinnteach gum faighear RNA de chàileachd àrd. Anns an ìre optimization clò tha na h-earrannan air an dath agus air am fradharc agus tha na suidheachaidhean permeabilization airson leigeil ma sgaoil mRNA bho clò air an ùrachadh. Tha am protocol làn-leasaichte an uairsin air a chuir an sàs aig àm togail leabharlainn, air a leantainn le òrdugh agus mion-sgrùdadh dàta.
Tha an sruth-obrach seirbheis iomlan a’ toirt a-steach ùrachaidhean fìor-ùine agus dearbhaidhean teachdaiche gus lùb fios-air-ais freagairteach a chumail suas, a’ dèanamh cinnteach gun tèid pròiseict a chuir an gnìomh gu rèidh.
Tha an dàta a chaidh a chruthachadh le BMKMANU S1000 air a mhion-sgrùdadh a’ cleachdadh am bathar-bog “BSTMatrix”, a tha air a dhealbhadh gu neo-eisimeileach le BMKGENE, a’ gineadh Gene Expression Matrix. Às an sin, thèid aithisg àbhaisteach a chruthachadh a tha a’ toirt a-steach smachd càileachd dàta, mion-sgrùdadh sampall a-staigh agus mion-sgrùdadh eadar-bhuidhnean.
● Smachd Càileachd Dàta:
Toradh dàta agus cuairteachadh sgòr càileachd
Dearbhadh gine gach spot
Còmhdach maothran
● Mion-sgrùdadh sampall a-staigh:
Saibhreas gine
Cruinneachadh spot, a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh meud nas lugha
Mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte eadar cruinneachaidhean: comharrachadh ginean comharrachaidh
Mìneachadh gnìomh agus beairteas de ghinean comharrachaidh
● Mion-sgrùdadh eadar-buidhne:
Ath-chur còmhla spotan bhon dà shampall (me galair agus smachd) agus ath-chruinneachadh
Comharrachadh ghinean comharrachaidh airson gach buidheann
Mìneachadh gnìomh agus beairteas de ghinean comharrachaidh
Eadar-dhealaichte Cur an cèill an aon bhuidheann eadar buidhnean
A bharrachd air an sin, leasaich BMKGENE “BSTViewer” na inneal a tha furasta a chleachdadh a leigeas leis an neach-cleachdaidh sealladh gine fhaicinn agus cnuasachadh fhaicinn aig diofar rùintean.
Leasaich BMKGene bathar-bog airson sealladh furasta a chleachdadh
Cruinneachadh spot BSViewer aig rùn ioma-ìre
BSTCellViewer: sgoltadh cealla fèin-ghluasadach agus làimhe
Mion-sgrùdadh sampall a-staigh
Cruinneachadh spot:
Comharrachadh ghinean comharrachaidh agus cuairteachadh spàsail:
Mion-sgrùdadh eadar-buidhne
Cothlamadh dàta bhon dà bhuidheann agus ath-chruinneachadh:
Gineadan comharrachaidh de chruinneachaidhean ùra:
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a chaidh a dhèanamh le seirbheisean tar-sgrìobhaidh spàsail BMKGene leis an teicneòlas BMKManu S1000 anns an fhoillseachadh ainmeil seo:
Òran, X. et al. (2023) 'Tha transcriptomics spàsail a' nochdadh ceallan clorenchyma a tha air an adhbhrachadh le solas a tha an sàs ann a bhith a 'brosnachadh ath-nuadhachadh shoots ann an tomato callus',Gnìomhan Acadamaidh Nàiseanta nan Saidheansan anns na Stàitean Aonaichte, 120(38), td. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Tha thu, Y. et al. (2023) 'Coimeas eagarach de dhòighean tar-sgrìobhaidh spàsail stèidhichte air sreath',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
