16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Feartan seirbheis
● Àrd-ùrlar sreathachaidh: Illumina NovaSeq.
● Meudachadh air roinnean goirid de 16S, 18S agus ITS, am measg targaidean leudachaidh eile.
● Roghainnean sùbailte de amplicon.
● Eòlas pròiseict roimhe le grunn thargaidean leudachaidh.
Buannachdan seirbheis
●Gun aonaranachd:Comharrachadh luath air co-dhèanamh microbial ann an sampallan àrainneachd.
●Fuasgladh àrd: Ann an co-phàirtean ìosal ann an sampallan àrainneachd.
●Gu farsaing iomchaidh: Sgrùdaidhean coimhearsnachd microbial eadar-dhealaichte.
●Mion-sgrùdadh Bioinformatics coileanta: Am pasgan QIIME2 as ùire (sealladh cainneachdail air eag-eòlas microbial) le mion-sgrùdaidhean eadar-mheasgte a thaobh stòr-dàta, nota, OTU / ASV.
●Eòlas farsaing: Le 150 mìle pròiseact seicheamh amplicon air an dèanamh gach bliadhna, bidh BMKGENE a’ toirt còrr air deich bliadhna de eòlas, sgioba sgrùdaidh sgileil, susbaint coileanta, agus taic iar-reic sàr-mhath.
Sònrachaidhean seirbheis
| Leabharlann | Ro-innleachd sreathachaidh | Dàta air a mholadh |
| Amplicon | Dealbh PE250 | 50/100/300K tags (Leugh paidhir) |
Riatanasan Seirbheis
| dùmhlachd (ng/µL) | Suim iomlan (ng) | Meud (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Ùir/sloc: 1-2g
● Intestinal susbaint-beathach: 0.5-2g
● Intestinal susbaint-bhiastag: 0.1-0.25g
● Uachdar lusan (grùid saidhbhir): 0.1-0.5g
● Broth fermentation grùid saidhbhir): 0.1-0.5g
● Faeces (beathaichean mòra): 0,5-2g
● Faeces (luchag): 3-5grains
● Leudachadh lavage alveolar cnuimheach: pàipear sìoltachain
● Vaginal swab: 5-6 swabs
● swab craiceann / ginideach / seile / clò bog beòil / swab pharyngeal / swab ceartail: 2-3 swabs
● Microorganisms uachdar: pàipear sìoltachain
● Corp uisge/adhar/biofilm: pàipear sìoltachain
● Endophytes: 1-2g
● Plac fiaclaireachd: 0.5-1g
Sruth Obrach Seirbheis
Eisimpleir lìbhrigeadh
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
A’ toirt a-steach an anailis a leanas:
- Smachd càileachd dàta amh
- Cruinneachadh OTU / De-fuaim (ASV)
- Mìneachadh OTU
- Mion-sgrùdadh iomadachd Alpha: ioma-chlàran-amais, a’ gabhail a-steach Shannon, Simpson agus ACE.
- Mion-sgrùdadh iomadachd beta
- Mion-sgrùdadh eadar-buidhne
- Mion-sgrùdadh co-dhàimh: eadar factaran àrainneachd agus co-dhèanamh agus iomadachd OUT
- Ro-innse gine gnìomh 16S
Histogram de sgaoileadh tacsonomaigeach
mapa teas cruinneachadh pailteas tacsonomaigeach
Mion-sgrùdadh iomadachd Alpha: lùb rarefaction
mion-sgrùdadh iomadachd beta: NMDS
Mion-sgrùdadh eadar-bhuidhnean: lorg biomarker LEFSE
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a chaidh a dhèanamh le seirbheisean seicheamh amplicon BMKGene le Illumina tro chruinneachadh de fhoillseachaidhean curanta.
Dong, C. et al. (2022) 'Co-chruinneachadh, Prìomh Microbiota, agus Gnìomh an ùir rhizosphere agus microbiota rùsg ann an Eucommia ulmoides', Crìochan ann am Microbio-eòlas, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Tar-chur co-bhanntachd bactaraidh synthetach airson làimhseachadh vaginosis bacterial air a bhrosnachadh le Gardnerella vaginalis ann an luchagan', Microbiome, 11(1), td. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. agus Liu, H. (2022) 'Microbiomes de dhuslach èadhair a chaidh a chruinneachadh tron deuchainn taic beatha bioregenerative dùinte stèidhichte air an talamh "Lunar Palace 365",', Microbiomes Àrainneachdail, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) ‘Pailteas de ghinean gnìomh a tha an urra ri stoc beathachaidh co-cheangailte ri cruth-atharrachadh nitrigin fo smachd call nitrogen ann an todhar’, Bioresource Technology, 361, td. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
