Seicheamhú blúire aimplithe ar leith-locus (SLAF-seq)
Sreabhadh oibre
Scéim theicniúil
Gnéithe seirbhíse
● Seicheamhú ar Novaseq le PE150.
● Ullmhú na leabharlainne le barrachód dúbailte, rud a chumasaíonn níos mó ná 1000 sampla a chomhthiomsú.
● Is féidir an teicníc seo a úsáid le géanóm tagartha nó gan é, le píblínte bithfhaisnéiseacha éagsúla do gach cás:
Le Géanóm Tagartha: SNP agus Fionnachtain Indel
Gan Géanóm Tagartha: Cnuasú Samplach agus Fionnachtain SNP
● Sai silicoCÉIM RÉAMHRÁ Déantar teaglaim il-srianta ar einsím a scagadh chun teacht ar na cinn a ghineann dáileadh aonfhoirmeach clibeanna SLAF feadh an ghéanóim.
● Le linn na réamh-thurgnaimh, déantar trí chomhcheangal einsím a thástáil i dtrí shampla chun 9 leabharlann SLAF a ghiniúint, agus baintear úsáid as an bhfaisnéis seo chun an teaglaim einsím srianta is fearr a roghnú don tionscadal.
Buntáistí Seirbhíse
●Fionnachtain ard -mharcála géiniteach.
● Spleáchas íseal ar an ngéanóm: Is féidir é a chur i bhfeidhm ar speicis le géanóm tagartha nó gan é.
●Dearadh scéime solúbtha: Is féidir aon einsím, dé-einsím, díleá il-einsím, agus cineálacha éagsúla einsímí a roghnú chun freastal ar spriocanna nó speicis taighde éagsúla. Ani silicoDéantar réamhdhearadh chun dearadh einsím is fearr a chinntiú.
● Ard -éifeachtúlacht i ndíleá einsímeach: Seoladh ani silicoRéamhdhearadh agus réamh-turgnamh cinnte an dearadh is fearr le dáileadh clibeanna SLAF fiú ar an gcrómasóim (1 SLAF TAG/4KB) agus seicheamh athchleachtach laghdaithe (<5%).
●Saineolas fairsing: Tugann ár bhfoireann saibhreas taithí do gach tionscadal, le cuntas teiste ar níos mó ná 5000 tionscadal SLAF-Seq a dhúnadh ar na céadta speiceas, lena n-áirítear plandaí, mamaigh, éin, feithidí, agus orgánaigh uisceacha.
● Sreabhadh oibre bithfhaisnéiseach féinfhorbartha.
Sonraíochtaí seirbhíse
| An cineál anailíse | Scála daonra molta | Straitéis seicheamhaithe | |
| Doimhneacht seicheamhú clib | Clib uimhir | ||
| Léarscáileanna géiniteacha | 2 thuismitheoir agus> 150 sliocht | Tuismitheoirí: 20x WGS Físeán: 10x | Méid an ghéanóim: <400 MB: Moltar WGS <1GB: Clibeanna 100K 1-2GB :: Clibeanna 200k > 2GB: clibeanna 300k Clibeanna 500k uasmhéid |
| Staidéir Chumainn ar fud an Ghéanóim (GWAS) | ≥200 sampla | 10x | |
| Éabhlóid ghéiniteach | ≥30 sampla, le> 10 sampla ó gach foghrúpa | 10x | |
Riachtanas seirbhíse
Tiúchan ≥ 5 ng/µl
Méid iomlán ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5
Glóthach agarose: gan aon díghrádú nó éilliú teoranta nó éillithe
Seachadadh samplach molta
Coimeádán: 2 feadán lártheifneoir ml
(Don chuid is mó de na samplaí, molaimid gan caomhnú in eatánól)
Lipéadú Samplach: Ní mór na samplaí a lipéadú go soiléir agus comhionann le foirm faisnéise samplach a cuireadh isteach.
Loingsiú: Ice-Ice: Ní mór samplaí a phacáil i málaí ar dtús agus iad a adhlacadh i oighear tirim.
Sreabhán oibre
QC samplach
Turgnamh píolótach
Slaf-turgnamh
Ullmhúchán leabharlainne
Seicheamhú
Anailís ar shonraí
Seirbhísí tar éis díol
Áirítear leis an anailís seo a leanas:
- Sonraí seicheamhaithe QC
- Forbairt Clib SLAF
Mapáil chun tagairt a dhéanamh do ghéanóm
Gan géanóm tagartha: cnuasach
- Anailís ar chlibeanna SLAF.: Staitisticí, dáileadh ar fud an ghéanóim
- Fionnachtain Marker: SNP, INDEL, SNV, CV Calling and Recorution
Dáileadh clibeanna SLAF ar chrómasóim:
Dáileadh SNPanna ar chrómasóim:
Nóta SNP
| Bliain | Iris dhéileála | IF | Ceart | Feidhmithe |
| 2022 | Cumarsáid Dúlra | 17.694 | Bunús géanómaíochta na giga-chromosomes agus genome giga de chrann peony Paeonia ostii | SLAF-Gwas |
| 2015 | Fíteolaí nua | 7.433 | Loirg lomáin ceansaithe réigiúin ghéanómacha ancaire a bhfuil tábhacht agranamaíoch acu i pónaire soighe | SLAF-Gwas |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Cur i gcoinne Gossypium Barbadense i G. Hirsutum Nochtadh níos fearr a nochtadh le haghaidh feabhsú comhuaineach ar chaighdeán agus toradh snáithín cadáis tréithe | Géineolaíocht Slaf-éabhlóideach |
| 2019 | Plandaí móilíneach | 10.81 | Nochtann anailís ghéanómaíochta daonra agus cóimeáil de novo bunús fiailí Rís mar chluiche éabhlóideach | Géineolaíocht Slaf-éabhlóideach |
| 2019 | Géineolaíocht dúlra | 31.616 | Seicheamh géanóm agus éagsúlacht ghéiniteach an choiteann Carbán, Cyprinus Carpio | Léarscáil Slaf-Linkage |
| 2014 | Géineolaíocht dúlra | 25.455 | Tugann géanóm an peanut saothraithe léargas ar karyotypes pischineálaigh, polyploid Éabhlóid agus ceansú barr. | Léarscáil Slaf-Linkage |
| 2022 | Plandaí Biteicneolaíocht Iris | 9.803 | Nochtann aithint ST1 rogha a bhaineann le hitchhiking de mhoirfeolaíocht síolta agus ábhar ola le linn ceansú pónaire soighe | Forbairt Slaf-Marker |
| 2022 | Iris Idirnáisiúnta na nEolaíochtaí Móilíneacha | 6.208 | Forbairt Aitheantais agus DNA DNA do Chruithneacht-Duemus Mollis 2ns (2D) Ionadú crómasóim disomic | Forbairt Slaf-Marker |
| Bliain | Iris dhéileála | IF | Ceart | Feidhmithe |
| 2023 | Teorainneacha san Eolaíocht Plandaí | 6.735 | Mapáil QTL agus Anailís Athscríofa ar Ábhar Siúcra le linn Aibiú Torthaí Pyrus Pyrifolia | Léarscáil ghéiniteach |
| 2022 | Plandaí Biteicneolaíocht Iris | 8.154 | Nochtann sainaithint ST1 rogha a bhaineann le hitchhiking de mhoirfeolaíocht síl agus ábhar ola le linn ceansú pónaire soighe
| SNP ag glaoch |
| 2022 | Teorainneacha san Eolaíocht Plandaí | 6.623 | Is ar éigean a mhapálann an comhlachas ar fud an ghéanóim feinitíopaí i dtimpeallacht triomach.
| Gwas |
