Seicheamhú RNA núicléas singil
Scéim Theicniúil
Baintear leithlisiú na núicléis amach le 10 × Genomics Chromium™, arb é atá ann córas micr-shreabhach ocht gcainéal le trasrianta dúbailte. Sa chóras seo, déantar coirníní glóthacha le barrachóid agus primer, einsímí agus núicléas amháin a chuimsiú i titim ola ar mhéid nanoliter, rud a ghineann Glóthach Bead-in-Eiblesion (GEM). Chomh luath agus a fhoirmítear GEM, déantar lysis cille agus scaoileadh barrachóid i ngach GEM. Déantar mRNA a thras-scríobh ar ais i móilíní cDNA le barrachóid 10 × agus UMI, atá faoi réir ag tógáil leabharlainne seicheamhaithe caighdeánach.
Gnéithe
● Ullmhú aon-núicléas fionraí ó fhíocháin reoite
● Glóthach Bead-in-Eibleacht a fhoirmiú (GEM) agus sintéis cDNA ina dhiaidh sin
● Tá gach coirnín i GEM luchtaithe le primers comhdhéanta de 4 chuid:
eireaball polai(dT) le haghaidh priming mRNA agus sintéis cDNA,
Aitheantóir Móilíneach Uathúil (UMI) chun laofacht aimpliúcháin a cheartú
10x cód barra
Seicheamh ceangailteach de pháirtléamh 1 primer seicheamhaithe
Buntáistí
Téann seicheamhú RNA aon núicléas timpeall ar na teorainneacha a bhaineann le seicheamhú RNA aonchealla, rud a chumasaíonn:
● Úsáid samplaí reoite agus ní hamháin go bhfuil siad teoranta do shamplaí úra
● Strus íseal cealla reoite i gcomparáid le cóireáil einsímeach ar chealla úra, léirithe sna sonraí tras-sgrìobhaidh i bhfoirm géinte níos lú strus
● Ní gá cealla fola dearga a bhaint roimh ré
● Trastomhas cille gan teorainn
● Sraith mhór samplaí atá incháilithe le haghaidh anailíse, lena n-áirítear cineálacha fíocháin casta agus leochaileacha a bhfuil seans ann go gcrapadh ceall nó go scriosfar iad le linn díthiomsaithe fíocháin
Samplaí nach féidir a anailísiú trí sheicheamhú RNA aonchealla agus atá incháilithe le haghaidh seicheamhú RNA núicléas singil:
| Cill / Fíochán | Cúis |
| Fíochán reoite gan úr | Ní féidir eagraíochtaí úra nó fada-shábháil a fháil |
| Ceall matán, meigeicaryocyte, saill… | Tá trastomhas cille ró-mhór chun dul isteach san ionstraim |
| ae… | Ró-leochaileach a bhriseadh, in ann idirdhealú a dhéanamh idir cealla aonair |
| Cill néaróin, inchinn… | Athróidh níos íogaire, éasca le strus, na torthaí seicheamhaithe |
| briseán, thyroid… | Saibhir in einsímí endogenous, a dhéanann difear do tháirgeadh fionraí aonchealla |
Aon-núicléas vs Aonchealla
| Aon-núicléas | Aonchealla |
| Trastomhas cille gan teorainn | Trastomhas cille: 10-40 μm |
| Is féidir an t-ábhar a reoite fíocháin | Caithfidh an t-ábhar a bheith fíocháin úr |
| Strus íseal de chealla reoite | D'fhéadfadh cóireáil einsím a bheith ina chúis le imoibriú strus cille |
| Ní gá aon chealla fola dearga a bhaint | Ní mór cealla fola dearga a bhaint |
| Cuireann núicléach bithfhaisnéis in iúl | Cuireann an chill iomlán bithfhaisnéis in iúl |
Sonraíochtaí
| Riachtanais Shamplacha | Leabharlann | Straitéis seicheamhaithe | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| Fíochán ainmhithe ≥ 200 mg Fíochán plandaí ≥ 400 mg | Leabharlann 10x Géanóm sn cDNA | Illumina PE150 | Léann 100K PE in aghaidh na cille (100-200 Gb) | 700-1200 núicléas/μl agus sláine núicléis breathnaithe faoin micreascóp |
Le haghaidh tuilleadh sonraí ar threoir ullmhúcháin samplach agus ar shreabhadh oibre seirbhíse, bíodh leisce ort labhairt le asaineolaí BMKGENE
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Áirítear leis an anailís seo a leanas:
● Rialú Cáilíochta: líon na gceall, braite géine, aithint chruinn cealla, móilíní RNA agus cainníochtú slonn
● Anailís Samplach Istigh:
Cnuasú cille agus anótáil braisle
Anailís Léirithe Difreálach: sainaithint DEGanna i gcnuasaigh
Anótáil fheidhmiúil agus saibhriú braislí DEGanna
● Anailís Idirghrúpa:
Teaglaim sonraí
Anailís Léirithe Difreálach: sainaithint na DEGanna i ngrúpaí
Anótáil fheidhmiúil agus saibhriú na ngrúpaí DEG
● Anailís Casta:
Anailís timthriall cille
Anailís pseudotime
Anailís cumarsáide cille (CellPhoneDB)
Anailís Saibhrithe Tacair Géin (GSEA)
Anailís samplach istigh
Cnuasú cealla:
Anailís Léirithe Difreálach: braisle DEGanna
Anailís idirghrúpa
Anailís Léirithe Difreálach: Grúpa DEGanna
Anailís Casta:
Anailís pseudotime:
Anailís timthriall cille:
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhísí seicheamhaithe RNA aon núicléas BMKGene le 10X Chromium sna foilseacháin seo a leanas:
Wang, L. et al. (2021) ‘Nochtann anailís thras-traipeolaíoch aonchealla tírdhreach imdhíonachta na scamhóg i ngéarú plúchadh stéaróideach’,Imeachtaí Acadamh Náisiúnta Eolaíochtaí na Stát Aontaithe Mheiriceá, 118(2), lch. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'Líonra Rialála Domhanda um Shloinneadh Géine Dírialaithe agus Comharthaíocht Mheitibileach Neamhghnácha i gCealla Imdhíonachta i Micrea-thimpeallacht Ghalar Uaigheanna agus Thyroiditis Hashimoto',Teorainneacha san Imdhíoneolaíocht, 13, lch. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian, H. et al. (2023) 'Nochtann trascríobhán aonchealla ilchineálacht agus freagairtí imdhíonachta leukocytes tar éis an vacsaínithe le Edwardsiella tarda díghníomhaithe sa flounder (Paralichthys olivaceus)',Dobharshaothrú, 566, lch. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) ‘Feabhsaíonn teiripe fhótadinimiciúil toradh na gcosc imdhíon-phointí seiceála trí imdhíonacht frith-meall a athmhúnlú in othair a bhfuil ailse gastrach orthu’,Ailse Gastric, 26(5), lgh. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
