Seicheamhú RNA prokaryotic
Gnéithe
● Bhí ídiú rRNA i gceist le próiseáil samplach RNA agus ullmhúchán treo-leabharlainne RNA ina dhiaidh sin.
● Anailís bhithfhaisnéiseach bunaithe ar ailíniú le géanóm tagartha
● Áirítear san anailís léiriú géine agus DEGanna ach freisin struchtúr tras-scríbhinne agus anailís sRNA
Buntáistí Seirbhíse
●Rialú Cáilíochta dian: cuirimid croíphointí rialaithe i bhfeidhm thar gach céim, ó ullmhú samplach agus leabharlainne go seicheamhú agus bithfhaisnéisíocht. Cinntíonn an mhonatóireacht mhionsonraithe seo go seachadtar torthaí ar ardchaighdeán go seasta.
●Sonraí Seicheamhaithe a bhaineann go sonrach le snáitheanna: mar gheall ar ullmhú na leabharlainne RNA a bheith treoch, rud a fhágann gur féidir tras-scríbhinní frith-chiall a aithint.
●Anailís Críochnaithe atá In oiriúint do Thréscríbhinní Procaryotic: ní hamháin go n-áirítear leis an bpíblíne bhithfhaisnéiseach anailís ar shloinneadh na géine ach freisin anailís ar an struchtúr tras-scríbhinní, lena n-áirítear sainaithint na n-obrón, na UTRanna agus na dtionscnóirí. Áiríonn sé freisin anailís ar sRNAanna, is é sin nótáil agus tuar struchtúr agus spriocanna tánaisteacha.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin: Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú an tionscadail le tréimhse seirbhíse 3 mhí tar éis an díola. Le linn an ama seo, cuirimid gníomhaíochtaí leantacha tionscadail, cúnamh fabhtcheartaithe, agus seisiúin ceisteanna agus freagraí ar fáil chun dul i ngleic le haon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí.
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
| Leabharlann | Straitéis seicheamhaithe | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| leabharlann treorach laghdaithe rRNA | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Riachtanais Shamplacha:
| Conc.(ng/μl) | Méid (μg) | Íonachta | Ionracas |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon a thaispeáint ar fhoirmiú. | RIN≥6.5 |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpa+ a mhacasamhlú m.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Loingsiú:
1. Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a chur faoi oighear tirim.
2. Feadáin RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh i dteocht an tseomra.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Sreabhadh Oibre Anailíse Bithfhaisnéise
Áirítear an Anailís seo a leanas:
● Rialú cáilíochta sonraí amh
● Ailíniú leis an ngéanóm tagartha
● Measúnú Cáilíochta Leabharlainne: randamacht ilroinnt RNA, cuir isteach méid agus saturation seicheamhaithe
● Nótáil fheidhmiúil ar ghéinte códaithe tuartha
● Anailís Léirithe: Comhghaol agus Anailís Phríomh-Chomhpháirt (PCA)
● Slonn Géine Difreálach (DEGanna)
● Nótáil fheidhmiúil agus saibhriú DEGanna
● Anailís sRNA: tuar, anótáil, sprioc, agus tuar struchtúr tánaisteach
● Anailís ar Struchtúr an Athscríbhinne: oibriúcháin, suíomhanna tosaigh agus críochfoirt, réigiún neamhaistrithe (UTS), tionscnóir, agus anailís SNP/InDel
Sáithiú seicheamhach
Anótáil feidhme na ngéinte códaithe
Comhghaol idir samplaí
Anailís Géinte Léirithe Difreálach (DEGanna).
Anailís saibhrithe feidhme
nóta sRNA
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn a d’éascaigh seirbhísí seicheamhaithe mRNA fad-iomlán BMKGene de chuid Nanopore sa phríomhfhoilseachán seo.
Guan, CP et al. (2018) 'Athruithe Trascriptome Domhanda ar Staphylococcus epidermidis Foirmithe Bithscannán ag Freagairt d'Alcalóidigh Iomlána Sophorea alopecuroides',Iris na Micribhitheolaíochta Polainnis, 67(2), lch. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
