-
Seicheamhú Metagenomic -NGS
Is éard is meiteiginóim ann ná bailiúchán d’ábhar géiniteach iomlán pobal measctha orgánaigh, amhail meitigenóim imshaoil agus daonna. Tá géanóim ann de mhiocrorgánaigh inshaothraithe agus neamhshaothraithe araon. Cumasaíonn seicheamh meitigenomic gunna gráin le NGS staidéar a dhéanamh ar na tírdhreacha géanómacha casta seo atá leabaithe i samplaí comhshaoil trí níos mó ná próifíliú tacsanomaíoch a sholáthar, ag tabhairt léargais ghráinneacha ar éagsúlacht speiceas, dinimic flúirse, agus struchtúir chasta daonra. Taobh amuigh de staidéir tacsanomaíochta, cuireann meitigenomics gunna gráin peirspictíocht géanóm feidhme ar fáil freisin, rud a chuireann ar a gcumas iniúchadh a dhéanamh ar ghéinte ionchódaithe agus a róil toimhdeacha i bpróisis éiceolaíochta. Ar deireadh, cuireann bunú líonraí comhghaoil idir eilimintí géiniteacha agus fachtóirí comhshaoil le tuiscint iomlánaíoch ar an idirghníomhú casta idir pobail mhiocróbacha agus a gcúlra éiceolaíoch. Mar fhocal scoir, seasann seicheamhú meitigenómach mar uirlis ríthábhachtach chun casta géanómaíochta na bpobal miocróbach ilghnéitheach a réiteach, ag léiriú na gcaidreamh ilghnéitheach idir géineolaíocht agus éiceolaíocht laistigh de na héiceachórais chasta seo.
Ardáin: Illumina NovaSeq agus DNBSEQ-T7
-
Seicheamhú Metagenomic-TGS
Is éard is meiteiginóim ann ná bailiúchán d’ábhar géiniteach pobail mheasctha orgánaigh, amhail meiteiginim imshaoil agus daonna. Tá géanóim ann de mhiocrorgánaigh inshaothraithe agus neamhshaothraithe araon. Cumasaíonn seicheamh meiteiginomaíoch staidéar a dhéanamh ar na tírdhreacha casta géanómaíochta seo atá leabaithe i samplaí éiceolaíochta trí níos mó ná próifíliú tacsanomaíoch a sholáthar. Cuireann sé peirspictíocht géanóm feidhmeach ar fáil freisin trí iniúchadh a dhéanamh ar na géinte ionchódaithe agus a róil tuartha i bpróisis chomhshaoil. Cé gur úsáideadh cineálacha cur chuige traidisiúnta gunna gráin le seicheamhú Illumina go forleathan i staidéir mheitigenómacha, tá athrú tagtha ar an réimse le teacht seicheamhú fadléithe Nanopore agus PacBio. Feabhsaíonn teicneolaíocht Nanopore agus PacBio anailísí bithfhaisnéise iartheachtacha, go háirithe cóimeáil metagenome, rud a chinntíonn tionóil níos leanúnaí. Tugann tuarascálacha le fios gur éirigh le meitigenomics Nanopore-bhunaithe agus PacBio-bhunaithe géanóim iomlána agus dúnta baictéarach a ghiniúint ó mhiocróibimíní casta (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Soláthraíonn comhtháthú léanta Nanopore le léann Illumina cur chuige straitéiseach maidir le ceartú earráide, rud a mhaolaíonn cruinneas íseal dúchasach Nanopore. Déanann an teaglaim sineirgisteacha seo buanna gach ardán seicheamhaithe a ghiaráil, ag tairiscint réiteach láidir chun teorainneacha féideartha a shárú agus ag cur beachtas agus iontaofacht anailísí meitigenómacha chun cinn.
Ardán: Nanopore PromethION 48, Illumia agus PacBio Revio
-
Seicheamh iomlán déshuilfíte genome (WGBS)
Seasann Seicheamhú Géanóm Iomlán Bisulfite (WGBS) mar mhodheolaíocht chaighdeán ór le haghaidh mion-iniúchadh meitilation DNA, go sonrach an cúigiú suíomh sa chitosín (5-mC), rialtóir ríthábhachtach ar léiriú géine agus gníomhaíocht cheallacha. Is éard atá i gceist leis an bprionsabal is bun leis an WGBS ná cóireáil déshulfíte, rud a fhágann go n-iompófar cíteóisíní neamh-mheitiolaithe go uracil (C go U), agus ag fágáil cítoisín meitiolaithe gan athrú. Tairgeann an teicníocht seo taifeach aon-bhonn, rud a ligeann do thaighdeoirí imscrúdú cuimsitheach a dhéanamh ar an meitilome agus patrúin mhínormálta a bhaineann le coinníollacha éagsúla a aimsiú, go háirithe ailse. Trí úsáid a bhaint as WGBS, is féidir le heolaithe léargais thar na bearta a fháil ar thírdhreacha meitilation ar fud an ghéanóim, ag soláthar tuiscint níos fearr ar na meicníochtaí eipigéiniteacha atá mar bhunús le próisis agus galair bhitheolaíocha éagsúla.
-
Measúnú ar Chrómatin Inrochtana Trasposáis le Seicheamhú Ard-Tréchur (ATAC-seq)
Is teicníc seicheamhaithe ard-tréchuir é ATAC-seq a úsáidtear le haghaidh anailíse inrochtaineachta crómatáin ar fud an ghéanóim. Soláthraíonn úsáid sé tuiscint níos doimhne ar na meicníochtaí casta a bhaineann le rialú epigenetic domhanda ar léiriú géine. Úsáideann an modh trasposase Tn5 hipirghníomhach chun réigiúin chromatin oscailte a scoilteadh agus a chlibeáil go comhuaineach trí oiriúntóirí seicheamhaithe a chur isteach. Cruthaítear leabharlann seicheamhaithe mar thoradh ar aimpliú PCR ina dhiaidh sin, rud a cheadaíonn sainaithint chuimsitheach ar réigiúin chromatin oscailte faoi choinníollacha spáis-ama ar leith. Soláthraíonn ATAC-seq léargas iomlánaíoch ar thírdhreacha crómatin inrochtana, murab ionann agus modhanna a dhíríonn go hiomlán ar shuíomhanna ceangailteacha fachtóir trascríobh nó ar réigiúin shainmhodhnaithe histone. Trí na réigiúin chromatin oscailte seo a sheicheamhú, léiríonn ATAC-seq réigiúin is dóichí go rachaidh siad i bhfeidhm ar sheichimh rialála gníomhacha agus ar shuíomhanna a d’fhéadfadh a bheith ina gceangal ar fhachtóirí trascríobh, ag tairiscint léargais luachmhara ar mhodhnú dinimiciúil léiriú géine ar fud an ghéanóm.
-
16S/18S/ITS Seicheamhú Amplicon-PacBio
Feidhmíonn na géinte rRNA 16S agus 18S, mar aon leis an réigiún Inmheánach Tras-scríofa Spásr (ITS), mar mharcóirí méarlorgaireachta móilíneacha ríthábhachtacha mar gheall ar a gcomhcheangal de réigiúin an-chaomhnaithe agus hipear-athróg, rud a fhágann gur uirlisí luachmhara iad chun orgánaigh prócarótacha agus eucaryotic a thréithriú. Cuireann aimpliú agus seicheamhú na réigiún seo cur chuige saor ó aonrú ar fáil chun comhdhéanamh miocróbach agus éagsúlacht thar éiceachórais éagsúla a fhiosrú. Cé go ndírítear go hiondúil le seicheamhú Illumina ar réigiúin ghearr hipirathraithe mar V3-V4 de 16S agus ITS1, tá sé léirithe gur féidir anótáil tacsanomaíoch níos fearr a bhaint amach trí fhad iomlán 16S, 18S, agus ITS a sheicheamhú. Is é an toradh a bhíonn ar an gcur chuige cuimsitheach seo ná céatadáin níos airde de sheichimh atá aicmithe go cruinn, ag baint amach leibhéal réitigh a leathnaíonn chuig sainaithint speiceas. Seasann ardán seicheamhaithe Fíor-Ama Aon-mhóilín (SMRT) PacBio amach trí léith fhada thar a bheith cruinn (HiFi) a chur ar fáil a chlúdaíonn na hamplicons lán-fhad, rud a chuireann in iomaíocht le beachtas seicheamhú Illumina. Ligeann an cumas seo do thaighdeoirí buntáiste nach ionann a bhaint amach — radharc lánléargais ar an tírdhreach géiniteach. Ardaíonn an clúdach sínte go mór an taifeach in anótáil speiceas, go háirithe laistigh de phobail bhaictéaracha nó fhungacha, rud a éascaíonn tuiscint níos doimhne ar chasta daonraí miocróbacha.
-
16S/18S/ITS Seicheamhú Amplicon-NGS
Is modh cumhachtach é seicheamhú Amplicon le teicneolaíocht Illumina, a dhíríonn go sonrach ar na marcóirí géiniteacha 16S, 18S, agus ITS, chun an phylogeny, an tacsanomaíocht agus flúirse speiceas laistigh de phobail mhiocróbacha a réiteach. Is éard atá i gceist leis an gcur chuige seo seicheamhú a dhéanamh ar na réigiúin hipirathraitheacha de mharcóirí géiniteacha coimeádta. Ar dtús tugadh isteach mar mhéarloirg mhóilíneach agWoeses et ali 1977, tá réabhlóidiú déanta ag an teicníc seo ar phróifíliú micribhithóim trí anailísí saor ó aonrú a chumasú. Trí sheicheamhú 16S (baictéir), 18S (fungais), agus Spásaire Tras-scríofa Inmheánach (ITS, fungais), is féidir le taighdeoirí ní hamháin speicis flúirseacha a shainaithint ach freisin speicis neamhchoitianta agus neamhaitheanta. Glacadh go forleathan leis mar uirlis lárnach, tá seicheamh aimplicon tar éis éirí ríthábhachtach chun comhdhéanamh miocróbach difreálach a aithint ar fud timpeallachtaí éagsúla, lena n-áirítear béal an duine, inní, stól, agus níos faide anonn.
-
Athsheicheamhú Géanóim Iomlán Baictéarach agus Fungal
Tá tionscadail athsheichimh ghéinóim bhaictéaracha agus fhungacha ríthábhachtach chun géanóm miocróbach a chur chun cinn trí ghéanóim mhiocróbacha a chomhlánú agus a chur i gcomparáid lena chéile. Éascaíonn sé seo innealtóireacht choipeadh, leas iomlán a bhaint as próisis thionsclaíocha, agus iniúchadh a dhéanamh ar bhealaí tánaisteacha meitibileachta. Ina theannta sin, tá athsheicheamhú fungach agus baictéarach ríthábhachtach chun oiriúnú comhshaoil a thuiscint, tréithchineálacha a bharrfheabhsú, agus dinimic éabhlóid ghéiniteach a nochtadh, a bhfuil impleachtaí leathana aige sa leigheas, sa talmhaíocht agus san eolaíocht chomhshaoil.
-
PacBio-Fad iomlán 16S/18S/ITS Seicheamh Amplicon
Forbraítear ardán Amplicon (16S/18S/ITS) le blianta de thaithí ar anailís tionscadal éagsúlachta miocróbach, ina bhfuil anailís bhunúsach chaighdeánaithe agus anailís phearsantaithe: clúdaíonn anailís bhunúsach ábhar anailíse príomhshrutha an taighde miocróbach reatha, tá an t-ábhar anailíse saibhir agus cuimsitheach, agus cuirtear torthaí anailíse i láthair i bhfoirm tuarascálacha tionscadail; Tá ábhar na hanailíse pearsantaithe éagsúil. Is féidir samplaí a roghnú agus is féidir paraiméadair a shocrú go solúbtha de réir na tuarascála anailíse bunúsacha agus na críche taighde, chun riachtanais phearsantaithe a bhaint amach. Córas oibriúcháin Windows, simplí agus tapa.
-
Trascríobh lánfhad PacBio (Neamhthagairt)
Ag glacadh le sonraí seicheamhaithe Isoform Pacific Biosciences (PacBio) mar ionchur, tá an Feidhmchlár seo in ann seichimh tras-scríofa lánfhad a aithint (gan cóimeáil). Trí sheichimh lánfhad a mhapáil i gcoinne géanóm tagartha, is féidir tras-scríbhinní a bharrfheabhsú trí ghéinte aitheanta, tras-scríbhinní, réigiúin códaithe, etc. Sa chás seo, is féidir sainaithint níos cruinne ar struchtúir mRNA, mar shampla splicing malartach, etc. Cumasaíonn comh-anailís le sonraí seicheamhaithe tras-traipíneacha NGS anótáil níos cuimsithí agus cainníochtú níos cruinne i slonn ag leibhéal na tras-scríofa, rud a théann chun sochair don chuid is mó le léiriú difreálach iartheachtach agus anailís fheidhmiúil.
-
Seicheamhú Déshulfite Léirithe Laghdaithe (RRBS)
Léiriú Laghdaithe Tá Seicheamhú Déshulfít Léirithe (RRBS) tagtha chun cinn mar mhalairt éifeachtach ó thaobh costais de ar Sheicheamhú Déshulfíte Géineoim Iomlán (WGBS) i dtaighde meitilithe DNA. Cé go soláthraíonn WGBS léargais chuimsitheacha trí scrúdú a dhéanamh ar an ngéanóm iomlán ag taifeach bonn aonair, is féidir leis an gcostas ard a bheith ina fhachtóir teorannaithe. Maolaíonn RRBS an dúshlán seo go straitéiseach trí anailís roghnach a dhéanamh ar chuid ionadaíoch den ghéanóm. Braitheann an mhodheolaíocht seo ar shaibhriú réigiún saibhir oileánda CpG trí scoilteacht MspI agus roghnú méide ina dhiaidh sin idir 200-500/600 bps. Dá bhrí sin, ní dhéantar seicheamhú ar réigiúin atá cóngarach d’oileáin CpG, agus fágtar iad siúd a bhfuil oileáin CpG i bhfad i gcéin acu as an anailís. Ceadaíonn an próiseas seo, in éineacht le seicheamhú bisulfite, do bhrath ardtaifigh ar mheitiliú DNA, agus díríonn an cur chuige seicheamhaithe, PE150, go sonrach ar chríoch na n-ionsáite seachas an lár, ag méadú éifeachtacht próifílithe meitile. Is uirlis fhíorluachmhar é an RRBS a chuireann ar chumas taighde meitile DNA cost-éifeachtach agus a chuireann eolas ar mheicníochtaí eipigéiniteacha chun cinn.
-
Seicheamhú RNA Prokaryotic
Cumasaíonn seicheamhú RNA próifíliú cuimsitheach ar gach tras-scríbhinn RNA laistigh de chealla faoi choinníollacha sonracha. Feidhmíonn an teicneolaíocht cheannródaíoch seo mar uirlis chumhachtach, ag nochtadh próifílí casta géine in iúl, struchtúir ghéinte, agus meicníochtaí móilíneacha a bhaineann le próisis bhitheolaíocha éagsúla. Glacadh go forleathan leis i mbuntaighde, diagnóisic chliniciúil, agus forbairt drugaí, cuireann seicheamhú RNA léargais ar fáil ar chasta dhinimic cheallacha agus rialáil ghéiniteach. Tá ár bpróiseáil shamplach RNA prócarótach sainoiriúnaithe do thras-scríbhinní prócarótacha, lena mbaineann ídiú rRNA agus ullmhúchán treo-leabharlainne.
Ardán: Illumina NovaSeq
-
Seicheamhú Metatranscriptome
Agus teicneolaíocht seicheamhaithe Illumina á ghiaráil aige, nochtann seirbhís seicheamhaithe metatranscriptome BMKGENE léiriú géine dinimiciúil raon éagsúil miocróib, a chuimsíonn eucaryotes go prócairéití agus víris, laistigh de thimpeallachtaí nádúrtha mar ithir, uisce, farraige, stól agus an gut. Cuireann ár seirbhís chuimsitheach ar chumas taighdeoirí iniúchadh a dhéanamh ar phróifílí giniúna iomlána pobail mhiocróbacha casta. Taobh amuigh d’anailís thacsanomaíoch, éascaíonn ár seirbhís seicheamhaithe meite-tras-scríofa taiscéaladh i saibhriú feidhmiúil, ag nochtadh solais ar ghéinte a chuirtear in iúl go difreálach agus ar a róil. Faigh amach saibhreas léargais bhitheolaíocha agus tú ag dul i dtreo tírdhreacha casta léiriú géine, éagsúlacht tacsanomaíoch, agus dinimic fheidhmiúil laistigh de na nideoga timpeallachta éagsúla seo.
-
Nua Tionól Géanóim Fungal
Tairgeann BMKGENE réitigh ilúsáideacha do ghéanóim fhungacha, a fhreastalaíonn ar riachtanais taighde éagsúla agus iomláine an ghéanóim atá ag teastáil. Trí úsáid a bhaint as seicheamhú Illumina gearr-léite amháin is féidir dréacht-ghéanóm a ghiniúint. Cuirtear seicheamhú gearrléamh agus fadléamh ag baint úsáide as Nanopore nó Pacbio le chéile le haghaidh genome fungasach níos scagtha le contigs níos faide. Ina theannta sin, feabhsaítear na cumais trí sheicheamhú Hi-C a chomhtháthú, rud a fhágann gur féidir genome iomlán crómasóim a bhaint amach.
