-
Anailís ar an gCumann ar fud an Ghéanóim
Is é an aidhm atá le Staidéir Chomhlachais ar fud an Ghéanóim (GWAS) ná malairtí géiniteacha (géinitíopaí) atá nasctha le tréithe sonracha (feinitíopaí) a aithint. Trí scrúdú a dhéanamh ar mharcóirí géiniteacha ar fud an ghéanóm ar fad i líon mór daoine aonair, eachtarshuíonn GWAS cumainn géinitíopa-feinitíopa trí anailísí staitistiúla ar leibhéal an daonra. Tá feidhm ag an modheolaíocht seo go forleathan chun taighde a dhéanamh ar ghalair dhaonna agus iniúchadh a dhéanamh ar ghéinte feidhmiúla a bhaineann le tréithe casta in ainmhithe nó i bplandaí.
Ag BMKGENE, cuirimid dhá bhealach ar fáil chun GWAS a dhéanamh ar dhaonraí móra: Seicheamh Géanóim Uile (WGS) a úsáid nó modh seicheamhaithe géanóim ionadaíochta laghdaithe a roghnú, an Ilroinnt Aimplithe Sonrach-Lócais (SLAF) a forbraíodh intí. Cé go n-oireann WGS do ghéanóim níos lú, tagann SLAF chun cinn mar rogha eile atá éifeachtach ó thaobh costais chun staidéar a dhéanamh ar dhaonraí níos mó le géanóim níos faide, ag íoslaghdú costais seicheamhaithe go héifeachtach, agus ag an am céanna ag ráthú éifeachtacht aimsithe marcóra ghéiniteach ard.
-
Seicheamhú RNA núicléas singil
Tá forbairt ar ghabháil aonchealla agus teicnící tógála leabharlainne saincheaptha, in éineacht le seicheamhú ard-thréchuir, tar éis staidéir ar léiriú géine ag leibhéal na cille a réabhlóidiú. Ceadaíonn an dul chun cinn seo anailís níos doimhne agus níos cuimsithí a dhéanamh ar dhaonraí casta cille, ag sárú na dteorainneacha a bhaineann le meánléiriú géine thar na cealla go léir agus ag caomhnú na fíor-ilchineálachta laistigh de na daonraí sin. Cé go bhfuil buntáistí doshéanta ag seicheamhú RNA aonchealla (scRNA-seq), bíonn dúshláin os a comhair i bhfíocháin áirithe nuair is deacair fionraí aonchealla a chruthú agus go dteastaíonn samplaí úra uaidh. Ag BMKGene, tugaimid aghaidh ar an mbac seo trí sheicheamhú RNA aon núicléas (snRNA-seq) a thairiscint ag baint úsáide as an teicneolaíocht úrscothach 10X Genomics Cróimiam. Leathnaíonn an cur chuige seo speictream na samplaí atá inúsáidte d’anailís tras-scríbhinne ag leibhéal aonchealla.
Baintear leithlisiú núicléis amach tríd an tslis nuálaíoch 10X Genomics Cróimiam, ina bhfuil córas micr-shreabhach ocht gcainéal le trasrianta dúbailte. Laistigh den chóras seo, déantar coirníní glóthacha a ionchorpraíonn barrachóid, primers, einsímí, agus núicléas amháin a chuimsiú i dtiteann ola ar mhéid nanoliter, ag cruthú Glóthach Bead-in-Eiblesion (GEM). Tar éis foirmiú GEM, tarlaíonn lysis cille agus scaoileadh barrachóid laistigh de gach GEM. Ina dhiaidh sin, déantar tras-scríobh droim ar ais ar mhóilíní mRNA go cDNAanna, ag ionchorprú barrachóid 10X agus Aitheantóirí Móilíneacha Uathúla (UMI). Ansin déantar na cDNAanna seo a thógáil le seicheamhú caighdeánach a dhéanamh ar leabharlanna, rud a éascaíonn iniúchadh láidir cuimsitheach ar phróifílí slonn géine ag leibhéal aonchealla.
Ardán: 10 × Genomics Cróimiam agus Illumina NovaSeq Ardán
-
Seicheamhú Géanóim Iomlán Plandaí/Ainmhithe
Tagraíonn Seicheamhú Géanóm Iomlán (WGS), ar a dtugtar seicheamhú freisin, do sheicheamhú iomlán an ghéanóim de speicis éagsúla a bhfuil géanóim tagartha aitheanta acu. Ar an mbonn seo, is féidir difríochtaí géanómacha daoine aonair nó daonra a shainaithint tuilleadh. Cumasaíonn WGS Polamorphism Núicléitíde Aonair (SNP), Scriosadh Ionsáigh (InDel), Athrú Struchtúr (SV), agus Athrú ar Uimhir Chóip (CNV) a aithint. Cuimsíonn SVanna cuid níos mó den bhonn éagsúlachta ná SNPanna agus bíonn tionchar níos mó acu ar an ngéanóm, rud a chuireann isteach go mór ar orgánaigh bheo. Cé go bhfuil seicheamhú gearrléithe éifeachtach chun SNPanna agus InDels a shainaithint, ceadaíonn seicheamhú fadléithe chun blúirí móra agus éagsúlachtaí casta a aithint níos beaichte.
-
Tras-scríbhinn Spásúil Géanómaíocht 10x Visium
Is teicneolaíocht cheannródaíoch í an tras-scríbhneoireacht spáis a ligeann do thaighdeoirí patrúin slonn géine laistigh d’fhíocháin a fhiosrú agus a gcomhthéacs spásúlachta á chaomhnú. Ardán cumhachtach amháin sa bhfearann seo is ea 10x Genomics Visium in éineacht le seicheamhú Illumina. Tá prionsabal 10X Visium suite ar sliseanna speisialaithe le limistéar gabhála ainmnithe ina gcuirtear ailt fíocháin. Tá spotaí barrachóidithe sa limistéar gabhála seo, gach ceann acu a fhreagraíonn do shuíomh spásúil uathúil laistigh den fhíochán. Ansin déantar na móilíní RNA a gabhadh ón bhfíochán a lipéadú le haitheantóirí uathúla móilíneacha (UMIs) le linn an phróisis trascríobh droim ar ais. Cumasaíonn na spotaí barrachóidithe seo agus UMIanna léarscáiliú beacht spásúlachta agus cainníochtú slonn géine ag taifeach aonchealla. Cinntíonn an meascán de shamplaí barrachódaithe spáis agus UMIanna cruinneas agus sainiúlacht na sonraí a ghintear. Trí úsáid a bhaint as an teicneolaíocht Transcriptomics Spásúlachta seo, is féidir le taighdeoirí tuiscint níos doimhne a fháil ar eagrú spásúil na gceall agus ar na hidirghníomhaíochtaí casta móilíneacha a tharlaíonn laistigh d’fhíocháin, ag tairiscint léargais luachmhara ar na meicníochtaí is bun le próisis bhitheolaíocha i réimsí iolracha, lena n-áirítear oinceolaíocht, néareolaíocht, bitheolaíocht forbraíochta, imdhíoneolaíocht. , agus staidéir luibheolaíocha.
Ardán: Géanómaíocht 10X Visium agus Illumina NovaSeq
-
Seicheamhú mRNA Lánfhaid-Nanópóir
Cé gur uirlis ilúsáideach é seicheamhú mRNA atá bunaithe ar NGS chun slonn géine a chainníochtú, cuireann a spleáchas ar léamha gearr srian lena éifeachtúlacht in anailísí tras-traipeolaíocha casta. Ar an láimh eile, úsáideann seicheamhú nana-póir teicneolaíocht fadléithe, rud a chumasaíonn seicheamhú tras-scríbhinní mRNA lánfhad. Éascaíonn an cur chuige seo iniúchadh cuimsitheach ar splicing mhalartach, comhleá géine, il-adenylation, agus cainníochtú isfhoirmeacha mRNA.
Soláthraíonn seicheamhú nanopóir, modh a bhraitheann ar chomharthaí leictreacha fíor-ama aon-mhóilín nana-móilín, torthaí i bhfíor-am. Agus iad á dtreorú ag próitéiní mótair, ceanglaíonn DNA dhá shnáithe le próitéiní nanópóir atá leabaithe i bithscannán, ag scaoileadh de réir mar a théann sé tríd an gcainéal nanópóir faoi dhifríocht voltais. Déantar na comharthaí leictreacha sainiúla a ghineann boinn éagsúla ar an snáithe DNA a bhrath agus a rangú i bhfíor-am, rud a éascaíonn seicheamhú núicléitíde cruinn agus leanúnach. Sáraíonn an cur chuige nuálaíoch seo teorainneacha gearrléamh agus cuireann sé ardán dinimiciúil ar fáil le haghaidh anailís ghéanómach chasta, lena n-áirítear staidéir thras-traipeolaíocha chasta, le torthaí láithreacha.
Ardán: Nanopore PromethION 48
-
Seicheamh mRNA lánfhad -PacBio
Cé gur uirlis ilúsáideach é seicheamhú mRNA atá bunaithe ar NGS chun slonn géine a chainníochtú, cuireann a spleáchas ar léamha gearr srian lena úsáid in anailísí tras-traipeolaíocha casta. Ar an láimh eile, úsáideann seicheamhú PacBio (Iso-Seq) teicneolaíocht fadléithe, rud a chumasaíonn seicheamhú tras-scríbhinní mRNA lánfhad. Éascaíonn an cur chuige seo iniúchadh cuimsitheach ar splicing mhalartach, comhleá géine, agus il-adenylation. Mar sin féin, tá roghanna eile ann maidir le cainníochtú géine mar gheall ar an méid ard sonraí a theastaíonn. Tá teicneolaíocht seicheamhaithe PacBio ag brath ar sheicheamhú aon-mhóilín, fíor-ama (SMRT), ag soláthar buntáiste ar leith maidir le hathscríbhinní mRNA lánfhad a ghabháil. Is éard atá i gceist leis an gcur chuige nuálaíoch seo úsáid a bhaint as tonntreoraithe náid-mód (ZMWanna) agus toibreacha micrea-dhéanta a chumasaíonn breathnóireacht fíor-ama ar ghníomhaíocht DNA polaiméire le linn seicheamhú. Laistigh de na ZMWanna seo, sintéisíonn polaiméaráis DNA PacBio snáithe comhlántach DNA, ag giniúint léite fada a chuimsíonn tras-scríbhinní mRNA ina n-iomláine. Feabhsaíonn oibriú PacBio i modh seicheamhaithe Comhdhearcadh Ciorclach (CCS) cruinneas tríd an móilín céanna a sheicheamhú arís agus arís eile. Tá cruinneas na léite HiFi ginte inchomparáide le NGS, ag cur le hanailís chuimsitheach agus iontaofa ar ghnéithe casta tras-trascríobhacha.
Ardán: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
MRNA eucaryotic Seicheamhú-NGS
Cumasaíonn seicheamhú mRNA, teicneolaíocht ilúsáideach, próifíliú cuimsitheach a dhéanamh ar gach tras-scríbhinn mRNA laistigh de chealla faoi choinníollacha sonracha. Leis an raon feidhme leathan atá aici, nochtann an uirlis cheannródaíoch seo próifílí casta slonn géine, struchtúir ghéinte, agus meicníochtaí móilíneacha a bhaineann le próisis bhitheolaíocha éagsúla. Glactar go forleathan leis i mbuntaighde, diagnóisic chliniciúil, agus forbairt drugaí, cuireann seicheamhú mRNA léargais ar fáil ar chasta dhinimic cheallacha agus rialáil ghéiniteach, rud a spreagann fiosracht faoina acmhainneacht i réimsí éagsúla.
Ardán: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Seicheamhú-NGS mRNA nach bhfuil bunaithe ar Thagairtí
Cumasaíonn seicheamhú mRNA próifíliú cuimsitheach a dhéanamh ar gach tras-scríbhinn mRNA laistigh de chealla faoi choinníollacha sonracha. Feidhmíonn an teicneolaíocht cheannródaíoch seo mar uirlis chumhachtach, ag nochtadh próifílí casta géine in iúl, struchtúir ghéinte, agus meicníochtaí móilíneacha a bhaineann le próisis bhitheolaíocha éagsúla. Glacadh go forleathan leis i mbuntaighde, diagnóisic chliniciúil, agus forbairt drugaí, cuireann seicheamhú mRNA léargais ar fáil ar chasta dhinimic cheallacha agus rialáil ghéiniteach.
Ardán: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Seicheamh Fada Neamhchódaithe-Illumina
Tá RNAanna fada neamhchódaithe (lncRNAs) níos faide ná 200 núicléatídí a bhfuil acmhainneacht códaithe íosta acu agus is gnéithe ríthábhachtacha iad laistigh de RNA neamhchódaithe. Le fáil sa núicléas agus sa chíteaplasma, imríonn na RNAnna seo róil ríthábhachtacha i rialachán eipigineach, tras-trascríobhach agus iar-thscríbhinne, ag cur béime ar a dtábhacht i múnlú próisis cheallacha agus mhóilíneacha. Uirlis chumhachtach is ea seicheamhú LncRNA maidir le Difreáil Cille, Ontogenesis, agus Galair Daonna.
Ardán: Illumina NovaSeq
-
Seicheamhú RNA Beaga-Illumina
I measc na móilíní beaga RNA (sRNA), tá microRNAs (miRNAs), RNAnna beaga trasnacha (siRNAs), agus RNAnna idirghníomhaithe piwi (piRNAs). Ina measc seo, tá miRNAs, timpeall 18-25 núicléatídí ar fad, suntasach go háirithe as a ról lárnach rialála i bpróisis cheallacha éagsúla. Le patrúin slonn a bhaineann go sonrach le fíocháin agus le céim ar leith, léiríonn miRNAs ardchaomhnú thar speicis éagsúla.
Ardán: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Seicheamhú-Illumina
Is éard is seicheamh ciorclach RNA (circRNA-seq) ann RNAanna ciorclach a phróifíliú agus a anailísiú, aicme de mhóilíní RNA a fhoirmíonn lúb dúnta mar gheall ar imeachtaí splicing neamhchanónacha, ag soláthar cobhsaíocht mhéadaithe don RNA seo. Cé go bhfuil sé léirithe go bhfuil roinnt circRNAs ag gníomhú mar spúinsí microRNA, ag forlámhú microRNAs agus á gcosc óna sprioc-mRNAs a rialáil, féadfaidh circRNAanna eile idirghníomhú le próitéiní, léiriú géine a mhodhnú, nó róil a bheith acu i bpróisis cheallacha. Soláthraíonn anailís slonn circRNA léargais ar róil rialála na móilíní seo agus a dtábhacht i bpróisis cheallacha éagsúla, céimeanna forbartha, agus coinníollacha galair, ag cur le tuiscint níos doimhne ar chastacht rialáil RNA i gcomhthéacs léiriú géine.
-
Seicheamh Trascríofa Iomlán - Illumina
Tairgeann seicheamhú trascríobh iomlán cur chuige cuimsitheach chun móilíní RNA éagsúla a phróifíliú, a chuimsíonn códú (mRNA) agus RNAanna neamhchódaithe (lncRNA, circRNA, agus miRNA). Gabhann an teicníocht seo tras-scríbhinn iomlán na gceall sonrach ag tráth ar leith, rud a ligeann do thuiscint iomlánaíoch ar phróisis cheallacha. Tugtar “seicheamhú RNA iomlán” air freisin, tá sé mar aidhm aige líonraí rialála casta a nochtadh ag an leibhéal tras-traipéiseach, rud a chumasaíonn anailís dhomhain ar nós RNA inghineach iomaíoch (ceRNA) agus anailís chomhpháirteach RNA. Léiríonn sé seo an chéad chéim i dtreo tréithriú feidhme, go háirithe maidir le réiteach a fháil ar na líonraí rialála a bhaineann le hidirghníomhaíochtaí ceRNA atá bunaithe ar circRNA-miRNA-mRNA.
-
Seicheamhú Imdhíonta Chromatin (ChIP- seq)
Teicníc is ea Imdhíon-fhrasaíocht Chromatin (CHIP) a ghiaráil antasubstaintí chun próitéiní atá ceangailteach le DNA agus a spriocanna géanómaíochta comhfhreagracha a shaibhriú go roghnach. Cumasaíonn a chomhtháthú le NGS próifíliú ar fud an ghéanóim ar spriocanna DNA a bhaineann le modhnú histone, fachtóirí trascríobh, agus próitéiní DNA-cheangailteacha eile. Leis an gcur chuige dinimiciúil seo is féidir comparáid a dhéanamh idir suíomhanna ceangailteacha thar chineálacha cille, fíocháin nó coinníollacha éagsúla. Cuimsíonn feidhmchláir ChIP-Seq ó staidéar a dhéanamh ar rialáil tras-scríobhach agus ar bhealaí forbartha go dtí meicníochtaí galair a shoiléiriú, rud a fhágann gur uirlis fíor-riachtanach é chun tírdhreacha rialáil ghéanómach a thuiscint agus chun léargais theiripeacha a chur chun cinn.
Ardán: Illumina NovaSeq
