-
Idirghníomhaíocht Chromatin bunaithe ar Hi-C
Is modh é Hi-C atá deartha chun cumraíocht ghéanómach a ghabháil trí idirghníomhaíochtaí fiafraithe bunaithe ar ghaireacht agus seicheamhú ard-thréchuir a chomhcheangal. Tá an modh bunaithe ar chromatin trasnasctha le formaildéad, agus díleá agus athligation ina dhiaidh sin ar bhealach nach gcruthóidh ach blúirí atá nasctha go comhfhiúsach táirgí ligation. Trí na táirgí ligation seo a sheicheamhú, is féidir staidéar a dhéanamh ar eagrú 3D an ghéanóim. Cuireann Hi-C ar chumas staidéar a dhéanamh ar dháileadh na gcodanna den genome atá pacáilte go héadrom (urranna A, euchromatin) agus is dóichí go mbeidh siad gníomhach go tras-scríobhach, agus na réigiúin atá pacáilte níos déine (urranna B, Heterochromatin). Is féidir Hi-C a úsáid freisin chun Fearainn Topologically Associated (TADs) a aimsiú, réigiúin den ghéanóm a bhfuil struchtúir fillte acu agus ar dócha go bhfuil patrúin slonn comhchosúla acu, agus chun lúba crómatáin, réigiúin DNA atá ar ancaire le chéile ag próitéiní a aithint agus a bhfuil. go minic saibhrithe in eilimintí rialála. Tugann seirbhís seicheamhaithe Hi-C BMKGene cumhacht do thaighdeoirí chun gnéithe spásúla na géanómaíochta a fhiosrú, ag oscailt bealaí nua chun rialú géanóm agus a impleachtaí i sláinte agus galair a thuiscint.
-
Seicheamhú Imdhíonta Chromatin (ChIP- seq)
Teicníc is ea Imdhíon-fhrasaíocht Chromatin (CHIP) a ghiaráil antasubstaintí chun próitéiní atá ceangailteach le DNA agus a spriocanna géanómaíochta comhfhreagracha a shaibhriú go roghnach. Cumasaíonn a chomhtháthú le NGS próifíliú ar fud an ghéanóim ar spriocanna DNA a bhaineann le modhnú histone, fachtóirí trascríobh, agus próitéiní DNA-cheangailteacha eile. Leis an gcur chuige dinimiciúil seo is féidir comparáid a dhéanamh idir suíomhanna ceangailteacha thar chineálacha cille, fíocháin nó coinníollacha éagsúla. Cuimsíonn feidhmchláir ChIP-Seq ó staidéar a dhéanamh ar rialáil tras-scríobhach agus ar bhealaí forbartha go dtí meicníochtaí galair a shoiléiriú, rud a fhágann gur uirlis fíor-riachtanach é chun tírdhreacha rialáil ghéanómach a thuiscint agus chun léargais theiripeacha a chur chun cinn.
Ardán: Illumina NovaSeq
-
Seicheamh iomlán déshuilfíte genome (WGBS)
Seasann Seicheamhú Géanóm Iomlán Bisulfite (WGBS) mar mhodheolaíocht chaighdeán ór le haghaidh mion-iniúchadh meitilation DNA, go sonrach an cúigiú suíomh sa chitosín (5-mC), rialtóir ríthábhachtach ar léiriú géine agus gníomhaíocht cheallacha. Is éard atá i gceist leis an bprionsabal is bun leis an WGBS ná cóireáil déshulfíte, rud a fhágann go n-iompófar cíteóisíní neamh-mheitiolaithe go uracil (C go U), agus ag fágáil cítoisín meitiolaithe gan athrú. Tairgeann an teicníocht seo taifeach aon-bhonn, rud a ligeann do thaighdeoirí imscrúdú cuimsitheach a dhéanamh ar an meitilome agus patrúin mhínormálta a bhaineann le coinníollacha éagsúla a aimsiú, go háirithe ailse. Trí úsáid a bhaint as WGBS, is féidir le heolaithe léargais thar na bearta a fháil ar thírdhreacha meitilation ar fud an ghéanóim, ag soláthar tuiscint níos fearr ar na meicníochtaí eipigéiniteacha atá mar bhunús le próisis agus galair bhitheolaíocha éagsúla.
-
Measúnú ar Chrómatin Inrochtana Trasposáis le Seicheamhú Ard-Tréchur (ATAC-seq)
Is teicníc seicheamhaithe ard-tréchuir é ATAC-seq a úsáidtear le haghaidh anailíse inrochtaineachta crómatáin ar fud an ghéanóim. Soláthraíonn úsáid sé tuiscint níos doimhne ar na meicníochtaí casta a bhaineann le rialú epigenetic domhanda ar léiriú géine. Úsáideann an modh trasposase Tn5 hipirghníomhach chun réigiúin chromatin oscailte a scoilteadh agus a chlibeáil go comhuaineach trí oiriúntóirí seicheamhaithe a chur isteach. Cruthaítear leabharlann seicheamhaithe mar thoradh ar aimpliú PCR ina dhiaidh sin, rud a cheadaíonn sainaithint chuimsitheach ar réigiúin chromatin oscailte faoi choinníollacha spáis-ama ar leith. Soláthraíonn ATAC-seq léargas iomlánaíoch ar thírdhreacha crómatin inrochtana, murab ionann agus modhanna a dhíríonn go hiomlán ar shuíomhanna ceangailteacha fachtóir trascríobh nó ar réigiúin shainmhodhnaithe histone. Trí na réigiúin chromatin oscailte seo a sheicheamhú, léiríonn ATAC-seq réigiúin is dóichí go rachaidh siad i bhfeidhm ar sheichimh rialála gníomhacha agus ar shuíomhanna a d’fhéadfadh a bheith ina gceangal ar fhachtóirí trascríobh, ag tairiscint léargais luachmhara ar mhodhnú dinimiciúil léiriú géine ar fud an ghéanóm.
-
Seicheamhú Déshulfite Léirithe Laghdaithe (RRBS)
Léiriú Laghdaithe Tá Seicheamhú Déshulfít Léirithe (RRBS) tagtha chun cinn mar mhalairt éifeachtach ó thaobh costais de ar Sheicheamhú Déshulfíte Géineoim Iomlán (WGBS) i dtaighde meitilithe DNA. Cé go soláthraíonn WGBS léargais chuimsitheacha trí scrúdú a dhéanamh ar an ngéanóm iomlán ag taifeach bonn aonair, is féidir leis an gcostas ard a bheith ina fhachtóir teorannaithe. Maolaíonn RRBS an dúshlán seo go straitéiseach trí anailís roghnach a dhéanamh ar chuid ionadaíoch den ghéanóm. Braitheann an mhodheolaíocht seo ar shaibhriú réigiún saibhir oileánda CpG trí scoilteacht MspI agus roghnú méide ina dhiaidh sin idir 200-500/600 bps. Dá bhrí sin, ní dhéantar seicheamhú ar réigiúin atá cóngarach d’oileáin CpG, agus fágtar iad siúd a bhfuil oileáin CpG i bhfad i gcéin acu as an anailís. Ceadaíonn an próiseas seo, in éineacht le seicheamhú bisulfite, do bhrath ardtaifigh ar mheitiliú DNA, agus díríonn an cur chuige seicheamhaithe, PE150, go sonrach ar chríoch na n-ionsáite seachas an lár, ag méadú éifeachtacht próifílithe meitile. Is uirlis fhíorluachmhar é an RRBS a chuireann ar chumas taighde meitile DNA cost-éifeachtach agus a chuireann eolas ar mheicníochtaí eipigéiniteacha chun cinn.
