Seicheamhú Géanóim Gléasra/Ainmhithe De Novo
De Novotagraíonn seicheamhú do thógáil géanóm iomlán speicis ag baint úsáide as teicneolaíochtaí seicheamhaithe in éagmais géanóm tagartha. Chuir tabhairt isteach agus glacadh forleathan seicheamhú tríú glúin, ina bhfuil léimh níos faide, go mór le cóimeáil ghéanóim tríd an bhforluí idir léith a mhéadú. Tá an feabhsú seo thar a bheith tábhachtach nuair atáthar ag déileáil le géanóim dhúshlánacha, mar iad siúd a thaispeánann ard-heitrisigeachas, cóimheas ard de réigiúin athchleachtach, polaplóidigh, agus réigiúin le heilimintí athchleachtach, inneachar neamhghnácha GC, nó ard-chastacht nach mbíonn comhchruinnithe go dona go hiondúil ag baint úsáide as seicheamh gearrléamh. ina aonar.
Soláthraíonn ár réiteach aon-stad seirbhísí seicheamhaithe comhtháite agus anailís bhithfhaisnéiseach a sheachadann genome cóimeáilte de novo ardchaighdeáin. Soláthraíonn suirbhé genome tosaigh le Illumina meastacháin ar mhéid agus ar chastacht an ghéanóim, agus úsáidtear an fhaisnéis seo chun an chéad chéim eile den seicheamhú fadléithe a threorú le PacBio HiFi, agus ina dhiaidh sinde novocóimeáil contigs. Trí úsáid a bhaint as cóimeáil HiC ina dhiaidh sin is féidir na contigí a ancaire don ghéanóm, ag fáil cóimeála ar leibhéal na crómasóim. Ar deireadh, déantar an géanóm a anótáil trí thuar géine agus trí ghéinte sainráite a sheicheamhú, ag dul i muinín tras-scríbhinní le léann gearr agus fada.
Gnéithe Seirbhíse
● Comhtháthú ilseirbhísí seicheamhaithe agus bithfhaisnéise i réiteach aon-stad:
suirbhé genome le Illumina chun méid genome a mheas agus na céimeanna ina dhiaidh sin a threorú;
Seicheamh léamh fada le haghaidhde novocóimeáil contigs;
Seicheamh Hi-C le haghaidh ancaireacht crómasóim;
seicheamh mRNA le haghaidh anótáil géinte;
Bailíochtú an tionóil.
● Seirbhís oiriúnach chun géanóim núíosacha a thógáil nó chun géanóim thagartha reatha a fheabhsú do speicis inspéise.
Buntáistí Seirbhíse
Ardáin seicheamhaithe agus bithfhaisnéisíochta a fhorbairt ide novotionól genome
(Amarasinghe SL et al.,Bitheolaíocht Genome, 2020)
●Saineolas Fairsing agus Taifead Foilseacháin: Tá taithí ollmhór carntha ag BMKGene ar thionól genome ardcháilíochta de speicis éagsúla, lena n-áirítear géanóim dioplóideacha agus géanóim an-chasta speiceas polaplóideach agus allopolyploid. Ó 2018, táimid tar éis rannchuidiú le breis300 foilseachán ardtionchair, agus 20+ díobh foilsithe in Nature Genetics.
● Réiteach aon-stad: comhcheanglaíonn ár gcur chuige comhtháite iltheicneolaíochtaí seicheamhaithe agus anailísí bithfhaisnéise isteach i sreabhadh oibre comhtháite, ag seachadadh géanóm ardcháilíochta le chéile.
●In oiriúint do do Riachtanais: Tá ár sreabhadh oibre seirbhíse saincheaptha, rud a cheadaíonn oiriúnú do ghéanóim le gnéithe éagsúla agus riachtanais taighde ar leith. Áirítear leis seo freastal ar ghéanóim ollmhóra, ar ghéanóim polaplóideacha, ar ghéanóim an-heitrisigeacha, agus go leor eile.
●Foireann Bithfhaisnéisíochta agus Saotharlainne Ardoilte: le sárthaithí i gcúrsaí turgnamhacha agus bithfhaisnéisíochta de chomhthionóil chasta ghéanóim agus sraith cóipchearta paitinní agus bogearraí.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin:Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú an tionscadail le tréimhse seirbhíse 3 mhí tar éis an díola. Le linn an ama seo, cuirimid gníomhaíochtaí leantacha tionscadail, cúnamh fabhtcheartaithe, agus seisiúin ceisteanna agus freagraí ar fáil chun dul i ngleic le haon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Suirbhé genome | Tionól genome | Leibhéal crómasóim | Anótáil Géanóim |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi léann | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (roghnach) Fad iomlán RNA-seq PacBio 40 Gb nó Nanópóir 12 Gb |
Riachtanais Seirbhíse
Le haghaidh Suirbhé Géanóim, Tionól Géanóim agus Tionól Hi-C:
| Fíocháin nó aigéid núicléacha eastósctha | Suirbhé Géanóim | Tionól Genome le PacBio | Hi-C Tionól |
| Viscera ainmhithe | 0,5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Muscle Ainmhithe | ≥ 5 g | ||
| Fola Mamach | 1.5 mL
| ≥ 5 mL | ≥2 mL |
| Éanlaith Chlóis/Fola Éisc | ≥ 0.5 mL | ||
| Gléasra - Duilleog Úr | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Cealla Saothraithe |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| feithid | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA bhaintear | Tiúchan: ≥1 ng/ µL Méid ≥ 30 ng Díghrádú nó éilliú teoranta nó gan éilliú | Tiúchan: ≥ 50 ng/ µL Méid: 10 µg / cill sreafa / sampla OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 Díghrádú nó éilliú teoranta nó gan éilliú |
-
|
Le haghaidh nóta Genome le trascríobh:
| Fíocháin nó aigéid núicléacha eastósctha | Trascríobh Illumina | Athscríbhinn PacBio | Trascríobh Nanaopóir |
| Gléasra - Fréamh/Gas/Peital | 450 mg | 600 mg | |
| Gléasra – Duilleog/Síl | 300 mg | 300 mg | |
| Gléasra - Torthaí | 1.2 g | 1.2 g | |
| Croí Ainmhithe/Stéig | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera Ainmhithe/Inchinn | 240 mg | 240 mg | |
| Muscle Ainmhithe | 450 mg | 450 mg | |
| Cnámha Ainmhithe/Gruaig/Craiceann | 1 g | 1 g | |
| Artrapod - Feithidí | 6 | 6 | |
| Artrapod - Crústaigh | 300 mg | 300 mg | |
| Fola ar fad | 1 feadán | 1 feadán | |
| RNA bhaintear | Tiúchan: ≥ 20 ng/ µL Méid ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥6 5≥28S/18S≥1 | Tiúchan: ≥ 100 ng/ µL Méid ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Tiúchan: ≥ 100 ng/ µL Méid ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
(I gcás fhormhór na samplaí, molaimid gan a chaomhnú in eatánól.)
Lipéadú samplach: Ní mór na samplaí a lipéadú go soiléir agus a bheith comhionann leis an bhfoirm faisnéise samplach a cuireadh isteach.
Loingsiú: Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí ar dtús agus a chur faoi oighear tirim.
Sreabhadh oibre
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
eastóscadh DNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Anailís bhithfhaisnéiseach iomlán, deighilte i 4 chéim:
1) Léann suirbhé genome, bunaithe ar anailís k-mer le NGS:
Meastachán ar mhéid an ghéanóim
Meastachán ar heitrisigeachas
Meastachán ar réigiúin athchleachtach
2) Tionól Genome le PacBio HiFi:
De nuationól
Measúnú tionóil: lena n-áirítear anailís BUSCO maidir le hiomláine an ghéanóim agus mapáil siar na léann NGS agus PacBio HiFi
3) Tionól Hi-C:
Leabharlann Hi-C QC: meastachán ar idirghníomhaíochtaí bailí Hi-C
Cóimeáil Hi-C: contigs a bhraisliú i ngrúpaí, á leanúint ag ordú contig laistigh de gach grúpa agus treoshuíomh contig a shannadh
Meastóireacht Hi-C
4) Nóta Genome:
Réamh-mheastachán RNA neamhchódaithe
Aithint seichimh athchleachtach (trasumháin agus athrá comhuaineach)
Tuar géine
§De nua: halgartaim ab initio
§ Bunaithe ar homaleolaíocht
§ Bunaithe ar thras-scríbhinne, le léamha fada agus gearra: tá léamhade novocurtha le chéile nó mapáilte chuig an dréacht-ghéanóm
§ Anótáil ar ghéinte tuartha le bunachair shonraí iolracha
1) Suirbhé Géanóim - anailís k-mer
2) Tionól Genome
2) Tionól Géanóim – Léann PacBio HiFi an léarscáiliú go dréacht-thionól
2) Tionól Hi-C – meastachán ar phéirí idirghníomhaíochta bailí Hi-C
3) Hi-C meastóireacht iar-tionóil
4) Anótáil Géanóim – comhtháthú na ngéinte tuartha
4) Anótáil ghéanóim – anótáil ghéinte tuartha
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn a éascaíonn seirbhísí tionóil de novo genome BMKGene trí bhailiúchán coimeádaithe foilseachán:
Li, C. et al. (2021) 'Nochtann seichimh genome bealaí scaipthe domhanda agus molann siad oiriúnuithe géiniteacha coinbhéirseacha in éabhlóid na gcapall mara', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Athruithe Crómasómacha ar Mhórscála mar thoradh ar Athruithe Slonn Géineóm-Leibhéil, Oiriúnú Comhshaoil, agus Speicis sa Ghayal (Bos frontalis)', Bitheolaíocht Mhóilíneach agus Éabhlóid, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Cóimeáil agus dáileadh géiniteach germplasm arbhar Indiach feiceálach atá frithsheasmhach in aghaidh triomach', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), lgh. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Ag nochtadh bithshintéise alcalóideach trópaine trí anailís a dhéanamh ar dhá ghéanóm sa teaghlach Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), lgh. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Cás-staidéir dhúshlánacha:
Tionól Telomere-go-telomere:Fu, A. et al. (2023) 'Nochtann cóimeáil genome telomere-go-telomere de mhelún searbh (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) forbairt torthaí, comhdhéanamh agus tréithe géiniteacha aibithe', Horticulture Research, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Tionól Haplotype:Hu, W. et al. (2021) 'Nochtann géanóm sainithe ailléil idirdhealú biallelic le linn éabhlóid na casabhaigh', Molecular Plant, 14(6), lgh. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Tionól ollmhór genome:Yuan, J. et al. (2022) 'Bun genomic an giga-chrómasóm agus giga-genome peony na gcrann Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), lgh 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Tionól genome polyploid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Léargas genomic ar an laghdú crómasóim le déanaí ar an súcra autopolyploid Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), lgh. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
