PacBio 2+3 Réiteach mRNA Lánfhaid
Gnéithe
● Dearadh staidéir:
Sampla comhthiomsaithe curtha in ord le PacBio chun isfhoirmeacha tras-scríofa a aithint
Samplaí ar leith (macasamhla agus coinníollacha le tástáil) in ord leNGS chun slonn tras-scríofa a chainníochtú
● Seicheamh PacBio i mód CCS, ag giniúint léite HiFi
● Seicheamhú na n-athscríbhinní lánfhad
● Ní éilíonn anailís géanóm tagartha; áfach, d'fhéadfadh sé a bheith fostaithe
● Áirítear le hanailís bithfhaisnéiseach ní hamháin léiriú ar leibhéal géine agus isisefhoirmeach ach freisin anailís ar lncRNA, comhleá géine, il-adeylation, agus struchtúr géine.
Buntáistí
● Cruinneas Ard: Léann HiFi le cruinneas > 99.9% (Q30), atá inchomparáide le NGS
● Anailís Splicing Malartach: trí gach tras-scríbhinn a chur in ord is féidir sainaithint agus tréithriú isoform.
● Comhcheangal de Láidreachtaí PacBio agus NGS: cainníochtú slonn a chumasú ag leibhéal an isoform, ag nochtadh athrú a d'fhéadfaí a cheilt agus an slonn géine iomlán á anailísiú
● Saineolas Fairsing: le cuntas teiste de níos mó ná 1100 tionscadal tras-scríobh iomlán PacBio a chríochnú agus níos mó ná 2300 sampla a phróiseáil, tugann ár bhfoireann saibhreas taithí do gach tionscadal.
● Tacaíocht Iar-Dhíolacháin: Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú an tionscadail le tréimhse seirbhíse 3 mhí tar éis an díola. Le linn an ama seo, cuirimid gníomhaíochtaí leantacha tionscadail, cúnamh fabhtcheartaithe, agus seisiúin ceisteanna agus freagraí ar fáil chun dul i ngleic le haon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí.
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
| Leabharlann | Straitéis seicheamhaithe | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| PolyA saibhrithe mRNA leabharlann CCS | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Polai A saibhrithe | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Núicléatídí
|
| Conc.(ng/μl) | Méid (μg) | Íonachta | Ionracas |
| Leabharlann Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon a thaispeáint ar fhoirmiú. | I gcás plandaí: RIN≥4.0; I gcás ainmhithe: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ingearchló bunlíne teoranta nó gan aon |
| Leabharlann PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon a thaispeáint ar fhoirmiú. | Plandaí: RIN≥7.5 Ainmhithe: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ingearchló bunlíne teoranta nó gan aon |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpa+ a mhacasamhlú m.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Loingsiú:
1. Tirim-oighear:Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a chur faoi oighear tirim.
2. Feadáin RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus iad a sheoladh i dteocht an tseomra.
Áirítear leis an anailís seo a leanas:
Rialú cáilíochta sonraí amh
Anailís Pola-áitrithe Malartach (APA)
Anailís trascríobh Fusion
Anailís Splicing Malartach
Anailís ar Ortaológa Cóip Aonair Uilíoch (BUSCO) a thagarmharcáil
Anailís ar thras-scríbhinní núíosacha: seichimh códaithe (CDS) agus anótáil fheidhmiúil a thuar
Anailís lncRNA: lncRNA agus spriocanna a thuar
Aitheantas Micreastailíte (SSR)
Anailís ar Thrscríbhinní a Léirítear go Difreálach (DETanna).
Anailís ar Ghéinte a Léirítear go Difreálach (DEGanna).
Nóta feidhmiúil DEGanna agus DETanna
Anailís BUSCO
Anailís Splicing Malartach
Anailís Pola-áitrithe Malartach (APA)
Géinte a Léirítear go Difreálach (DEGanna) agus Athscríbhinní (anailísí DETs9
Líonraí idirghníomhaíochta Próitéin-Próitéin de DETs agus DEGanna
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn atá éascaithe ag seicheamh mRNA lánfhad PacBio 2+3 de chuid BMKGene trí bhailiúchán coimeádaithe foilseachán.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinimic forbartha an tras-scríbhinne gas Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), lgh. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Athruithe Dinimiciúla ar Ábhar Aigéad Ascorbaigh le linn Forbartha Torthaí agus Aibithe Actinidia latifolia (Barr Torthaí Saibhir Ascorbate) agus na Meicníochtaí Móilíneacha Comhlachaithe', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), lch. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Tuar éifeachtach ar ghéinte cosán bithsintéiseach a bhfuil baint acu le polyphyllins bithghníomhacha i bPolaifílla Pháras', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), lgh. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Anailís Chomhcheangailte PacBio Iso-Seq agus Illumina RNA-Seq ar na Géinte Trascriptome Tuta absoluta (Meyrick) agus Cytochrome P450', Feithidí, 14(4), lch. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Suirbhé ar chastacht tras-sgrìobhaidh ag baint úsáide as anailís fíor-ama aon-mhóilín PacBio in éineacht le seicheamhú Illumina RNA chun tuiscint níos fearr a fháil ar bhithshintéis aigéid ricinoleic in Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), lgh. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
