mRNA-seq (NGS) le géanóm tagartha

mRNA-seq (NGS) le géanóm tagartha

Is uirlis chaighdeánach é RNA-seq trasna eolaíochtaí beatha agus barr, ag líonadh na bearna idir géanóim agus próitéamaí. Is é a láidreacht ná tras-scríbhinní nua a aimsiú agus a gcur in iúl a chainníochtú in aon mheasúnacht amháin. Úsáidtear go forleathan é le haghaidh staidéir thrasrapómacha chomparáideacha, ag nochtadh géinte a bhaineann le tréithe nó feinitíopaí éagsúla, cosúil le mutants a chur i gcomparáid le cineálacha fiáine nó léiriú géine a nochtadh faoi choinníollacha sonracha. Comhtháthaíonn APP BMKCloud mRNA (Tagairt) cainníochtú slonn, anailís difreálach slonn (DEG), agus anailís ar struchtúr seicheamh isteach sa phíblíne bithfhaisnéisíochta mRNA-seq(NGS) agus cónascadh láidreachtaí bogearraí comhchosúla, ag cinntiú áisiúlacht agus cairdiúlacht úsáideora. Is féidir le húsáideoirí a gcuid sonraí RNA-seq a uaslódáil chuig an scamall, áit a dtugann an App réiteach cuimsitheach aon-stad anailíse bithfhaisnéise. Ina theannta sin, tugann sé tosaíocht d'eispéireas an chustaiméara, ag tairiscint oibríochtaí pearsantaithe atá oiriúnaithe do shainriachtanais úsáideoirí. Is féidir le húsáideoirí paraiméadair a shocrú agus an misean píblíne a chur isteach leo féin, an tuarascáil idirghníomhach a sheiceáil, sonraí / léaráidí a fheiceáil agus mianadóireacht sonraí a chomhlánú, mar shampla: roghnú géine sprice, cnuasach feidhme, léaráidiú, etc.

Torthaí taispeána

Mianadóireacht sonraí

Ceanglas iompórtála

Príomh-anailís

Tagairt

Torthaí taispeána

Mianadóireacht sonraí

Ceanglas iompórtála

Ardán:Illumina, MGI
Straitéis:RNA-Seq
Leagan Amach: Sonraí glan, glan.
Cineál leabharlainne:fr-unstranded, fr-firststrand or fr-darastrand
Fad léite:150 bp
Cineál comhaid:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz nó *.fq.gz. Déanfaidh an córaspéireáil na comhaid .fastq go huathoibríoch de réir a n-ainmneacha comhaid,m.sh. *_1.fastq péireáilte le *._2.fastq.
Líon samplaí:Níl aon srianta ar an líonde shamplaí, ach méadóidh an t-am anailíse mar líon nafásann samplaí.
Méid na Sonraí Molta:6G in aghaidh an tsampla

Príomh-anailís

Na príomhuirlisí anailíse agus bithfhaisnéise de mRNA-seq (Tagairt)Tá an phíblíne mar seo a leanas:

1. Rialú Cáilíochta Rawdata:

•Seichimh ar chaighdeán íseal, seichimh oiriúntóra a bhaint,srl;

•Uirlisí: píblíne forbartha intí;

2. Sonraí a ailíniú le géanóm tagartha:

•Léann a ailíniú le algartam splice-eolas i gcoinne angenome tagartha.

•Uirlisí:HISAT2, samuirlis

3. Anailís cáilíochta leabharlainne:

•Cuir isteach anailís faid, anailís sáithiúcháin seicheamh, etc;

•Uirlisí:samuirlis;

4. Anailís ar struchtúr seicheamh:

• Anailís splicing mhalartach, leas iomlán a bhaint as struchtúr géine,tuar géine úrscéal, etc;

•Uirlisí:Teaghrán, gff comparáid, GATK,DIAMOND, IdirProScan, agusHMMER.

5. Anailís léiriú difreálach:

•Scagthástáil DEG, anailís comhghaolmhaireachta, feidhmiúilsaibhriú ;

•Torthaí léirshamhlaithe éagsúla;

•RleSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq

Tagairt

1. Kim, Daehwan et al. “Ailíniú géanóm bunaithe ar ghraif agusgéinitíopáil le HISAT2 agus géinitíopa HISAT.”DúlraBiteicneolaíocht37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. “Foireann Uirlisí Anailíse Géanóim: aCreat MapReduce chun anailís a dhéanamh ar DNA den chéad ghlúin eilesonraí seicheamhaithe.”Taighde genome20 9 (2010): 1297-303 .

3. Li, Heng et al. “Formáid an Ailínithe Seicheamh/Mapa agusUirlisí SAM."Bithfhaisnéisíocht25 (2009): 2078 - 2079 .

4. Perțea, Mihaela et al. “Cuireann StringTie ar chumas feabhsaitheatógáil tras-scríbhinne ó RNA-seq léann.”DúlraBiteicneolaíocht33 (2015): 290-295.

5. Grá, Michael I. et al. “Meastachán measartha ar fhilleadh agusscaipthe do shonraí RNA-seq le DESeq2.”GéanómBitheolaíocht15 (2014): n. lch.

6. Eddy, Sean R.. “Próifíl Luathaithe Cuardach HMM.”PLoS Bitheolaíocht Ríomhaireachtúil7 (2011): n. lch.

mRNA-seq (NGS) le géanóm tagartha

mRNA-seq (NGS) le géanóm tagartha

fháil ceanglófar

Seol do theachtaireacht chugainn: