Éabhlóid ghéanóm
PNAS
Stair an Tionscnaimh Éabhlóideach agus an Chónaidhm Óir (Carassius Auratus)
Pacbio | Illumina | Léarscáil Genome Bionano | Tionól Genome Hi-C | Léarscáil ghéiniteach | Gwas | RNA-seq
Buaicphointí
Nuashonraíodh géanóm 1.Goldfish le leagan cóimeála ardchaighdeáin, ag ancaire 95.75% de na contigs i 50 pseudochromosomes (Scaffold N50 = 31.84 MB). Bhí dhá fho -chionta díothaithe.
2. Sainaithníodh réigiúin fhéineacha de scuabaí roghnacha le linn na ceansaithe ó shonraí 201 duine aonair a athdhíriú, ag nochtadh níos mó ná 390 géinte iarrthóra a bhfuil baint acu le tréithe ceansaithe.
3.Tá sé ar an eite droma i iasc órga ceansaithe, léirigh 378 géinte iarrthóra a d'fhéadfadh a bheith bainteach leo. Aithníodh tuairisceoir kinase tyrosine-próitéin mar ghéin chúise iarrthóra a bhaineann le trédhearcacht
Cúlra
Tá iasc órga (Carassius auratus) ar cheann de na héisc feirme is tábhachtaí, a bhí ceansaithe ó charbán crucian sa tSín ársa. Rinne Charles Darwin trácht orthu mar “ag dul thar éagsúlacht datha beagnach gan teorainn, buailimid leis na modhnuithe is neamhghnách ar an struchtúr”. Mar gheall ar ghnéithe thar a bheith éagsúil agus stair fhada na ceansaithe agus an phóraithe, is córas samhail ghéiniteach den scoth é an t -iasc órga le haghaidh fiseolaíochta agus éabhlóid éisc.
Éalú
Géanóm iasc ór
JFágann anailís oint ar shonraí seicheamhaithe PACBIO agus Illumina péire péire dréacht-tionól tosaigh 1.657 g (contig N50 = 474 kb). Gineadh Léarscáil Optúil Bionano agus ceartaíodh an tionól ina 1.73 GB i méid (méid measta géanóm: 1.8 GB). Chuir tionól bunaithe ar Hi-C feabhas breise ar scafall N50 ó 606 kb go 31.84 MB agus bhain sé 95.75% (1.65 GB) amach agus ordaíodh ráta ancaire. Cuimsíonn an géanóm 56,251 géinte códaithe agus 10,098 athscríbhinn neamhchódála fada. Thairis sin, tuaradh 38 réigiún ionchasach féideartha as 50 crómasóm.
Fig.1 Géanóm Éisc Óir
TSainaithníodh tacair shoiléire de fho -aimí sna 50 crómasóm iasc órga a d'eascair as imeacht hibridithe ársa. Sainmhíníodh an tsraith crómasóim le cion níos airde de na léamha ailínithe idir iasc órga agus barbinae mar fho -chionta A (chra01 ~ A25), ie subgenome a bhí coitianta le Barbinae, agus na hiarsmaí mar fho -chionta B (CHRB01 ~ B25).
Ceansú agus scuabaí roghnacha
AIomlán de 16 carranna crucian de chineál fiáin agus 185 malairtí iasc órga ionadaíocha a bhí ina n -athbheochan le meán -dhoimhneacht seicheamhaithe de thart ar 12.5x, ag giniúint 4.3 terabases sonraí. Dheimhnigh atógáil phylogenetic agus anailís PCA gaol níos dlúithe idir iasc órga coitianta agus carbán crucian ná iasc órga eile, a roinntear ina dhá shliocht.
LD Thacaigh anailís lofa ar os cionn na gceithre fho -chomhdhaonra le scrogall géiniteach daonra a bheith ann le linn na ceansaithe agus an roghnú saorga láidir i iasc órga. Léirigh éagsúlacht ghéiniteach (π) ó charbán crucian go héisc órga coitianta go dtí iasc órga agus iasc órga uibhe carnadh suntasach éagsúlachtaí géiniteacha le linn a n -uafás. 50 Aithníodh réigiúin ghéanómacha roghnaitheacha a chlúdaíonn 25.2 MB agus 946 géinte ó shonraí ionadaíocha (33 iasc órga agus 16 cacamas crucian). Anailís a leathnú go dtí 201 duine, chuir 393 géinte réigiúin in iúl go raibh an t -uafás roghnach comhlánaithe. Fuarthas na géinte seo de éagsúlacht íseal, agus is dócha gur chuir siad leis na feinitíopaí a bhaineann le mór-thréithe ceansaithe i iasc órga.
Fig.3 Anailís a bhaineann le ceansú ar fud an ghéanóim
GWAS ar iasc órga ceansaithe
DIs príomhghné é Fin Orsal a idirdhealaíonn iasc órga ó iasc órga uibhe. Léirigh GWAs de dhroichead droma ar 96 iasc órga Wen agus 87 iasc órga ubh 378 géinte iarrthóra a scaiptear thar 13 crómasóm agus breathnaíodh dáileadh míchothrom na ngéinte seo idir fo -aimí. Leag anailís fheidhmiúil ar na géinte iarrthóra seo béim ar phróisis bhitheolaíocha lena n -áirítear “comharthaíocht ghabhdóra dhromchla cille”, “iompar tras -chraicinn”, “forbairt córais chnámharlaigh”, etc.
Fíor.4 GWAs de Fin Dorsal ar Éisc Óir Ceansaithe
In GWAanna de thréithe trédhearcacha a bhaineann le scála, braitheadh buaic láidir comhlachais amháin. Sainaithníodh ionchódú géine gabhdóir kinase tyrosine-próitéin i gceann de na réigiúin iarrthóra.
Fig.5 GWAanna de thréithe trédhearcacha a bhaineann le scála
Tagairt a dhéanamh do
CHen D et al. An bunús éabhlóideach agus stair ceansaithe an iasc órga (Carassius auratus). PNAS (2020)
Scéal Tá sé mar aidhm aige na cásanna rathúla is déanaí a roinnt le Teicneolaíochtaí Biomker, ag gabháil éachtaí eolaíochta núíosacha chomh maith le teicnící suntasacha a cuireadh i bhfeidhm le linn an staidéir.
Am Post: Jan-04-2022