Éabhlóid GENOME, PANGENOME
Cad é Pan-genome?
Léiríonn fianaise carntha gur féidir le héagsúlachtaí idir cineálacha éagsúla speiceas a bheith ollmhór. Tá géanóm amháin i bhfad ó go leor chun an pictiúr iomlán a fháil ar fhaisnéis ghéiniteach speiceas amháin. Is é cuspóir an staidéir Pan-genome ná graf géanóm níos cuimsithí de speiceas a fháil agus na caidrimh idir tréithe agus cóid ghéiniteacha a dhíchódú trí chineálacha iomadúla a chur le chéile genome de novo, a cheadaíonn mianadóireacht níos doimhne agus níos leithne ar na héagsúlachtaí.
Treochtaí an Staidéir Pan-ghéanóim
Fíor 1 Treochtaí na bpáipéar taighde foilsithe ar Pan-genome.
Nóta: Léiríonn an figiúr an toradh ar “pan-genome” a ghlacadh mar an eochairfhocal chun teidil na n-alt a foilsíodh in irisí sraith Nature, Cell and Science a chuardach
a. Déantar léamha ó ilshamplaí a ailíniú le tagairt agus cuirtear cinn neamhailínithe le chéile i contigí núíosacha. Trí na contigs úrscéalta seo a chur leis an seicheamh tagartha bunaidh, is féidir tagairt pangenome a dhéanamh. Cinntear réigiúin indiúscartha bunaithe ar mhapáil gach léimh siar go dtí an pangenóim.
b. Ligeann cóimeáil de novo ghéanóim na n-aontachais iolracha cineálacha cur chuige ailínithe géanóm iomláin chun réigiúin ghéanómaíochta indiúscartha a aithint.
c. Is féidir graf uile-ghéanóm a thógáil ó ailínithe géanóim iomlána nó trí chóimeáil graif de novo, a stórálann go héifeachtach faisnéis athraitheach na réigiún indiúscartha mar chonairí uathúla tríd an ngraf.
Conas Pan-genome a thógáil?
Fíor 2 Comparáid idir na cineálacha cur chuige pan-genome1
a. Déantar léamha ó ilshamplaí a ailíniú le tagairt agus cuirtear cinn neamhailínithe le chéile i contigí núíosacha. Trí na contigs úrscéalta seo a chur leis an seicheamh tagartha bunaidh, is féidir tagairt pangenome a dhéanamh. Cinntear réigiúin indiúscartha bunaithe ar mhapáil gach léimh siar go dtí an pangenóim.
b. Ligeann cóimeáil de novo ghéanóim na n-aontachais iolracha cineálacha cur chuige ailínithe géanóm iomláin chun réigiúin ghéanómaíochta indiúscartha a aithint.
c. Is féidir graf uile-ghéanóm a thógáil ó ailínithe géanóim iomlána nó trí chóimeáil graif de novo, a stórálann go héifeachtach faisnéis athraitheach na réigiún indiúscartha mar chonairí uathúla tríd an ngraf.
Pan-genomes a Foilsíodh le déanaí
● Géanóim pan-éignithe2
● Géanóim trátaí 3
● Rís Pan -genome4
● Lus na gréine Pan-genome5
● Pónaire soighe Pan-genome 6
● Rís Pan-genome7
● Eorna Pan-genome8
● Cruithneacht Pan-genome9
● Sorghum Pan-genome10
● Pan-ghéanóm fíteaplanctóin11
Tagairt
1. Is é Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. pan-genomes plandaí an tagairt nua. Plandaí Nat. 2020; 6(8):914-920. doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Amhrán JM, Guan Z, Hu J, et al. Nochtann ocht géanóim ardcháilíochta ailtireacht pan-ghéanóim agus idirdhealú éiceachóipe de Brassica napus. Plandaí Nat. 2020; 6(1):34-45. doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al. Nochtann an pan-genome trátaí géinte nua agus ailléil annamh a rialaíonn blas torthaí. Nat Géin. 2019; 51(6): 1044-1051. doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al. Leagann anailís pan-genome béim ar an méid éagsúlachta géanómaíochta i rís saothraithe agus fiáin [tá ceartú foilsithe le feiceáil in Nat Genet. 2018 Lúnasa; 50(8):1196]. Nat Géin. 2018; 50(2): 278-284. doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al. Léiríonn anailís pan-genome lus na gréine gur athraigh hibridiú ábhar géine agus friotaíocht galair. Plandaí Nat. 2019; 5(1):54-62. doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al. Pan-genome Pónairí Soighe Fiáine agus Saothraithe. cill. 2020; 182(1):162-176.e13. doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al. Nochtann anailís pan-genome ar 33 aontachas ríse atá éagsúil go géiniteach éagsúlachtaí géanómacha ceilte [foilsithe ar líne roimh phriontáil, 2021 25 Bealtaine]. cill. 2021;S0092-8674(21)00581-X. doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al. Nochtann pan-ghéanóm eorna an oidhreacht fholaithe a bhaineann le pórú sócháin. Dúlra. 2020; 588(7837): 284-289. doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al. Nochtann genomes cruithneachta iolracha éagsúlacht dhomhanda sa phórú nua-aimseartha. Dúlra. 2020; 588(7837): 277-283. doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al. Éagsúlacht fhairsing laistigh den uile-ghéanóm de sorgwm saothraithe agus fiáin [foilsithe ar líne roimh phriontáil, 2021 Bealtaine 20]. Plandaí Nat. 2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x. doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al. Nochtann pangenome fíteaplanctóin aistriú géine cothrománach procaryotic fairsing ar fheidhmeanna éagsúla. Sci Adv. 2020; 6(18):eaba0111. Foilsithe 2020 Aibreán 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Am postála: Jan-04-2022