TRANSCRIPTOMICS
nádúr
CUMARSÁID
Nochtann tréithriú tras- lánfhad ar shóchán SF3B1 i leoicéime limficíteach ainsealach íosrialáil intéirríní coinnithe
Tras-scríbhinní lánfhad| Seicheamhú nanapóir| Anailís isoform eile
Cúlra
SSócháin óamatacha i bhfachtóir splicing SF3B1 tuairiscíodh go forleathan go bhfuil baint aige le hailsí éagsúla, lena n-áirítear leoicéime lymphocytic ainsealach (CLL), meileanóma uveal, ailse chíche, etc. Ina theannta sin, tá staidéir tras-scríbhinní gearr-léite tar éis patrúin splicing neamhghnácha a tharlódh de bharr sócháin SF3B1 a nochtadh. Mar sin féin, tá staidéir ar na patrúin splicing mhalartacha seo teoranta le fada go dtí leibhéal an imeachta agus easpa eolais ar leibhéal isoform mar gheall ar theorannú na dtras-scríbhinní gearr-léite. Anseo, tugadh isteach ardán seicheamhaithe nanópóir chun tras-scríbhinní lánfhad a ghiniúint, rud a chuir ar chumas inbhéartaithe ar isfhoirmeacha AS.
Dearadh Turgnamhach
Turgnaimh
Grúpáil:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E sóchán); 3. Gnáth B-chealla
Straitéis seicheamhaithe:seicheamhú leabharlainne MinION 2D, seicheamh leabharlainne PromethION 1D; sonraí gearr-léite ó na samplaí céanna
Ardán seicheamhaithe:ONT MinION; ONT PromethION;
Anailís Bhithfhaisnéiseach
Torthaí
Agineadh 257 milliún léamh san iomlán ó 6 shampla CLL agus 3 B-chill. Ar an meán, aithníodh 30.5% de na léamha seo mar thras-scríbhinní fadtréimhseacha.
FForbraíodh anailís isoform mhalartach lánfhad ar RNA (FLAIR) chun sraith isoform ard-mhuiníne a ghiniúint. Is féidir achoimre a dhéanamh ar FLAIR mar:
Nléann anopore ailíniú: struchtúr tras-scríbhinn ginearálta a aithint bunaithe ar ghéanóm tagartha;
Sceartú acomhail plice: earráidí seichimh cheart (dearg) leis an suíomh splice ó intron anótáilte, intron ó shonraí gearr-léite nó ón dá cheann;
Collapse: déan achoimre ar isfhoirmeacha ionadaíocha bunaithe ar shlabhraí acomhail splice (tacar céadphas). Roghnaigh isoó ard-mhuiníne bunaithe ar líon na léite tacaíochta (Tairseach: 3).
Fíor 1. Anailís FLAIR chun isfhoirmeacha lánfhad a bhaineann le sóchán SF3B1 i CLL a shainaithint
FLAIR Sainaithníodh 326,699 isoform ard-mhuiníne splicáilte, ar isfhoirmeacha núíosacha 90% díobh. Fuarthas amach gur teaglamaí núíosacha de chomhcheangail splice (142,971) a bhí i bhformhór na n-isfhoirmeacha neamhótáilte seo, agus bhí intron(21,700) nó núíosach exon(3594) coinnithe sna hisfhoirmeacha eile.
LCumasaíonn seichimh ong-léite suíomhanna splice athraithe SF3B1-K700E-athraithe mutant a aithint ag leibhéal isfhoirmeach. Fuarthas amach go raibh difríocht shuntasach idir 35 rogha 3'SS agus 10 5'SS malartacha idir SF3B1-K700E agus SF3B1-WT. Fuarthas 33 de na 35 athrú le seichimh fadléithe as an nua. I sonraí Nanopore, tá dáileadh an achair idir SF3B1-K700E-athraithe 3'SSs chuig buaiceanna suíomhanna canónacha timpeall -20 bp, atá difriúil go mór ó dháileadh rialaithe, cosúil leis an méid a tuairiscíodh i seichimh ghearr-léite CLL. Rinneadh anailís ar isfhoirmeacha de ghéin ERGIC3, áit a bhfuarthas isoform úr ina raibh an suíomh splice cóngarach níos flúirseach in SF3B1-K700E . Bhí baint ag 3'SS proximal agus distal araon le patrúin AS ar leith a ghin isfhoirmeacha iolracha.
Fíor 2. Patrúin splicing malartacha 3′ a aithníodh le sonraí seicheamhaithe nana-pór
Tá anailís ar úsáid teagmhais IR teoranta le fada in anailís bunaithe ar ghearr-léamh mar gheall ar mhuinín in aithint agus cainníochtú IR. Rinneadh cainníochtú ar shloinneadh isoforms IR i SF3B1-K700E agus SF3B1-WT bunaithe ar sheichimh nanópóir, rud a léirigh íosrialáil dhomhanda ar isfhoirmeacha IR in SF3B1-K700E .
Fíor 4. Déine talmhaíochta agus nascacht líonra thar thrí chóras feirmeoireachta (A agus B); Anailís randamach foraoise(C) agus Gaol idir déine na talmhaíochta agus coilíniú AMF (D)
Fíor 3. Déantar teagmhais cíosa intron a dhírialáil níos láidre i CLL SF3B1-K700E
Teicneolaíocht
Seicheamhú Léite Fada Nanopóir
NIs teicneolaíocht seicheamhaithe comhartha leictreach fíor-ama móilín amháin é seicheamhú anopóir.
DCeanglóidh DNA nó RNA dúbailte-shnáithe le próitéin nanapóróis atá leabaithe sa bhithscannán agus a scaoilfear faoi stiúir próitéin mhótair.
DTéann snáitheanna NA/RNA trí phróitéin chainéil nanópóir ag ráta áirithe faoi ghníomhaíocht na difríochta voltais.
Mgineann olecules comharthaí leictreacha éagsúla de réir struchtúr ceimiceach.
RBaintear amach seichimh a bhrath trí bhonnghlao.
Feidhmiú seicheamhú tras-scríofa lánfhad
√ Sáithiú Sonraí
7 n-uaire níos lú léamh ag teastáil chun sáithiú sonraí inchomparáide a bhaint amach.
√ Aithint Struchtúr an Athscríbhinn
Athraitheacha struchtúracha ilghnéitheacha a shainaithint le hathléamh lánfhad comhaontaithe ar gach tras-scríbhinn
√ Anailís difreálach ar leibhéal tras-scríofa -Nocht na hathruithe atá curtha i bhfolach ag gearrléamh
Tagairt
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al. Nochtann tréithriú tras- lánfhad ar shóchán SF3B1 i leoicéime limficíteach ainsealach íosrialáil intéirrínigh[J]. Cumarsáid Dúlra.
Tech agus Buaicphointí Tá sé mar aidhm aige an cur i bhfeidhm rathúil is déanaí de theicneolaíochtaí seicheamhaithe ard-tréchuir éagsúla a roinnt i réimse taighde éagsúla chomh maith le smaointe iontacha i ndearadh turgnamhach agus mianadóireacht sonraí .
Am postála: Jan-08-2022