Athmhúnlú Géanóm Uile
Nochtann monatóireacht ghéanómaíochta ar SARS-COV-2 leagan scriosta NSP1 a mhodhnaíonn freagra Cineál I Interferon
Nanopore | Illumina | Athchóiriú Géanóm Iomlán | Metagenomics | RNA-seq | Seal
Sholáthair Biomker Technologies tacaíocht theicniúil ar sheicheamhú samplach sa staidéar seo.
Buaicphointí
1.SARS-COV-2 Sainaithin seicheamhú géanóm agus anailís phylognatic 35 sóchán athfhillteach lena n-áirítear 31 SNP agus 4 indels.
2. Léiríonn comhchruinniú le 117 feinitíopa cliniciúla a d'fhéadfadh a bheith ann
sócháin thábhachtacha.
∆500-532 i réigiún códaithe NSP1 a bhaineann le víreasach níos ísle
3.-ualach agus serum IFN-β.
4.Citsí 4.Viral le ∆500-532 Mutation a spreagann IFN-I níos ísle
Freagra sna cealla ionfhabhtaithe.
Dearadh turgnamhach
Éalú
1. Faireachas Eipidéimeolaíoch agus Géanómaíochta COVID-19
Bailíodh sonraí cliniciúla i gCúige Sichuan, an tSín ar feadh na tréimhse ráige ó 22 Eanáir, 2020 go dtí Feabhra 20, 2020. caipiteal. Mhéadaigh cásanna dearbhaithe i Sichuan go heaspónantúil, ag buaicphointe ar 30 Eanáir. Chomh maith leis sin, thacaigh na sonraí gur féidir le saoirse shóisialta a bheith ina bpríomhfhachtóir chun leathadh víreas a chosc.
Figiúr 1. Staidéar eipidéimeolaíoch ar COVID-19 i gCúige Sichuan, an tSín
2.
Le aimpliú PCR ilphléacs agus seicheamhú nanopore ina dhiaidh sin, gineadh 310 géanóm beagnach nó páirteach ó 248 othar le thart ar thart. 80% de na géanóim atá clúdaithe ag 10 léamh (meán doimhneachta: 0.39 m léann in aghaidh an tsampla).
Figiúr 2. Minicíocht gach leagan i gcohórt Sichuan
Aithníodh 104 SNP agus 18 indels san iomlán ó ghéanóm SARS-COV-2, inar aithníodh 31 SNP agus 4 indels mar leaganacha géiniteacha athfhillteacha. Trí iad a chur i gcomparáid le 169 sampla ó Wuhan agus le 81,391 seicheamh géanóm ardcháilíochta i Gisaid, 29 de na 35 leagan a cuireadh i láthair i mór-ranna eile. Go háirithe, ní bhfuarthas ceithre leagan lena n-áirítear ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 agus T13243C, ach amháin i Sichuan agus Wuhan agus as láthair i sonraí GISAID, ag tabhairt le fios go raibh na leaganacha seo an-dóchúil go ndéanfaí iad a ionchorprú ó Wuhan, a fhreastalaíonn ar na daoine sin, a fhreastalaíonn ar na daoine sin, a fhreastalaíonn ar na daoine seo Taifid taistil na n -othar.
Próiseáladh anailís éabhlóideach leis an modh dóchúlachta uasta (ML) agus cur chuige clog mhóilíneach Bayesian ar 88 víreas nua sfrom Sichuan agus 250 géanóm coimeádaithe ó réigiúin eile. Fuarthas amach go raibh géanóim le ∆500-532 (scriosadh i réigiún códaithe NSP1) dáilte go gasta sa chrann fíteitéiteach. D'aithin anailís haplotype ar leaganacha NSP1 5 díobh ó ilchathracha. Thug na torthaí seo le fios gur tharla an ∆500-532 i ilchathracha agus go bhféadfaí iad a allmhairiú i gcónaí ó Wuhan.
Figiúr 2. Leaganacha géiniteacha athfhillteacha agus anailís fíteitéiteach i ngéanóim SARS-COV-2
3.
Bhí baint ag 117 feinitíopaí cliniciúla le déine COVID-19, áit ar rangaíodh 19 feinitíopaí a bhaineann le déine i dtréithe tromchúiseacha agus neamh-dhéine. Rinneadh an gaol idir na tréithe seo agus 35 leagan géiniteach athfhillteach a chur i leataobh i dtéamh dé-bhraisle. Léirigh anailís saibhrithe rangaithe GSEA go bhfuil ∆500-532 comhghaolaithe go diúltach le ESR, serum IFN-β andcd3+ CD8+ T ag comhaireamh san fhuil. Thairis sin, léirigh tástálacha qPCR go raibh an luach CT ab airde ag othair a bhí ionfhabhtaithe le víreas ag caoineadh ∆500-532, ie an t-ualach víreasach is ísle.
Figiúr 3. Cumainn de 35 leagan géiniteach athfhillteach le feinitíopaí cliniciúla
4. Bailíochtú ar fheinitíopaí cliniciúla a bhaineann le sóchán víreasach
D'fhonn tuiscint a fháil ar thionchair ∆500-532 ar fheidhmeanna NSP1, aistríodh cealla HEK239T le plasmids ag léiriú foirmeacha fad, WT NSP1 agus mutant le scriosadh. Próiseáladh próifílí athscríofa de gach ceall HEK239T cóireáilte le haghaidh anailíse PCA, ag taispeáint go raibh na mutants scriosadh níos dlúithe agus go raibh siad an -difriúil ó WT NSP1. Rinneadh na géinte a rinneadh go mór sna mutants a shaibhriú go príomha i “bpróiseas biosynthetic/meitibileach peptide”, “biogenesis casta ribonucleoprotein”, “Próitéin ag díriú ar membrane/ER”, etc. Léirigh dhá scriosadh patrún ar leithligh ó WT.
Figiúr 4.
Rinneadh tástáil freisin ar thionchair scriosta ar fhreagairt IFN-1 i staidéar ró-chomhbhrúite. Taispeánadh go laghdódh gach scriosadh tástála IFN-1 repsonse i gcealla HEK239T agus A549 a aistríodh ag leibhéal trascríofa agus leibhéal próitéine araon. Is díol spéise é gur saibhríodh na géinte a bhí rialaithe go mór i scriosadh i “bhfreagra cosanta ar víreas”, “macasamhlú géanóm víreasach”, “rialáil trascríobh ag RNA polaiméaráise II” agus “freagairt ar chineál I interferon”.
Figiúr 5. Rialachán síos cosáin chomharthaíochta interferon i ∆500-532 mutant
Sa staidéar seo, deimhníodh tionchar na scriosta seo ar víreas tuilleadh ag staidéir ionfhabhtaithe víreasacha. Bhí víris le mutants áirithe scoite amach ó shamplaí cliniciúla agus ionfhabhtaithe le cealla Calu-3. Is féidir torthaí mionsonraithe ar staidéar ionfhabhtaithe víreasach a léamh sa pháipéar.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
Tagairt a dhéanamh do
Lin J, Tang C, Wei H, et al. Nochtann monatóireacht ghéanómach ar SARS-COV-2 leagan scriosta NSP1 a mhodhnaíonn freagra cineál I interferon [J]. Óstach Cell & Microb, 2021.
Nuacht agus buaicphointí Tá sé mar aidhm aige na cásanna rathúla is déanaí a roinnt le Teicneolaíochtaí Biomker, ag gabháil éachtaí eolaíochta núíosacha chomh maith le teicnící suntasacha a cuireadh i bhfeidhm le linn an staidéir.
Am Post: Jan-06-2022