Idirghníomhaíocht Chromatin bunaithe ar Hi-C
Gnéithe Seirbhíse
● Seicheamhú ar Illumina NovaSeq le PE150.
● Éilíonn an tseirbhís go ndéanfaí samplaí fíocháin, in ionad aigéid núicléacha a bhaintear, chun trasnasc a dhéanamh le formaildéad agus chun na hidirghníomhaíochtaí DNA-próitéin a chaomhnú.
● Is éard atá i gceist leis an turgnamh Hi-C ná srianadh agus deisiú deiridh na bhfoircinn greamaitheacha le biotin, agus na foircinn mhaol a chiorclú ina dhiaidh sin agus na hidirghníomhaíochtaí á gcaomhnú. Tarraingítear an DNA anuas ansin le coirníní streiptaitín agus íonaítear é lena ullmhú sa leabharlann ina dhiaidh sin.
Buntáistí Seirbhíse
●Dearadh Einsím Srianta is Fearr: chun éifeachtacht ard Hi-C a chinntiú ar speicis éagsúla le suas le 93% péirí idirghníomhaíochta bailí.
●Saineolas Fairsing agus Taifid Foilseacháin:Tá taithí ollmhór ag BMKGene le >2000 tionscadal seicheamhaithe Hi-C ó 800 speiceas éagsúil agus paitinní éagsúla. Níos mó ná 100 cás foilsithe le fachtóir tionchair carnach de bhreis is 900.
●Foireann Bhithfhaisnéisíochta ardoilte:le paitinní intí agus cóipchearta bogearraí le haghaidh turgnamh Hi-C agus anailís sonraí agus bogearraí sonraí léirshamhlaithe féinfhorbartha.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin:Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú an tionscadail le tréimhse seirbhíse 3 mhí tar éis an díola. Le linn an ama seo, cuirimid gníomhaíochtaí leantacha tionscadail, cúnamh fabhtcheartaithe, agus seisiúin ceisteanna agus freagraí ar fáil chun dul i ngleic le haon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí.
●Anótáil Chuimsitheach: úsáidimid bunachair shonraí iolracha chun na géinte a anótáil go feidhmiúil le héagsúlachtaí aitheanta agus chun an anailís saibhrithe chomhfhreagrach a dhéanamh, ag soláthar léargais ar thionscadail taighde iolracha.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Leabharlann | Straitéis Seicheamhaithe | Aschur sonraí molta | Taifeach Comhartha Hi-C |
| Leabharlann Hi-C | Illumina PE150 | Lúb chromatin: 150x TAD: 50x | Lúb Chromatin: 10Kb TAD: 40Kb |
Riachtanais Seirbhíse
| Cineál samplach | Méid riachtanach |
| Fíochán ainmhithe | ≥2g |
| Fuil Iomlán | ≥2mL |
| Fungais | ≥1g |
| Gléasra - fíochán óg | 1g/aliquot, moltar 2-4 slánchuid |
| Cealla Saothraithe | ≥1x107 |
Áirítear an Anailís seo a leanas:
● Sonraí amh QC;
● Mapáil agus Leabharlann Hi-C QC: péirí idirghníomhaíochta bailí agus Easpórtálaithe Meath Idirghníomhaíochta (IDEanna);
● Próifíliú Idirghníomhaíochta ar fud an Ghéanóim: anailís cis/trans agus léarscáil idirghníomhaíochta Hi-C;
● Anailís ar dháileadh urrann A/B;
● TADanna agus lúba chromatin a shainaithint;
● Anailís difreálach ar eilimintí struchtúir chromatin 3D i measc samplaí agus anótáil feidhme chomhfhreagrach ar ghéinte gaolmhara.
Cis agus dáileadh tras-chomhréir
Léarscáil teasa d'idirghníomhaíochtaí crómasómacha idir samplaí
Dáileadh ar fud an ghéanóim ar urranna A/B
Dáileadh ar fud an genome de lúba chromatin
Amharcléiriú TADs
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn taighde a éascaíonn seirbhísí seicheamhaithe Hi-C BMKGene trí bhailiúchán coimeádaithe foilseachán.
Meng, T. et al. (2021) ‘Aithnítear CA2 in anailís chomparáideach chomhtháite ilómaíochta mar sprioc nua don chordamach’,Néar-Oinceolaíocht, 23(10), lgh. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) 'Soláthraíonn dí-eagrú 3D agus athshocrú géanóm léargais ar phataigineas NAFLD trí sheicheamhú Hi-C, Nanopore agus RNA comhtháite',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), lgh. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
