Nua Tionól Géanóim Fungal
Tairgeann BMKGENE réitigh ilúsáideacha do ghéanóim fhungacha, a fhreastalaíonn ar riachtanais taighde éagsúla agus iomláine an ghéanóim atá ag teastáil. Trí úsáid a bhaint as seicheamhú Illumina gearr-léite amháin is féidir dréacht-ghéanóm a ghiniúint. Cuirtear seicheamhú gearrléamh agus fadléamh ag baint úsáide as Nanopore nó Pacbio le chéile le haghaidh genome fungasach níos scagtha le contigs níos faide. Ina theannta sin, feabhsaítear na cumais trí sheicheamhú Hi-C a chomhtháthú, rud a fhágann gur féidir genome iomlán crómasóim a bhaint amach.
Gnéithe Seirbhíse
Le trí rogha fhéideartha a roghnú astu ag brath ar an leibhéal inmhianaithe iomláine géanóim:
● Dréacht-Rogha Genome: Seicheamh gearr-léite le Illumina NovaSeq PE150.
● Rogha Genome Fine Fungal:
Suirbhé Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Tionól Genome: PacBio Refio (léann HiFi) nó Nanopore PromethION 48.
● Géanóm Fungal ar leibhéal crómasóim:
Suirbhé Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Tionól Genome: PacBio Refio (léann HiFi) nó Nanopore PromethION 48.
Contig ar ancaireacht le tionól Hi-C.
Buntáistí Seirbhíse
●Straitéisí Ilseichimh ar Fáil: Le haghaidh spriocanna taighde éagsúla agus riachtanais iomláine genome
●Sreabhadh Oibre Bithfhaisnéisíochta Críochnaithe:Áirítear leis seo cóimeáil géanóm agus tuar na n-eilimintí géanómacha iolracha, anótáil géine feidhme, agus ancaireacht contig.
●Saineolas Fairsing: Le níos mó ná 12,000 genomes miocróbach le chéile, tugann muid breis agus deich mbliana de thaithí, foireann anailíse ard-oilte, ábhar cuimsitheach, agus tacaíocht iar-díolacháin den scoth.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin:Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú an tionscadail le tréimhse seirbhíse 3 mhí tar éis an díola. Le linn an ama seo, cuirimid gníomhaíochtaí leantacha tionscadail, cúnamh fabhtcheartaithe, agus seisiúin ceisteanna agus freagraí ar fáil chun dul i ngleic le haon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Seirbhís | Straitéis Seicheamhaithe | Rialú Cáilíochta |
| Dréacht Géanóm | Tiománaí Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genome Fine | Suirbhé genome: Illumina PE150 50 x Tionól: PacBio HiFi 30x nó Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb （Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb （ONT Unicellular） contig N50 ≥500kb （ Eile） |
| Géanóm leibhéal crómasóim | Suirbhé genome: Illumina PE150 50 x Tionól: PacBio HiFi 30x nó Nanopore 100x Hi-C Tionól 100x | Cóimheas ancaireachta contig> 90%
|
Riachtanais Seirbhíse
| Tiúchan (ng/µL) | Méid iomlán (µg) | Toirt (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanópóir | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Fungas Unicellular: ≥3.5x1010 cealla
Macra Fungus: ≥10 g
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Áirítear an Anailís seo a leanas:
Suirbhé Géanóim:
- Rialú cáilíochta sonraí a sheicheamhú
- Meastachán genome: méid, heitrisigeachas, eilimintí athchleachtach
Tionól Genome Fine:
- Rialú Cáilíochta Sonraí a Sheicheamhú
- De nuaTionól
- Anailís ar Chomhpháirt Géanóm: Tuar CDS agus eilimintí géanómaíochta iolracha
- Anótáil feidhme le bunachair shonraí ghinearálta iolracha (GO, KEGG, etc.) agus bunachair shonraí ardleibhéil (CARD, VFDB, etc.)
Tionól Hi-C:
- Measúnú Leabharlainne Hi-C.
- Contigs ancaireacht cnuasach, ordú agus treoshuíomh
- Measúnú ar Thionól HI-C: Bunaithe ar ghéanóm tagartha agus léarscáil teasa
Suirbhé genome: dáileadh k-mer
Cóimeáil géanóim: nóta homalógach géine (bunachar sonraí NR)
Cóimeáil ghéanóim: nóta géine feidhme (GO)
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhísí tionóil géanóim fhungacha BMKGene trí bhailiúchán coimeádaithe foilseachán.
Hao, J. et al. (2023) 'Próifíliú omic chomhtháite ar an muisiriún íocshláinte Inonotus obliquus faoi choinníollacha báite',Géanómaíocht BMC, 24(1), lgh 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Nochtann seicheamhú genome éabhlóid agus meicníochtaí pataigineacha na pataigin géar-phota súl cruithneachta Rhizoctonia cerealis',An Iris Barraí, 11(2), lgh. 405–416. do: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Acmhainní Genome do Cheithre Speiceas Clarireedia is cúis le Spota Dollar ar Fhéir Mhóna Éagsúla',Galar Plandaí, 107(3), lgh. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Fianaise Géiniteach agus Mhóilíneach ar Chóras Cúplála Tetrapolar sa Muisiriún Inite Grifola frondosa',Iris na bhFungas, 9(10), lch. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
