Seicheamh mRNA lánfhad -PacBio
Gnéithe
● sintéis cDNA ó mRNA il-A agus ullmhúchán leabharlainne ina dhiaidh sin
● Seicheamhú i mód CCS, ag giniúint léimh HiFi
● Seicheamhú na n-athscríbhinní lánfhad
● Ní éilíonn an anailís géanóm tagartha; áfach, d'fhéadfadh sé a bheith fostaithe
● Cumasaíonn anailís bhithfhaisnéiseach anailís a dhéanamh ar thras-scríbhinní isoform lncRNA, comhleá géine, il-adeylation, agus struchtúr géine
Buntáistí Seirbhíse
●Cruinneas Ard: Léann HiFi le cruinneas > 99.9% (Q30), atá inchomparáide le NGS
● Anailís Splicing Malartach: cuireann seicheamhú na n-athscríbhinní iomlána ar chumas sainaithint agus thréithriú isoform
●Saineolas Fairsing: le cuntas teiste de níos mó ná 1100 tionscadal tras-scríobh iomlán PacBio a chríochnú agus níos mó ná 2300 sampla a phróiseáil, tugann ár bhfoireann saibhreas taithí do gach tionscadal.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin: Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú an tionscadail le tréimhse seirbhíse 3 mhí tar éis an díola. Le linn an ama seo, cuirimid gníomhaíochtaí leantacha tionscadail, cúnamh fabhtcheartaithe, agus seisiúin ceisteanna agus freagraí ar fáil chun dul i ngleic le haon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí.
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
| Leabharlann | Straitéis seicheamhaithe | Sonraí molta | Rialú Cáilíochta |
| PolyA saibhrithe mRNA leabharlann CCS | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Riachtanais Shamplacha:
Núicléatídí:
● Plandaí:
Fréamh, Gas nó Peitil: 450 mg
Duille nó Síl: 300 mg
Torthaí: 1,2 g
● Ainmhí:
HEart nó stéig: 300 mg
Viscera nó Inchinn: 240 mg
Matán: 450 mg
Cnámha, Gruaig nó Craiceann: 1g
● Artrapóid:
Feithidí: 6g
Crústaigh: 300 mg
● Iomlán fola: 1 feadán
● Cealla: 106 cealla
| Conc.(ng/μl) | Méid (μg) | Íonachta | Ionracas |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon a thaispeáint ar fhoirmiú. | I gcás plandaí: RIN≥7.5; I gcás ainmhithe: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; ingearchló bunlíne teoranta nó gan aon |
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: Feadán lártheifneoir 2 ml (ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpa+ a mhacasamhlú m.sh. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Loingsiú:
1. Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a chur faoi oighear tirim.
2. Feadáin RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh i dteocht an tseomra.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
eastóscadh RNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Áirítear leis an anailís seo a leanas:
● Rialú cáilíochta sonraí amh
● Anailís Pholaiméadaithe Malartach (APA)
● Anailís tras-scríbhinní Comhleá
● Anailís Splicing Malartach
● Tagarmharcáil ar Anailís Uilíoch ar Ortaológ Cóip Aonair (BUSCO).
● Anailís ar thras-scríbhinní núíosacha: seichimh códaithe (CDS) agus anótáil fheidhmiúil a thuar
● anailís lncRNA: lncRNA agus spriocanna a thuar
● Aitheantas Micreastailíte (SSR)
Anailís BUSCO
Anailís Splicing Malartach
Anailís Pola-áitrithe Malartach (APA)
Nótáil feidhme ar thras-scríbhinní úrscéalta
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn a d’éascaigh seirbhísí seicheamhaithe mRNA fad-iomlán BMKGene de chuid Nanopore sa phríomhfhoilseachán seo.
Ma, Y. et al. (2023) 'Anailís chomparáideach ar mhodhanna seicheamhaithe PacBio agus ONT RNA le haghaidh sainaithint venom Nemopilema Nomurai', Géanómaíocht, 115(6), lch. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dinimic forbartha an tras-scríbhinne gas Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), lgh. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Athruithe Dinimiciúla ar Ábhar Aigéad Ascorbaigh le linn Forbartha Torthaí agus Aibithe Actinidia latifolia (Barr Torthaí Saibhir Ascorbate) agus na Meicníochtaí Móilíneacha Comhlachaithe', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), lch. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Tuar éifeachtach ar ghéinte cosán bithsintéiseach a bhfuil baint acu le polyphyllins bithghníomhacha i bPolaifílla Pháras', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), lgh. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Anailís Chomhcheangailte PacBio Iso-Seq agus Illumina RNA-Seq ar na Géinte Trascriptome Tuta absoluta (Meyrick) agus Cytochrome P450', Feithidí, 14(4), lch. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Suirbhé ar chastacht tras-sgrìobhaidh ag baint úsáide as anailís fíor-ama aon-mhóilín PacBio in éineacht le seicheamhú Illumina RNA chun tuiscint níos fearr a fháil ar bhithshintéis aigéid ricinoleic in Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), lgh. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
