Géanómaíocht chomparáideach
Buntáistí Seirbhíse
●Saineolas fairsing agus taifid foilsithe: Le carntha, tá os cionn 90 tionscadal géanómaíochta comparáideach críochnaithe ag BMKGene, agus tá fachtóir tionchair carnach bainte amach 900.
●Anailís Chuimsitheach Bithfhaisnéisíochta: Tá na hocht n-anailís is coitianta a theastaíonn sa phacáiste anailísí, ag soláthar figiúirí réidh le dea-dhearadh agus a cheadaíonn léirmhíniú éasca ar na torthaí
●Foireann Bithfhaisnéisíochta Ard -Oilte agus Timthriall Anailíse Gearr.
●Tacaíocht Iar-Dhíolacháin:Síneann ár dtiomantas thar chríochnú an Tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-dhíol 3 mhí. Le linn an ama seo, tairgimid obair leantach tionscadail, cúnamh fabhtcheartaithe, agus seisiúin Q & A chun aghaidh a thabhairt ar aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí.
Sonraíochtaí seirbhíse
| Am casadh measta thart | Líon na speiceas | Anailísí |
| 30 lá oibre | 6 - 12 | Cnuasú teaghlaigh géine Leathnú agus crapadh teaghlaigh géine Tógáil crann fíteitéiteach Meastachán ar am dibhéirseachta (calabrú iontaise ag teastáil) Am isteach LTR (do phlandaí) Dúbláil Géanóm Iomlán (do Phlandaí) Brú roghnach Anailís Synteny |
Anailísí bithfhaisnéisíochta
● Teaghlach géine
● Phylogenetics
● Am dibhéirseachta
● Brú roghnach
● Anailís Synteny
Riachtanais agus seachadadh samplacha
Riachtanais Samplacha:
Fíochán nó DNA le haghaidh seicheamhú géanóm agus cóimeáil
Le haghaidh fíochán
| Speiceas | Fíochán | Suirbhéireacht a dhéanamh | Pacbio CCS |
| Ainmhíoch | Fíochán visceral | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Fíochán muscle | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 ml | |||
| Fuil mhamaigh | |||
| ≥ 0.5 ml | |||
| Fuil Éanlaith/Éisc | |||
| Gléasra | Duilleog úr | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Peitil/gas | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Fréamh/síol | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Cealla | Cill shaothraithe | - | ≥ 1 x 108 |
Sonraí
Comhaid Seicheamh Genome (.FASTA) agus comhaid nótaí (.gff3) de speicis a bhfuil dlúthbhaint acu leo
Sreabhadh oibre seirbhíse
Dearadh turgnamh
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís ar shonraí
Seirbhísí tar éis díol
*Tá torthaí taispeána a thaispeántar anseo go léir ó ghéanóim a fhoilsítear le BioMarker Technologies
1.LTR INSERT AMACHT: An figiúr a thaispeántar dáileadh uathúil bimodal in amanna isteach LTR-RTS i ngéanóm seagal, i gcomparáid le speicis eile. Bhí an bhuaic is déanaí le feiceáil thart ar 0.5 milliún bliain ó shin.
Li Guang et al.,Géineolaíocht dúlra, 2021
2. Phoillíocht agus anailís teaghlaigh géine ar Chayote (Sechium edule): Trí anailís a dhéanamh ar Chayote agus ar na 13 speiceas gaolmhar eile i dteaghlach géine, fuarthas amach go raibh baint ag Chayote le Snake Gourd (Trichosanthes Anguina). Chonacthas Chayote a díorthaíodh ó nathair gourd i thart ar 27-45 MYA agus dúbláil ghéanóm iomlán (WGD) i Chayote i 25 ± 4 Mya, arb é an tríú imeacht WGD i Cucuibitaceae é.
Fu a et al.,Taighde Gairneoireachta, 2021
3. Anailís ar an gclaonadh: Fuarthas roinnt géinte a bhain le fítehohormóin i bhforbairt torthaí i Chayote, nathair gourd agus scuaise. Tá comhghaol idir Chayote agus scuaise beagán níos airde ná an comhghaol idir Chayote agus Snake Gourd.
Fu a et al.,Taighde Gairneoireachta, 2021
4. Anailís ar an Teaghlaigh: Léirigh saibhriú Kegg ar leathnú agus crapadh teaghlaigh géine i ngéanóim G.Thurberi agus G.Davidsonii gur leathnaíodh biosynthesis steroid agus géinte biosynthesis brassinosteroid.
Yang Z et al.,Bitheolaíocht BMC, 2021
5. Anailís ar dhúbailt géanóm: Anailís dáilte 4DTV agus KS a thaispeántar an teagmhas dúbailte géanóm iomlán. Taispeántar imeachtaí dúbailte intraspecies. Beanna na n -imeachtaí speiceas a thaispeántar. Thug an anailís le fios go ndeachaigh O. Europaea i gcomparáid leis na trí speiceas eile a raibh dlúthbhaint acu leis, go ndeachaigh O. Europaea trí dhúbailt géine ar scála mór le déanaí.
Rao G et al.,Taighde Gairneoireachta, 2021
Cás BMK
Rose gan Prickle: Léargais ghéanómacha atá nasctha le hoiriúnú taise
Foilsithe: Athbhreithniú Eolaíochta Náisiúnta, 2021
Straitéis seicheamhaithe:
'Basye'sGan thornless'(R.Wichurainan) géanóm:
Thart. 93 x Pacbio + thart. 90 x nanopore + 267 x Illumina
Príomhthorthaí
1. Tógadh géanóm R.Wichuraiana ar ardchaighdeán ag baint úsáide as teicnící seicheamhaithe fad-léitheoireachta, a thugann cóimeáil de 530.07 MB (bhí méid measta an ghéanóim thart ar 525.9 MB ag cytometry sreafa agus 525.5 ag suirbhé géanóm ； bhí heterozygosity thart ar 1.03%). Ba é an scór measta BUSCO ná 93.9%. I gcomparáid le “sean-blush” (haploob), deimhníodh cáilíocht agus iomláine an ghéanóim seo trí bhunchruinneas bun-bhonn agus innéacs tionóil LTR (LAI = 20.03). Tá 32,674 géinte códaithe próitéine i ngéanóm R.Wichuraiana.
2. Léirigh anailís chomhpháirteach, ina raibh géanómaíocht chomparáideach, tras-scríbhinní, anailís QTL ar dhaonra géiniteach, an t-eiseamal ríthábhachtach idir R. wichuraiana agus Rosa chinensis. Chomh maith leis sin, is dócha go mbeadh baint ag athrú léirithe na ngéinte gaolmhara i QTL le patrún gas prickle.
Léirigh géanómaíocht chomparáideach Anaysis idir Basye; s tornless agus rosa chinensis lena n -áirítear anailís synteny, braisle teaghlaigh géine, anailís leathnaithe agus crapadh, líon mór éagsúlachtaí, a bhain le tréithe ríthábhachtacha i rósanna. Ba dhóchúil go mbeadh baint ag an leathnú uathúil i dteaghlach géine NAC agus FAR1/FRS le frithsheasmhacht in aghaidh an láthair dubh.
Anailís ghéanómaíochta chomparáideach idir géanóim BT agus Haploob.
Zhong, M., et al. “Rose Without Prickle: Léargais ghéanómacha atá nasctha le hoiriúnú taise”Athbhreithniú Eolaíochta Náisiúnta, 2021;, NWAB092.
