Anailís ar deighilt ar an mbulc
Buntáistí Seirbhíse
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
● Logánú cruinn: Bulc a mheascadh le 30+30 go 200+200 duine aonair chun torann cúlra a íoslaghdú; Tuar réigiún iarrthóra atá bunaithe ar mhótantaigh neamh-chomhghleacaithe.
● Anailís chuimsitheach: Anótáil d'fheidhm géine iarrthóra dhomhain, lena n-áirítear NR, Swissprot, GO, Kegg, COG, KOG, srl.
● Am slánúcháin níos tapúla: logánú géine gasta laistigh de 45 lá oibre.
● Taithí fhairsing: Chuir BMK leis na mílte tréithe logánú, ag clúdach speiceas éagsúil cosúil le barra, táirgí uisceacha, foraois, bláthanna, torthaí, etc.
Sonraíochtaí seirbhíse
Daonra:
Sliocht na dtuismitheoirí a dheighilt le feinitíopaí eile.
Eg F2 Progeny, Crossing (BC), Líne Inbred (RIL) athchuingreach (RIL)
Linn measctha
Le haghaidh tréithe cáilíochtúla: 30 go 50 duine aonair (20)/Bulc ar a laghad
Maidir le tratis cainníochtúla: 5% go 10% daoine aonair a bhfuil feinitíopaí foircneacha acu sa daonra iomlán (30+30 ar a laghad).
Doimhneacht seicheamhaithe molta
Duine 20x/tuismitheoir agus 1x/sliocht ar a laghad (m.sh. le haghaidh linn measctha sliocht de 30+30 duine aonair, beidh doimhneacht seicheamhaithe 30x in aghaidh an bhulc)
Anailísí bithfhaisnéisíochta
● Athchóiriú na géanóim iomlán
● Próiseáil sonraí
● SNP/INDEL ag glaoch
● Scagadh réigiún an iarrthóra
● Nótaí feidhm géine iarrthóra
Riachtanais agus seachadadh samplacha
Riachtanais Samplacha:
Nucleotides:
| sampla gDNA | Sampla fíochán |
| Tiúchan: ≥30 ng/μl | Plandaí: 1-2 g |
| Méid: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | Ainmhithe: 0.5-1 g |
| Íonacht: OD260/280 = 1.6-2.5 | Fuil iomlán: 1.5 ml |
Sreabhadh oibre seirbhíse
Dearadh turgnamh
Seachadadh samplach
Eastóscadh RNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís ar shonraí
Seirbhísí tar éis díol
1. Bonn Anailíse Comhchruinnithe ar Fad Eoiclídeach (ED) chun réigiún iarrthóra a aithint. San fhigiúr seo a leanas
X-ais: uimhir chrómasóim; Léiríonn gach ponc luach ED de SNP. Freagraíonn an líne dhubh do luach feistithe ED. Léiríonn luach ED níos airde comhcheangal níos suntasaí idir an suíomh agus an feinitíopa. Is ionann Líne Dash Dearg agus tairseach an chomhlachais shuntasaigh.
2. Anailís ar an gcóras bunaithe ar aon SNP-Innéacs
X-ais: uimhir chrómasóim; Léiríonn gach ponc luach SNP-innéacs. Seasann an líne dhubh do luach SNP-innéacs feistithe. Dá mhéad a bhfuil an luach, is ea is suntasaí an comhlachas.
Cás BMK
Déanann an locus tréith chainníochtúil mór-éifeacht FNL7.1 próitéin flúirseach embryogenesis déanach a ionchódú a bhaineann le fad muineál torthaí i gcúcamar
Foilsithe: Plandaí Biteicneolaíocht Iris, 2020
Straitéis seicheamhaithe:
Tuismitheoirí (Jin5-508, YN): Athchóiriú géanóm iomlán do 34 × agus 20 ×.
Linnte DNA (50 necked fada agus 50 gearr-necked): Athchóiriú do 61 × agus 52 ×
Príomhthorthaí
Sa staidéar seo, cruthaíodh daonra deighilte (F2 agus F2: 3) trí líne cúcamar an mhuineál a thrasnú Jin5-508 agus an muineál gearr. Tógadh dhá linn DNA ag 50 duine mór-mhuineál mór agus 50 duine aonair fíor-mhuineál. Sainaithníodh an t-éifeacht mór-éifeacht QTL ar CHR07 trí anailís BSA agus mapáil thraidisiúnta QTL. Rinneadh an réigiún iarrthóra a laghdú a thuilleadh trí mhapáil mhín, cainníochtú géine agus turgnaimh thrasghiniúna, a léirigh géine eochair chun fad an mhuineál a rialú, CSFNL7.1. Ina theannta sin, fuarthas amach go raibh baint ag polymorphism i réigiún tionscnóra CSFNL7.1 le léiriú comhfhreagrach. Mhol tuilleadh anailíse fíteitéiteach gur dóchúil go dtiocfaidh FNL7.1 locus ón India.
 Mapáil QTL in anailís BSA chun réigiún iarrthóra a bhaineann le fad muineál cúcamar a aithint |  Próifílí LOD de QTL Fad Muineál Cucumber Aitheanta ar CHR07 |
Xu, X., et al. “Cuireann an locus tréith chainníochtúil mór-éifeacht FNL7.1 próitéin flúirseach embryogenesis déanach a bhaineann le fad muineál torthaí i gcúcamar i bhfeidhm.” Plandaí Biteicneolaíocht Iris 18.7 (2020).
