BMKMANU S3000_Transcríbhinn Spásúil
BMKMANU S3000 Scéim Theicniúil Trascriptome Spásúlachta
Gnéithe
- Taifeach: 3.5 µM
- Trastomhas Spota: 2.5 µM
- Líon na spotaí: thart ar 4 milliún
- 3 fhormáid limistéar gabhála féideartha: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm nó 15 mm * 20 mm
- Tá gach coirnín barrachóid luchtaithe le primers comhdhéanta de 4 roinn:
• eireaball polai(dT) le haghaidh priming mRNA agus sintéis cDNA,
• Aitheantóir Móilíneach Uathúil (UMI) chun laofacht aimpliúcháin a cheartú
• Barrachóid spáis
• Seicheamh ceangailteach de pháirtléamh 1 primer seicheamhaithe
- S&E agus smálú fluaraiseacha na gcodanna
- Féidearthacht teicneolaíocht deighilte cille a úsáid: smálú H&E, staining fluaraiseacha, agus seicheamhú RNA a chomhtháthú chun teorainneacha gach cille a chinneadh agus slonn géine a shannadh i gceart do gach cill. Anailís phróifílithe spásúlachta iartheachtach a phróiseáil bunaithe ar bhosca bruscair cille.
- Féideartha anailís réitigh illeibhéil a bhaint amach: Anailís illeibhéil sholúbtha ó 100um go 3.5 um chun gnéithe fíocháin éagsúla a réiteach ag an réiteach is fearr.
Buntáistí BMKMANU S3000
-Líon na spotaí gabhála a dhúbailt go 4 milliún: le taifeach feabhsaithe de 3.5 uM, as a dtiocfaidh braite géine níos airde agus UMI in aghaidh na cille. Is é an toradh a bhíonn air seo ná cnuasú níos fearr ar chealla bunaithe ar phróifílí trasscríofa, le sonraí níos míne a mheaitseálann struchtúr na bhfíochán.
- Taifeach fo-cheallach:I ngach limistéar gabhála bhí >2 mhilliún spota barrachódaithe spásúlachta le trastomhas 2.5 µm agus spásáil 5 µm idir spotionaid, rud a d'éascaigh anailís tras-traipíneach spásúil le taifeach focheallach (5 µm).
-Anailís réitigh illeibhéil:Anailís il-leibhéil solúbtha ó 100 μm go 5 μm chun gnéithe fíocháin éagsúla a réiteach ag an réiteach is fearr.
-Deis teicneolaíocht deighilte cille “Trí in aon sleamhnán” a úsáid:Trí ruaimniú fluaraiseachta, staining H&E, agus seicheamhú RNA ar shleamhnán amháin a chomhcheangal, cumasaíonn ár n-algartam anailíse "trí-i-aon" teorainneacha cille a aithint le haghaidh tras-scríbhneoireacht cille-bhunaithe ina dhiaidh sin.
-Ag luí le hardáin seicheamhaithe iolracha: an dá NGS agus seicheamhú fadléithe ar fáil.
-Dearadh solúbtha de 1-8 limistéar gabhála gníomhach: tá méid an limistéir ghabhála solúbtha, agus is féidir 3 fhormáid a úsáid (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm agus 15 mm * 20 mm)
-Seirbhís aon-stad: comhtháthaíonn sé gach céim taithí agus scil-bhunaithe, lena n-áirítear crió-ghearradh, staining, barrfheabhsú fíocháin, barrachódú spásúil, ullmhú leabharlainne, seicheamhú, agus bithfhaisnéisíocht.
-Bithfhaisnéisíocht chuimsitheach agus léirshamhlú torthaí atá éasca le húsáid:Áirítear sa phacáiste 29 anailís agus 100+ figiúr ardcháilíochta, in éineacht le húsáid bogearraí a forbraíodh intí chun scoilteadh cille agus spotchnuasú a shamhlú agus a shaincheapadh.
-Anailís agus léirshamhlú sonraí saincheaptha: ar fáil le haghaidh iarratais taighde éagsúla
-Foireann theicniúil ardoilte: le taithí ar bhreis is 250 cineál fíocháin agus 100+ speiceas lena n-áirítear daoine, lucha, mamach, iasc agus plandaí.
-Nuashonruithe fíor-ama ar an tionscadal iomlán: le smacht iomlán ar dhul chun cinn turgnamhach.
-Comh-anailís roghnach le seicheamh mRNA aonchealla
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Riachtanais Shamplacha | Leabharlann | Straitéis Seicheamhaithe | Sonraí Molta | Rialú Cáilíochta |
| Samplaí cryo leabaithe OCT (Trastomhas is fearr: thart. 6×6×6 mm³) 2 bhloc in aghaidh an tsampla 1 le haghaidh turgnamh, 1 le haghaidh cúltaca | S3000 cDNA Leabharlann | Illumina PE150 | Léann PE 160K in aghaidh an 100υM (250 Gb) | RIN> 7 |
Le haghaidh tuilleadh sonraí ar threoir ullmhúcháin samplach agus ar shreabhadh oibre seirbhíse, bíodh leisce ort labhairt le asaineolaí BMKGENE
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Sa chéim ullmhúcháin sampla, déantar triail eastósctha RNA mórchóir tosaigh chun a chinntiú gur féidir RNA ardcháilíochta a fháil. Sa chéim optamaithe fíocháin déantar na hailt a dhaite agus a léirshamhlú agus déantar na coinníollacha tréscaoilteachta maidir le scaoileadh mRNA ó fhíocháin a bharrfheabhsú. Cuirtear an prótacal optamaithe i bhfeidhm ansin le linn tógáil na leabharlainne, agus déantar seicheamhú agus anailís ar shonraí ina dhiaidh sin.
Is éard atá i gceist le sreabhadh oibre iomlán na seirbhíse ná nuashonruithe fíor-ama agus deimhnithe cliant chun lúb aiseolais sofhreagrach a choinneáil, rud a chinntíonn go gcuirfear tionscadail i gcrích go réidh.
Déantar anailís ar na sonraí a ghineann BMKMANU S3000 ag baint úsáide as na bogearraí “BSTMatrix”, atá deartha go neamhspleách ag BMKGENE, a ghineann leibhéal cille agus taifeach illeibhéil Géine Maitrís Léirithe. Ón áit sin, gintear tuarascáil chaighdeánach a chuimsíonn rialú cáilíochta sonraí, anailís inmheánach-shampla agus anailís idirghrúpa.
- Rialú Cáilíochta Sonraí:
- Aschur sonraí agus dáileadh scór cáilíochta
- Brath géine in aghaidh an spota
- Clúdach fíocháin
- Anailís samplach laistigh:
- Saibhreas géine
- Cnuasú spota, lena n-áirítear anailís toise laghdaithe
- Anailís difreálach ar léiriú idir braislí: sainaithint géinte marcála
- Anótáil fheidhmiúil agus saibhriú géinte marcála
- Anailís idirghrúpa
- Athcheangail de spotaí ón dá shampla (eg. galair agus rialaithe) agus ath-chnuasach
- Sainaithint géinte marcála do gach braisle
- Anótáil fheidhmiúil agus saibhriú géinte marcála
- Cur in iúl difreálach an bhraisle chéanna idir grúpaí
Ina theannta sin, is uirlis éasca le húsáid é an BMKGene a d’fhorbair “BSTViewer” a chuireann ar chumas an úsáideora léiriú a dhéanamh ar shloinneadh na géine agus braisliú a fheiceáil ag rúin éagsúla.
Cuireann BMKGene seirbhísí próifílithe spásúla ar fáil ag taifeach beacht aonchealla (bunaithe ar bhosca bruscair cille nó araid illeibhéil ó 100um go 3.5um).
D'éirigh go maith le sonraí próifílithe spáis ó chodanna fíocháin ar shleamhnán S3000 mar atá thíos.
Cás-staidéar 1: Inchinn luiche
Mar thoradh ar anailís ar rannán inchinne luiche le S3000, sainaithníodh ~94 000 cill, le seicheamh meánach de ~2000 géinte in aghaidh na cille. Mar thoradh ar an taifeach feabhsaithe de 3.5 uM rinneadh cnuasach an-mhionsonraithe ar na cealla bunaithe ar phatrúin tras-scríbhinne, agus na cnuasaigh de chealla ag déanamh aithrise ar struchtúir dhifreáilte na hinchinne. Tá sé seo faoi deara go héasca trí léirshamhlú a dhéanamh ar dháileadh na gcealla cnuasaithe mar chealla oligodendrocytes agus microglia, atá suite beagnach go heisiach in ábhar liath agus bán, faoi seach.
Cás-staidéar 2: Suthanna na luiche
Mar thoradh ar anailís ar rannán suthanna luiche le S3000, sainaithníodh ~2200 000 cill, le seicheamh meánach de ~1600 géinte in aghaidh na cille. Mar thoradh ar an taifeach feabhsaithe de 3.5 uM rinneadh cnuasach an-mhionsonraithe ar na cealla bunaithe ar phatrúin tras-scríbhinní, le 12 braisle i réimse na súl agus 28 braisle i limistéar na hinchinne.
Anailís Samplach Laistigh Cnuasú cille:
Sainaithint géinte marcóra agus dáileadh spásúil:
- taifeach focheallach níos airde: I gcomparáid le sleamhnán S1000, bhí >4 mhilliún spotaí barrachódaithe spásúlachta le trastomhas 2.5 µm agus fad 3.5 µm idir spotionaid i ngach limistéar gabhála de S3000, rud a chuir ar chumas anailís tras-scríofa spásúil le taifeach focheallach níos airde (araid cearnach: 3.5 µm).
- Éifeachtúlacht gabhála níos airde: i gcomparáid le sleamhnán S1000, méadú airmheán_UMI ó 30% go 70%, méadú Meán_Gene ó 30% go 60%
Scéim sliseanna S1000:
Scéim sliseanna S3000:
