Whole Genome Bisul Fi TE SEQUCING (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) stiet as de gouden-standertmetearret fan ferkenning fan DNA-methylaasje, spesifyk de fyfde posysje yn Cytosine (5-MC), in pivotale regulator fan genproging en sellulêre aktiviteit. It prinsipe ûnderlizzende WGB's omfettet bisulfite-behanneling, inducing de konverzje fan unmetheylearre cyTosines nei URACIL (c oan jo), wylst jo methyleare cytosines ferlitte. Dizze technyk biedt ienbasis resolúsje op, wêrtroch ûndersikers de methylome kinne ûndersykje om te ûndersiikjen en ûntdekke abnormale methylaasjepatroanen dy't assosjeare binne mei ferskate betingsten, opfallende kanker. Troch WGB's ynsette kinne wittenskippers unparallele ynsjoch krije yn Genome-Wide Methylation Lânskippen, it leverjen fan in nuzende begryp fan 'e epigenetyske meganismen dy't ferskaat biologyske prosessen ûnderlieden.
Tsjinstfunksjes
● Fereasket in referinsje Genome.
● Lambda DNA wurdt tafoege oan kontrolearjen fan bisulfite konverzje-effisjinsje.
● Sequencing op Illumina Novaseq.
Tsjinstbewusteens
●Gouden standert foar DNA Methylation Research: Dizze technology fan Mature Methylation Conversione-konvertearjende fergoeding hat hege krektens en goede reprodukten.
●WIDE dekking en resolúsje fan ien basis:Deteksje fan methylaasjeplakken by it genome-breed nivo.
●Folslein platfoarm:Jou ien-stop poerbêste tsjinst fan sample-ferwurking, biblioteek konstruksje, sequencing oan bioinformatika-analyse.
●Wiidweidige ekspertize: Mei WGBS-sequencing foltôge mei súkses mei súkses oer in ferskaat fan soarten bringt Bmkgene, in desennium fan ûnderfining bringt, in heul feardigensdealyspele, útwreide ynhâld, en poerbêste post-ferkeap-stipe.
●Mooglikheid om mei te dwaan oan transkripse analyse: Tastean foar de yntegreare analyze fan WGB's mei oare omicsgegevens lykas RNA-SEQ.
Sample spesifikaasjes
| Biblioteek | SEQUCING STRATEGY | Oanbefellende gegevens útfier | Kwaliteitskontrôle |
| Bisulfite behannele | Illumina pe150 | 30X Djipte | Q30 ≥ ≥ 85% Bisulfite Conversion> 99% |
Foarbyldfeediening
| Konsintraasje (NG / μL) | Totaal bedrach (μg) | Oanfoljende easken | |
| Genomyske DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Beheinde degradaasje as fersmoarging |
Tsjinstwurkstream
Sample levering
DNA-ekstraksje
Biblioteek konstruksje
Sequencing
Gegevensanalyse
Gegevens levering
Omfettet de folgjende analyse:
● RAV sequencing Quality Control;
● Mapping nei referinsjalom;
● Deteksje fan 5MC methylated bases;
● Analyse fan methylaasjeferdieling en annotaasje;
● Analyse fan differentsjersmjittich metylateare regio's (DMRS);
● Funksjonele annotaasje fan genen assosjeare oan DMR's.
5MC Methylation Deteksje: Soarten methylated siden
Methylanskkaart. 5MC Methylation Genome-Wide Distribúsje
Annotaasje fan heul methylateare regio's
Differentarsjele metylateare regio's: assosjeare genen
Differentarsjele metylateare regio's: annotaasje fan assosjeare genen (gen ontology)
Ferkenne de excides fan ûndersyk
Fan, Y. et al. (2020) 'Analyse fan DNA-moethylaasjeprofilen tidens skiep skelet spierûntwikkeling mei help fan' e heule Bisulfite-sequencing ',BMC Genomics, 21 (1), pp. 1-15. Doi: 10.1186 / S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'roman Deoxyribonuik Acid methylaasjetuerbiljaasjes yn arbeiders bleatsteld oan vinyl chloride',Toxicology en yndustriële sûnens, 38 (7), pp. 377-388. DOI: 10.1177 / 07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Relaasjes tusken Genome Methylation, nivo's fan net-kodearre RNA's, MRNAS en Metaboliten by rypjen fan tomato fruit',De plantjoernaal, 103 (3), PP. 980-994. Doi: 10.1111 / TPJ.14778.
