SPESIFIEK-LOCUS UMPLIED FRAGment SEQUCING (SLAF-SEQ)
Workflow
Technysk skema
Tsjinstfunksjes
● Sequencing op Novaseq mei Pe150.
● Biblioteek tarieding mei dûbele barcoding, ynskeakelje pooling fan mear as 1000 samples.
● Dizze technyk kin brûkt wurde mei of sûnder in referinsje genoom, mei ferskate biopormatyske pipelines foar elk gefal:
Mei referinsje Genome: SNP- en Indel Discovery
Sûnder referinsje Genome: SAMPLE CLUSTERING EN SNP Discovery
● yn 'eyn SilicoFoarôfbylding fan meardere beheining Enzyme-kombinaasjes wurde screened om dejingen te finen dy't in unifoarme ferdieling generearje fan SLAF tags lâns it genoom.
● Tidens it foar-eksperimint wurde trije enzym-kombinaasjes testen yn 3 samples om 9 SLAF-biblioteken te generearjen, en dizze ynformaasje is brûkt om de optimale beheining Enzyme-kombinaasje te kiezen foar it projekt.
Tsjinstbewusteens
●Hege genetyske termipe ûntdekking: In yntegraasje fan in hege trochput-systeem tastien foar it simultane ferfolgjen fan grutte populaasjes, en lokaasje-spesifike amplisaasje ferbetteret dat Tag-easken foldogge oan de ferskaat easken fan ferskate ûndersyksfragen.
● Leech ôfhinklikens fan it genoom: It kin tapast wurde op soarten mei of sûnder in referinsjerom.
●Fleksibel skema Untwerp: Ien-enzyme, dual-enzym, fertriet fan mear-enzyme, en ferskate soarten enzymes kinne allegear wurde selektearre om te foldwaan oan ferskate ûndersyksdoelen of soarte. Deyn SilicoFoarôf ûntwerp wurdt útfierd om te soargjen foar in optimale enzymûntwerp.
● Hege effisjinsje yn enzymatyske spiisfertarring: De konduksje fan inyn SilicoPre-ûntwerp en in foar-eksperimint dat optimaal ûntwerp is mei Sels ferdieling fan SLAF-tags op it chromosoom (1 SLAF-tag / 4KB) en fermindere repetitive sekwinsje (<5%).
●Wiidweidige ekspertize: Us team bringt in rykdom oan ûnderfining oan, mei in spoarrekken fan it sluten fan mear as 5000 slaf-SEQ-projekten op hûnderten soarten, ynklusyf planten, fûgels, ynsekten, ynsekten, ynsekten, ynsekten, ynsekten.
● Sels ûntwikkele biogeformatyske workflow: Bmkgene ûntwikkele in yntegreare bioinformatyske workflow foar Slaf-seq om de betrouberens en krektens fan 'e definitive útfier te garandearjen.
Tsjinstspesifikaasjes
| Soart analyse | Oanbefellende befolkingskaal | SEQUCING STRATEGY | |
| Djipte fan tag sequencing | Tag Nûmer | ||
| Genetyske kaarten | 2 Âlden en> 150 neiteam | Parents: 20x WGS OffSping: 10x | Genich grutte: <400 MB: wgs wurdt oanrikkemandearre <1GB: 100k Tags 1-2GB :: Tags 200k > 2GB: 300k tags Maks 500k tags |
| Stúdzjes fan Genome-bride feriening (gwas) | ≥200 samples | 10x | |
| Genetyske evolúsje | ±30 samples, mei> 10 samples fan elke subgroep | 10x | |
Tsjinsteasken
Konsintraasje ≥ 5 ng / μl
Totaal bedrach ≥ 80 ng
Nanodrop od260 / 280 = 1,6-2.5
Agarose Gel: Gjin of beheinde degradaasje as fersmoarging
Oanbefellende foarbyld levering
Container: 2 ml centrifuge buis
(Foar de measte samples, advisearje wy net yn Ethanol te behâlden)
Sample etiketten: samples moatte dúdlik markearre wurde en identyk wêze om foarbyldynformaasje formulier yn te yntsjinne.
Ferstjoering: Droech-iis: samples moatte earst ynpakke wurde yn sekken en begroeven yn droech iis.
Tsjinstwurkflow
SAMPLE QC
Pilot eksperimint
Slaf-eksperimint
Tarieding fan biblioteek
Sequencing
Gegevensanalyse
Tsjinsten foar neisoarch
Omfettet de folgjende analyse:
- SEQUCING Gegevens QC
- Slaf tag ûntwikkeling
Mapping om te referinsje Genome
Sûnder in referinsje Genome: Clustering
- Analyse fan SLAF Tags.: Statistyk, distribúsje oer it Genome
- Marker Discovery: SNP, Indel, SNV, CV Rop en annotaasje
Distribúsje fan SLAF tags op chromosomen:
Distribúsje fan snps op chromosomen:
SNP-annotaasje
| Jier | Sjoernaal | IF | Titel | Oanfregaasjes |
| 2022 | Natuerapplikaasje | 17.694 | Genomyske basis fan 'e giga-chromosomen en giga-genome fan beam pones Paeonia Ostii | Slaf-gwas |
| 2015 | Nije Phytolooch | 7.433 | Domestication Footpressts anker Genomyske regio's fan agronomysk belang yn sojabonen | Slaf-gwas |
| 2022 | Journal of Avansearre Undersyk | 12.822 | Genome-brede keunstmjittige ynbrochten fan Gossypium Barbadense yn G. Hirsutum iepenbiere superieure loci foar tagelyk ferbettering fan katoenfaser kwaliteit en opbringst trekken | Slaf-evolúsjonêre genetyk |
| 2019 | Molekulêre plant | 10.81 | Befolkingske genomyske analyse en de Novo Assembly iepenbiere de oarsprong fan Weedy Rys as evolúsjonêr spultsje | Slaf-evolúsjonêre genetyk |
| 2019 | Natuer genetyk | 31.616 | Genome sekwinsje en genetyske ferskaat oan 'e gewoane karper, Cyprinus Carpio | Slaf-Linkage-kaart |
| 2014 | Natuer genetyk | 25.455 | It genoom fan kultivearre peanut leveret ynsjoch yn Legume Karyotypen, Polploid Evolúsje en gewaaksoplositaasje. | Slaf-Linkage-kaart |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identifikaasje fan ST1 ûntbleatet in seleksje mei it stopjen fan hitchhiking fan seed morfology en oalje-ynhâld tidens soja-domestisaasje | Slaf-markerûntwikkeling |
| 2022 | Ynternasjonaal tydskrift fan Molekulêre Wittenskippen | 6.208 | Identifikaasje en DNA-markearûntwikkeling foar in tarwe-leymus Mollis 2ns (2D) Sisomyske chromosome wikseling | Slaf-markerûntwikkeling |
| Jier | Sjoernaal | IF | Titel | Oanfregaasjes |
| 2023 | Frontiers yn Plant Science | 6.735 | Qtl Mapping en transkripde analyze fan sûkerynhâld tidens fruit ryping fan Pyrus Pyrifolia | Genetyske kaart |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Identifikaasje fan ST1 ûntbleatet in seleksje mei it stopjen fan hitchhiking fan seed morfology en oalje-ynhâld tidens soja-domestication
| SNP-oproppen |
| 2022 | Frontiers yn Plant Science | 6.623 | Genomo-brede feriening yn kaart bringen fan hullear amper fenotypen yn droechte omjouwing.
| Gwas |
