Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) is ûntstien as in kosten-effektyf en effisjint alternatyf foar Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) yn DNA-methylaasjeûndersyk. Wylst WGBS wiidweidige ynsjoggen leveret troch it heule genoom te ûndersiikjen by resolúsje fan ien basis, kinne de hege kosten in beheinende faktor wêze. RRBS fermindert dizze útdaging strategysk troch selektyf in represintatyf diel fan it genoom te analysearjen. Dizze metodyk fertrout op de ferriking fan CpG-eilân-rike regio's troch MspI-spjalting folge troch grutte seleksje fan 200-500/600 bps fragminten. Dêrtroch wurde allinich regio's proximaal foar CpG-eilannen sekwearre, wylst dy mei fiere CpG-eilannen wurde útsletten fan 'e analyse. Dit proses, kombinearre mei bisulfite-sekwinsje, makket it mooglik foar detectie fan hege resolúsje fan DNA-methylaasje, en de sequencing-oanpak, PE150, rjochtet him spesifyk op 'e úteinen fan' e ynserts yn stee fan 'e midden, wêrtroch't de effisjinsje fan methylaasjeprofilearring ferheget. De RRBS is in ûnskatbere wearde ark dat kosten-effektyf DNA-methylaasjeûndersyk mooglik makket en kennis fan epigenetyske meganismen foarkomt.
Service Features
● Fereasket in referinsjegenoom.
● Lambda DNA wurdt brûkt om bisulfite konverzje effisjinsje te kontrolearjen.
● MspI spiisfertarring effisjinsje wurdt ek kontrolearre.
● Dûbele enzyme digestion foar plantmonsters.
● Sequencing op Illumina NovaSeq.
Service Foardielen
●Kosten-effektyf en effisjint alternatyf foar WGBS: wêrtroch de analyse kin wurde útfierd tsjin in legere kosten en mei legere stekproefeasken.
●Folslein platfoarm:leverje one-stop poerbêste tsjinst fan sampleferwurking, biblioteekbou, en sequencing oant bioinformatika-analyse.
●Wiidweidige Expertise: mei RRBS-sekwinsjeprojekten mei súkses foltôge oer in ferskaat oanbod fan soarten, bringt BMKGENE mear as in desennium oan ûnderfining, in heul betûft analyseteam, wiidweidige ynhâld, en poerbêste post-ferkeapstipe.
Service Spesifikaasjes
| Biblioteek | Sequencing Strategy | Oanrikkemandearre gegevensútfier | Kwaliteit kontrôle |
| MspI digested en Bisulfite behannele bibleteek | Illumina PE150 | 8 gb | Q30 ≥ 85% Bisulfite konverzje > 99% MspI-snijeffisjinsje > 95% |
Sample Requirements
| Konsintraasje (ng/µL) | Totaal bedrach (µg) |
| |
| Genomysk DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Beheinde degradaasje of fersmoarging |
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Omfettet de folgjende analyze:
● Raw sequencing kwaliteit kontrôle;
● Mapping nei referinsjegenoom;
● Deteksje fan 5mC methylearre basen en motyfidentifikaasje;
● Analyse fan methylaasjeferdieling en samplefergeliking;
● Analyse fan Differential Methylated Regions (DMRs);
● Funksjonele annotaasje fan genen dy't ferbûn binne mei DMR's.
Kwaliteitskontrôle: spiisfertarring effisjinsje (yn genome mapping)
Kwaliteitskontrôle: bisulfitekonverzje (yn ekstraksje fan methylaasjeynfo)
Methylaasjekaart: 5mC methylaasjegenoom-brede ferdieling
Sample ferliking: Principal Component Analysis
Differinsjaal methylearre regio's (DMR's) analyze: waarmtekaart
Ferkenne de foarútgong fan ûndersyk fasilitearre troch BMKGene syn hiele genome bisulfite sequencing tsjinsten fia in gearstalde kolleksje fan publikaasjes.
Li, Z. et al. (2022) 'High-fidelity reprogramming yn Leydig-like sellen troch CRISPR-aktivearring en parakrine faktoaren',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Genombrede DNA-methylaasje-analyse fan lichemskomposysje yn Sineeske monozygotyske twilling',European Journal of Clinical Investigation, 53(11), s. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA-methylaasje en waist-to-hip-ferhâlding: in epigenoom-brede ferieningstúdzje yn Sineeske monozygotyske twilling',Journal of Endocrinological Investigation, 45(12), s. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
