Prokaryotyske RNA-sekwinsje
Features
● RNA sample ferwurking belutsen rRNA útputting folge troch directional RNA bibleteek tarieding.
● Bioinformatyske analyze basearre op ôfstimming nei in referinsjegenoom
● Analyse omfettet gene-ekspresje en DEG's, mar ek transkriptstruktuer en sRNA-analyse
Service Foardielen
●Rigorous Quality Control: wy ymplementearje kearnkontrôlepunten yn alle stadia, fan sample- en biblioteektarieding oant sequencing en bioinformatika. Dizze sekuere tafersjoch soarget foar de levering fan konsekwint resultaten fan hege kwaliteit.
●Strand-spesifike Sequencing Data: trochdat de tarieding fan 'e RNA-biblioteek rjochting is, wêrtroch identifikaasje fan anty-sintranskripten mooglik is.
●Folsleine analyze oanpast oan prokaryotyske transkriptomen: de bioinformatyske pipeline omfettet net allinich analyze fan 'e genekspresje, mar ek analyze fan' e transkripsjestruktuer, ynklusyf identifikaasje fan operons, UTR's en promotors. It omfettet ek analyze fan sRNA's, nammentlik annotaasje en foarsizzing fan sekundêre struktuer en doelen.
●Post-Sales Support: ús ynset giet fierder as projektfoltôging mei in 3-moanne tsjinstperioade nei ferkeap. Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen, en Q&A-sesjes om alle fragen oan te pakken yn ferbân mei de resultaten.
Sample easken en levering
| Biblioteek | Sequencing strategy | Gegevens oanrikkemandearre | Kwaliteitskontrôle |
| rRNA útputte rjochtingsbibleteek | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Sample easken:
| Konk.(ng/μl) | Bedrach (μg) | Purity | Yntegriteit |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | RIN≥6.5 |
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Container: 2 ml centrifuge tube (Tin folie wurdt net oanrikkemandearre)
Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ferstjoering:
1. Dry-ice: Samples moatte wurde ynpakt yn sekken en begroeven yn droech-iis.
2. RNAstable buizen: RNA samples kinne wurde droege yn RNA stabilisaasje buis (bgl RNAstable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Bioinformatic Analysis Workflow
Omfettet de folgjende analyze:
● Raw gegevens kwaliteit kontrôle
● Ofstimming nei it referinsjegenoom
● Beoardieling fan biblioteekkwaliteit: willekeurigens fan RNA-fragmintaasje, ynfoegje grutte en sêding fan folchoarder
● Funksjonele annotaasje fan foarseine kodearjende genen
● Ekspresje-analyze: korrelaasje- en Principal Component Analysis (PCA)
● Differinsjale genekspresje (DEG's)
● Funksjonele annotaasje en ferriking fan DEG's
● sRNA Analysis: foarsizzing, annotaasje, doel, en sekundêre struktuer foarsizzing
● Transkripsjestruktueranalyse: operons, begjin- en einposysjes, Untranslated regio (UTS), promotor, en SNP/InDel-analyse
Sequencing sêding
Funksjonele annotaasje fan kodearjende genen
Korrelaasje tusken samples
Differinsjaal útdrukt genen (DEGs) analyze
Analyse fan funksjonele ferriking
sRNA annotaasje
Ferkenne de foarútgong fasilitearre troch BMKGene's Nanopore mRNA-sekwinsjetsjinsten mei folsleine lingte yn dizze featured publikaasje.
Guan, CP et al. (2018) 'Globale transkriptoomferoarings fan biofilmfoarmjende Staphylococcus epidermidis reagearje op totale alkaloïden fan Sophorea alopecuroides',Poalsk Journal of Microbiology, 67(2), s. 223. doi: 10.21307 / PJM-2018-024.
