-
Single-nuclei RNA Sequencing
De ûntwikkeling fan single-cell capture en oanpaste bibleteekboutechniken, keppele mei hege-throughput sequencing, hat revolúsjoneare geneekspresjestúdzjes op selnivo. Dizze trochbraak soarget foar djipper en wiidweidigere analyze fan komplekse selpopulaasjes, it oerwinnen fan de beheiningen dy't ferbûn binne mei gemiddeld geneekspresje oer alle sellen en it behâld fan de wiere heterogeniteit binnen dizze populaasjes. Wylst single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) ûnbestride foardielen hat, komt it útdagings tsjin yn bepaalde weefsels wêr't it meitsjen fan in single-cell-suspensje lestich is en frisse samples fereasket. By BMKGene pakke wy dizze hindernis oan troch it oanbieden fan single-nucleus RNA-sequencing (snRNA-seq) mei de state-of-the-art 10X Genomics Chromium technology. Dizze oanpak wreidet it spektrum fan samples út foar transkriptoomanalyse op it single-cell-nivo.
De isolaasje fan kearnen wurdt berikt troch de ynnovative 10X Genomics Chromium-chip, mei in acht-kanaal mikrofluidyksysteem mei dûbele krusingen. Binnen dit systeem wurde gelkralen mei barcodes, primers, enzymen en ien kearn ynkapsele yn nanoliter-grutte oaljedruppels, en foarmje Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Nei GEM-formaasje, sel lysis en barcode frijlitting plakfine binnen elke GEM. Ferfolgens ûndergeane mRNA-molekulen omkearde transkripsje yn cDNA's, mei 10X barcodes en Unique Molecular Identifiers (UMI's). Dizze cDNA's wurde dan ûnderwurpen oan standert sequencing bibleteekkonstruksje, it fasilitearjen fan in robúste en wiidweidige ferkenning fan gene-ekspresjeprofilen op ien-selnivo.
Platfoarm: 10 × Genomics Chromium en Illumina NovaSeq Platfoarm
-
10x Genomics Visium Romtlike transkriptoom
Romtlike transkriptomika is in nijsgjirrige technology wêrmei ûndersikers genekspresjepatroanen binnen weefsels kinne ûndersykje, wylst se har romtlike kontekst behâlde. Ien krêftich platfoarm yn dit domein is 10x Genomics Visium keppele mei Illumina-sequencing. It prinsipe fan 10X Visium leit op in spesjalisearre chip mei in oanwiisd capture gebiet dêr't weefsel seksjes wurde pleatst. Dit fangen gebiet befettet barcoded spots, elk oerienkomt mei in unike romtlike lokaasje binnen it weefsel. De fongen RNA-molekulen út it weefsel wurde dan markearre mei unike molekulêre identifiers (UMI's) tidens it omkearde transkripsjeproses. Dizze barcoded spots en UMI's meitsje sekuere romtlike mapping en kwantifikaasje fan geneekspresje mooglik by in resolúsje fan ien sel. De kombinaasje fan romtlik barcodeare samples en UMI's soarget foar de krektens en spesifisiteit fan 'e generearre gegevens. Troch dizze Spatial Transcriptomics-technology te brûken, kinne ûndersikers in djipper begryp krije fan 'e romtlike organisaasje fan sellen en de komplekse molekulêre ynteraksjes dy't foarkomme yn weefsels, en biede ûnskatbere ynsjoch yn' e meganismen dy't ûnderlizzende biologyske prosessen yn meardere fjilden, ynklusyf onkology, neuroscience, ûntwikkelingsbiology, immunology , en botanyske stúdzjes.
Platfoarm: 10X Genomics Visium en Illumina NovaSeq
-
Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore
Wylst NGS-basearre mRNA-sekwinsje in alsidich ark is foar it kwantifisearjen fan gene-ekspresje, beheint har ôfhinklikens fan koarte lêzings syn effektiviteit yn komplekse transkriptomyske analyzes. Oan 'e oare kant brûkt nanopore-sekwinsje technology foar lange lêzen, wêrtroch't de folchoarder fan mRNA-transkripten fan folsleine lingte mooglik is. Dizze oanpak fasilitearret in wiidweidige ferkenning fan alternative splicing, gen-fúzjes, poly-adenylaasje, en de kwantifikaasje fan mRNA isofoarmen.
Nanopore sequencing, in metoade dy't fertrout op nanopore single-molecule real-time elektryske sinjalen, leveret resultaten yn real-time. Begeliede troch motorproteinen, bindet dûbelstrings DNA oan nanoporeproteinen ynbêde yn in biofilm, en ûntwikkelt as it troch it nanoporekanaal giet ûnder in spanningsferskil. De ûnderskate elektryske sinjalen generearre troch ferskate basen op 'e DNA-string wurde ûntdutsen en klassifisearre yn real-time, it fasilitearjen fan krekte en trochgeande nukleotide-sekwinsje. Dizze ynnovative oanpak oerwint beheiningen foar koarte lêzen en leveret in dynamysk platfoarm foar yngewikkelde genomyske analyse, ynklusyf komplekse transkriptomyske stúdzjes, mei direkte resultaten.
Platfoarm: Nanopore PromethION 48
-
Folsleine lingte mRNA sequencing -PacBio
Wylst op NGS-basearre mRNA-sekwinsjes in alsidige ark is foar it kwantifisearjen fan gen-ekspresje, beheint har ôfhinklikens fan koarte lêzings it gebrûk yn komplekse transkriptomyske analyzes. Oan 'e oare kant brûkt PacBio sequencing (Iso-Seq) langlêzen technology, wêrtroch't de sequencing fan mRNA-transkripten fan folsleine lingte mooglik makket. Dizze oanpak fasilitearret in wiidweidige ferkenning fan alternative splicing, gen-fúzjes, en poly-adenylaasje. D'r binne lykwols oare karren foar kwantifikaasje fan geneekspresje fanwege de hege hoemannichte gegevens nedich. PacBio sequencing technology fertrout op single-molecule, real-time (SMRT) sequencing, it leverjen fan in dúdlik foardiel yn it fêstlizzen fan folsleine mRNA-transkrippen. Dizze ynnovative oanpak omfettet it brûken fan nul-modus waveguides (ZMW's) en mikrofabrisearre putten dy't de real-time observaasje fan DNA-polymerase-aktiviteit ynskeakelje tidens sequencing. Binnen dizze ZMW's syntetisearret PacBio's DNA-polymerase in komplemintêre DNA-streng, en genereart lange lêzings dy't it gehiel fan mRNA-transkrippen oerspant. PacBio-operaasje yn Circular Consensus Sequencing (CCS) modus ferbettert de krektens troch ferskate kearen sequencing itselde molekule. De generearre HiFi-lêzen hawwe in krektens fergelykber mei NGS, en drage fierder by oan in wiidweidige en betroubere analyze fan komplekse transkriptomyske funksjes.
Platfoarm: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
mRNA-sequencing, in alsidige technology, machtigje de wiidweidige profilearring fan alle mRNA-transkrippen binnen sellen ûnder spesifike omstannichheden. Mei syn brede tapassingen ûntbleatet dit nijsgjirrige ark yngewikkelde geneekspresjeprofilen, genstruktueren en molekulêre meganismen ferbûn mei ferskate biologyske prosessen. In soad oannommen yn fûnemintele ûndersyk, klinyske diagnoaze, en medisynûntwikkeling, mRNA-sekwinsje biedt ynsjoch yn 'e yngewikkeldheden fan sellulêre dynamyk en genetyske regeljouwing, wat nijsgjirrigens opwekt oer har potensjeel op ferskate fjilden.
Platfoarm: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Non-Reference based mRNA Sequencing-NGS
mRNA-sekwinsje makket de wiidweidige profilearring fan alle mRNA-transkrippen binnen sellen ûnder spesifike omstannichheden mooglik. Dizze avansearre technology tsjinnet as in krêftich ark, ûntbleatet yngewikkelde gene-ekspresjeprofilen, genstruktueren en molekulêre meganismen ferbûn mei ferskate biologyske prosessen. In soad oannommen yn fûnemintele ûndersyk, klinyske diagnoaze, en medisynûntwikkeling, mRNA-sekwinsje biedt ynsjoch yn 'e yngewikkeldheden fan sellulêre dynamyk en genetyske regeljouwing.
Platfoarm: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Lange net-kodearjen Sequencing-Illumina
Lange net-kodearjende RNA's (lncRNA's) binne langer dan 200 nukleotiden dy't minimaal kodearjen potinsjeel hawwe en binne pivotale eleminten binnen net-kodearjend RNA. Fûn yn 'e kearn en cytoplasma, spylje dizze RNA's krúsjale rollen yn epigenetyske, transkripsjonele en post-transkripsjonele regeling, en ûnderstreekje har betsjutting yn it foarmjen fan sellulêre en molekulêre prosessen. LncRNA-sekwinsje is in krêftich ark yn selledifferinsjaasje, ontogenesis, en minsklike sykten.
Platfoarm: Illumina NovaSeq
-
Lytse RNA Sequencing-Illumina
Lytse RNA (sRNA) molekulen, omfetsje mikroRNA's (miRNA's), lytse ynterferearjende RNA's (siRNA's), en piwi-ynteraksjende RNA's (piRNA's). Under dizze binne miRNA's, sawat 18-25 nukleotiden lang, benammen opmerklik foar har pivotale regeljende rollen yn ferskate sellulêre prosessen. Mei weefsel-spesifike en poadium-spesifike ekspresjepatroanen, miRNA's eksposearje hege behâld oer ferskate soarten.
Platfoarm: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Sirkulêre RNA-sekwinsje (circRNA-seq) is om sirkulêre RNA's te profilearjen en te analysearjen, in klasse fan RNA-molekulen dy't sletten loops foarmje fanwege net-kanonike splicing-eveneminten, wêrtroch dit RNA ferhege stabiliteit biedt. Wylst guon circRNAs binne oantoand te fungearjen as microRNA-sponzen, sequestering microRNAs en foarkommen dat se har doel-mRNA's regelje, kinne oare circRNA's ynteraksje mei aaiwiten, moduleare gene-ekspresje, of rollen hawwe yn sellulêre prosessen. circRNA-ekspresje-analyse jout ynsjoch yn 'e regeljende rollen fan dizze molekulen en har betsjutting yn ferskate sellulêre prosessen, ûntwikkelingsstadia en syktebetingsten, en draacht by oan in djipper begryp fan' e kompleksiteit fan RNA-regeling yn 'e kontekst fan geneekspresje.
-
Folsleine transkriptoomsekwinsje - Illumina
Folsleine transkriptoomsekwinsje biedt in wiidweidige oanpak foar it profilearjen fan ferskate RNA-molekulen, mei kodearring (mRNA) en net-kodearjende RNA's (lncRNA, circRNA en miRNA). Dizze technyk vangt it hiele transkriptoom fan spesifike sellen op in bepaald momint, wêrtroch in holistysk begryp fan sellulêre prosessen mooglik is. Ek bekend as "totale RNA-sekwinsje", is it as doel om yngewikkelde regeljouwingsnetwurken te ûntbleatsjen op it transkriptoomnivo, wêrtroch djippe analyse mooglik is, lykas konkurrearjende endogene RNA (ceRNA) en mienskiplike RNA-analyse. Dit markearret de inisjele stap nei funksjonele karakterisearring, benammen yn it unraveljen fan de regeljouwing netwurken wêrby't circRNA-miRNA-mRNA-basearre ceRNA-ynteraksjes.
