-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Romtlike transkriptomika stiet oan 'e foargrûn fan wittenskiplike ynnovaasje, en stelt ûndersikers yn steat om te ferdjipjen yn yngewikkelde gen-ekspresjepatroanen binnen weefsels, wylst se har romtlike kontekst behâlde. Temidden fan ferskate platfoarms hat BMKGene de BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip ûntwikkele, mei in ferbettere resolúsje fan 3.5µm, it berikken fan it subsellulêre berik, en it ynskeakeljen fan multi-level resolúsje ynstellings. De S3000-chip, mei sawat 4 miljoen spots, brûkt mikrowellen lein mei kralen laden mei romtlik barcodearre capture probes. In cDNA-bibleteek, ferrike mei romtlike barcodes, wurdt taret fan 'e S3000-chip en dêrnei sequearre op it Illumina NovaSeq-platfoarm. De kombinaasje fan romtlik barcodeare samples en UMI's soarget foar de krektens en spesifisiteit fan 'e generearre gegevens. De BMKManu S3000-chip is ekstreem alsidich, en biedt resolúsje-ynstellingen op meardere nivo's dy't fyn kinne wurde ôfstimd op ferskate weefsels en winske nivo's fan detail. Dizze oanpassingsfermogen posearret de chip as in treflike kar foar ferskate romtlike transkriptomika-stúdzjes, en soarget foar krekte romtlike klustering mei minimaal lûd. It gebrûk fan selsegmentaasjetechnology mei BMKManu S3000 makket de ôfskieding fan transkripsjonele gegevens oan 'e grinzen fan sellen mooglik, wat resulteart yn in analyse dy't direkte biologyske betsjutting hat. Fierder resultearret de ferbettere resolúsje fan S3000 yn in heger oantal genen en UMI's ûntdutsen per sel, wêrtroch in folle krekter analyze fan 'e romtlike transkripsjepatroanen en klustering fan sellen mooglik makket.
-
Single-nuclei RNA Sequencing
De ûntwikkeling fan single-cell capture en oanpaste bibleteekboutechniken, keppele mei hege-throughput sequencing, hat revolúsjoneare geneekspresjestúdzjes op selnivo. Dizze trochbraak soarget foar djipper en wiidweidigere analyze fan komplekse selpopulaasjes, it oerwinnen fan de beheiningen dy't ferbûn binne mei gemiddeld geneekspresje oer alle sellen en it behâld fan de wiere heterogeniteit binnen dizze populaasjes. Wylst single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) ûnbestride foardielen hat, komt it útdagings tsjin yn bepaalde weefsels wêr't it meitsjen fan in single-cell-suspensje lestich is en frisse samples fereasket. By BMKGene pakke wy dizze hindernis oan troch it oanbieden fan single-nucleus RNA-sequencing (snRNA-seq) mei de state-of-the-art 10X Genomics Chromium technology. Dizze oanpak wreidet it spektrum fan samples út foar transkriptoomanalyse op it single-cell-nivo.
De isolaasje fan kearnen wurdt berikt troch de ynnovative 10X Genomics Chromium-chip, mei in acht-kanaal mikrofluidyksysteem mei dûbele krusingen. Binnen dit systeem wurde gelkralen mei barcodes, primers, enzymen en ien kearn ynkapsele yn nanoliter-grutte oaljedruppels, en foarmje Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Nei GEM-formaasje, sel lysis en barcode frijlitting plakfine binnen elke GEM. Ferfolgens ûndergeane mRNA-molekulen omkearde transkripsje yn cDNA's, mei 10X barcodes en Unique Molecular Identifiers (UMI's). Dizze cDNA's wurde dan ûnderwurpen oan standert sequencing bibleteekkonstruksje, it fasilitearjen fan in robúste en wiidweidige ferkenning fan gene-ekspresjeprofilen op ien-selnivo.
Platfoarm: 10 × Genomics Chromium en Illumina NovaSeq Platfoarm
-
10x Genomics Visium Romtlike transkriptoom
Romtlike transkriptomika is in nijsgjirrige technology wêrmei ûndersikers genekspresjepatroanen binnen weefsels kinne ûndersykje, wylst se har romtlike kontekst behâlde. Ien krêftich platfoarm yn dit domein is 10x Genomics Visium keppele mei Illumina-sequencing. It prinsipe fan 10X Visium leit op in spesjalisearre chip mei in oanwiisd capture gebiet dêr't weefsel seksjes wurde pleatst. Dit fangen gebiet befettet barcoded spots, elk oerienkomt mei in unike romtlike lokaasje binnen it weefsel. De fongen RNA-molekulen út it weefsel wurde dan markearre mei unike molekulêre identifiers (UMI's) tidens it omkearde transkripsjeproses. Dizze barcoded spots en UMI's meitsje sekuere romtlike mapping en kwantifikaasje fan geneekspresje mooglik by in resolúsje fan ien sel. De kombinaasje fan romtlik barcodeare samples en UMI's soarget foar de krektens en spesifisiteit fan 'e generearre gegevens. Troch dizze Spatial Transcriptomics-technology te brûken, kinne ûndersikers in djipper begryp krije fan 'e romtlike organisaasje fan sellen en de komplekse molekulêre ynteraksjes dy't foarkomme yn weefsels, en biede ûnskatbere ynsjoch yn' e meganismen dy't ûnderlizzende biologyske prosessen yn meardere fjilden, ynklusyf onkology, neuroscience, ûntwikkelingsbiology, immunology , en botanyske stúdzjes.
Platfoarm: 10X Genomics Visium en Illumina NovaSeq
