-
Hi-C basearre Chromatin Interaction
Hi-C is in metoade ûntworpen om genomyske konfiguraasje te fangen troch it kombinearjen fan proximity-basearre ynteraksjes en sequencing mei hege trochput. De metoade is basearre op chromatine crosslinking mei formaldehyde, folge troch spiisfertarring en re-ligation op in wize dat allinnich fragminten dy't kovalent keppele sil foarmje ligation produkten. Troch dizze ligaasjeprodukten te foltôgjen is it mooglik om de 3D-organisaasje fan it genom te studearjen. Hi-C makket it mooglik om de ferdieling fan 'e dielen fan it genoom te studearjen dy't licht ynpakt binne (A-fakken, euchromatin) en wierskynliker transkriptioneel aktyf binne, en de regio's dy't strakker binne (B-fakken, Heterochromatin). Hi-C kin ek brûkt wurde om topologysk assosjearre domeinen (TAD's), regio's fan it genoom dy't opfolde struktueren hawwe en wierskynlik ferlykbere ekspresjepatroanen hawwe, en om chromatine-lussen te identifisearjen, DNA-regio's dy't tegearre binne ferankere troch aaiwiten en dy't binne faak ferrike yn regeljouwing eleminten. BMKGene's Hi-C-sequencing-tsjinst stelt ûndersikers yn steat om de romtlike dimensjes fan genomika te ferkennen, nije wegen te iepenjen foar it begripen fan genoomregeling en de gefolgen dêrfan yn sûnens en sykte.
-
Chromatine Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) is in technyk dy't antykladen brûkt om selektyf DNA-binende proteïnen en har oerienkommende genomika-doelen te ferrykjen. De yntegraasje dêrfan mei NGS makket it genome-brede profilearring mooglik fan DNA-doelen ferbûn mei histonmodifikaasje, transkripsjefaktoaren en oare DNA-binende aaiwiten. Dizze dynamyske oanpak makket fergelikingen mooglik fan binende siden oer ferskate seltypen, weefsels of betingsten. De applikaasjes fan ChIP-Seq span fan it bestudearjen fan transkripsjeregulaasje en ûntwikkelingspaden oant it opheldearjen fan syktemeganismen, wêrtroch it in ûnmisber ark is foar it begripen fan genomyske regeljouwing lânskippen en it fuortsterkjen fan therapeutyske ynsjoch.
Platfoarm: Illumina NovaSeq
-
Whole genome bisulfite sequencing (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) stiet as de gouden-standertmetodology foar yngeande ferkenning fan DNA-methylaasje, spesifyk de fyfde posysje yn cytosine (5-mC), in pivotale regulator fan geneekspresje en sellulêre aktiviteit. It prinsipe ûnderlizzende WGBS omfettet bisulfite-behanneling, wêrtroch de konverzje fan unmethylearre cytosines nei uracil (C nei U) feroarsake wurdt, wylst methylearre cytosines ûnferoare litte. Dizze technyk biedt resolúsje op ien basis, wêrtroch ûndersikers it methylome wiidweidich kinne ûndersykje en abnormale methylaasjepatroanen ûntdekke ferbûn mei ferskate betingsten, benammen kanker. Troch WGBS te brûken, kinne wittenskippers ongeëvenaarde ynsjoch krije yn genome-brede methylaasjelânskippen, en jouwe in nuansearre begryp fan 'e epigenetyske meganismen dy't ferskate biologyske prosessen en sykten ûnderlizze.
-
Assay foar transposase-tagonklik chromatine mei hege trochfier-sekwinsje (ATAC-seq)
ATAC-seq is in sequencingtechnyk mei hege trochset dy't brûkt wurdt foar analyse fan genoombrede chromatine tagonklikens. It gebrûk leveret djipper begryp fan 'e komplekse meganismen fan globale epigenetyske kontrôle oer geneekspresje. De metoade brûkt in hyperaktive Tn5-transposase om tagelyk iepen chromatine-regio's te fragmintearjen en te markearjen troch sequencing-adapters yn te setten. Folgjende PCR-amplifikaasje resulteart yn 'e skepping fan in sequencing-bibleteek, dy't de wiidweidige identifikaasje fan iepen chromatine-regio's mooglik makket ûnder spesifike romte-tiid-betingsten. ATAC-seq jout in holistyske werjefte fan tagonklike chromatine lânskippen, yn tsjinstelling ta metoaden dy't allinnich rjochtsje op transkripsje faktor binende sites of spesifike histon-modifisearre regio. Troch dizze iepen chromatine-regio's te foltôgjen, ûntbleatet ATAC-seq regio's dy't mear kâns hawwe op aktive regeljouwingssekwinsjes en potinsjele transkripsjefaktor-binende siden, en biedt weardefolle ynsjoch yn 'e dynamyske modulaasje fan gen-ekspresje oer it genoom.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) is ûntstien as in kosten-effektyf en effisjint alternatyf foar Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) yn DNA-methylaasjeûndersyk. Wylst WGBS wiidweidige ynsjoggen leveret troch it heule genoom te ûndersiikjen by resolúsje fan ien basis, kinne de hege kosten in beheinende faktor wêze. RRBS fermindert dizze útdaging strategysk troch selektyf in represintatyf diel fan it genoom te analysearjen. Dizze metodyk fertrout op de ferriking fan CpG-eilân-rike regio's troch MspI-spjalting folge troch grutte seleksje fan 200-500/600 bps fragminten. Dêrtroch wurde allinich regio's proximaal foar CpG-eilannen sequearre, wylst dy mei fiere CpG-eilannen wurde útsletten fan 'e analyse. Dit proses, kombinearre mei bisulfite-sekwinsje, makket it mooglik foar detectie fan hege resolúsje fan DNA-methylaasje, en de sequencing-oanpak, PE150, rjochtet him spesifyk op 'e úteinen fan' e ynserts yn stee fan 'e midden, wêrtroch't de effisjinsje fan methylaasjeprofilearring ferheget. De RRBS is in ûnskatbere wearde ark dat kosten-effektyf DNA-methylaasjeûndersyk mooglik makket en kennis fan epigenetyske meganismen foarútgong.
