Plant / dier heule genoom te ferfolchjen
Tsjinstfunksjes
● Biblioteek tarieding kin standert as pcr-frij wêze
● Beskikber yn 4 sequencing-platfoarms: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Prometion P48, as Pacbio Revio.
● Bioynforatyske analyse rjochte op 'e deteksje fan farianten: SNP, Indel, SV en CNV
Tsjinstbewusteens
●Wiidweidige ekspertize en publikaasje records: Akkumuleare ûnderfining yn Genome Sequencing foar mear dan 1000 soarten is resultearre yn mear dan 1000 publisearre gefallen mei in kumulative ynfloed faktor fan mear dan 5000.
●Analyse fan uitgebrief: Ynklusyf fariaasje-oprop- en funksje annotaasje.
● Support foar post-ferkeap:Us tawijing wreidet út bûten de foltôging fan projekt mei in 3-moanne nei-Sale Service Perioade. Yn dizze tiid biede wy Project Follow-Up, Troubleshooting by it oplossen fan assistinsje, en Q & A-sesjes om te adressearjen relatearre yn ferbân mei de resultaten.
●Wiidweidige annotaasje: Wy brûke meardere databases om de genen te annotearjen mei identifisearre fariaasjes en de korrespondearjende ferrykensanalyse út te fieren, ynsjoch te jaan oer meardere ûndersyksprojekten.
Tsjinstspesifikaasjes
| Farianten om te identifisearjen | SEQUCING STRATEGY | Oanrikkemandearre djipte |
| SNP en Indel | Illumina novaseq pe150 as MGI T7 | 10x |
| Sv en cnv (minder krekter) | 30x | |
| SV EN CNV (krekter) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPS, Indelen, SV en CNV | Pacbio Revio | 10x |
Foarbyldfeediening
| Tissue of ekstrakt kearde kearnen | Illumina / Mgi | Nanopore | Pacbio
| ||
| Dier viscera | 0,5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Dierspier | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sûchdier bloed | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Poultry / Fish Blood | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Plant- farske blêd | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultureszellen |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Ynsekt sêft weefsel / yndividu | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Extracted DNA
| Konsintraasje: ≥ 1 ng / μl Bedrach: ≥ 30 ng Beheind as gjin degradaasje as fersmoarging
| Konsintraasje Tal
Od260 / 280
Od260 / 230
Beheind as gjin degradaasje as fersmoarging
| ≥ 40 ng / μL 4 μg / Flow Cell / Sample
1,7-2.2
≥1.5 | Konsintraasje Tal
Od260 / 280
Od260 / 230
Beheind as gjin degradaasje as fersmoarging | ≥ 50 ng / μL 10 μg / Flow Cell / Sample
1,7-2.2
1,8-2.5 |
| PCR-fergese biblioteek tarieding: Konsintraasje 0 40 Ng / μl De hoemannichte 500 ng | |||||
Tsjinstwurkstream
Sample levering
DNA-ekstraksje
Biblioteek konstruksje
Sequencing
Gegevensanalyse
Gegevens levering
Omfettet de folgjende analyse:
- RAW-gegevenskwaliteitskontrôle
- Statistiken fan ôfstimming om genoom te ferwizigjen
- Fariant identifikaasje: SNP, Indel, SV en CNV
- Funksjoneel annotaasje fan farianten
Statistiken fan ôfstimming om genoom te referinsje - sequencing Djipdistribúsje
SNP-oproppen ûnder meardere samples
Indel identifikaasje - statistiken fan 'e Indel-lingte yn' e CD's-regio en de Genome-wide regio
Fariant Distribúsje oer it genome - Circos Plot
Funksjonele annotaasje fan genen mei identifisearre farianten - gen ouse ontology
Chai, Q. et al. (2023) 'In glutathione S-transferase GHTT19 bepaalt Flower Pigmentation fia Regulearing Anthocyanin-akkumulaasje yn katoen', plant biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. DOI: 10.1111 / PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'CHROMOSOME-NAVIL WILD HEVEA BRASILIENSIS GENOME Biedt nije ark foar genomysk-bystienen en weardefolle lokale opbringst', plant biotechnology-sjoernaal, 2158-1072. Doi: 10.1111 / PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genome fan' e Estuarine Oyster biedt ynsjoch yn klimaat yn klimaat en oanpast plastisaasheid ', kommunikaasje biology 2021 4: 1, 4 (1), pp. 1-12. Doi: 10.1038 / S42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analyse fan Genome en Methylation feroaret yn Sineeske ynlânske kuikens oer de tiid leveret ynsjoch yn soarten behâld fan soarten behâld', kommunikaasjebiology, 5 (1). Doi: 10.1038 / S42003-022-03907-7.
