Plant / Dier de Novo Genome Sequencing
De NovoSequencing ferwiist nei de oanlis fan in soarte fan in soarte fan in genich mei ferfolchste technologyen yn 'e ôfwêzigens fan in referinsjerom. De ynlieding en wiidferspraat oannimmen fan tredde-generaasje-sequencing, mei langere lêzen, hawwe Genome Assembly signifikant ferbettere troch de oerlaap te ferheegjen tusken lêst. Dit ferbettering is benammen relevant by it omgean fan útdaagjende genomes, lykas dyjingen dy't hege heteritive regio's, en hege kompleksjonen dy't typysk min gearstald binne mei help fan koarte lêzen allinne.
Us oplossing foar ien stop biedt yntegrearre sequencing-tsjinsten en biopformatyske analyse dy't in hege kwaliteit leverje fan it Novo-gearstald Genome. In earste genoomsûndersyk mei Illumina leveret skataasjes fan genochte grutte en kompleksiteit, en dizze ynformaasje wurdt brûkt om de folgjende stap te lieden fan lang lêzen mei Pacbio Hifi, folge trochDe NovoGearkommel fan CONTIGS. It folgjende gebrûk fan HIC-assemblage ynskeakelje ferankering fan 'e oanwêzich oan it genoom, in chromosome-nivo-assemblage te krijen. Uteinlik wurdt it genoom annulearre troch genen foar genede en troch útdruklike genen te benutten, yntsjinje, nei transkriptjes mei koarte en lange lêzen.
Tsjinstfunksjes
● Yntegraasje fan meardere ferfolch- en biopormatyske tsjinsten yn in oplossing fan ien stop:
Genome-enkête mei Illumina om genoemige grutte te skatten en nei de folgjende stappen te skatten;
Lang lêzen sequencing foarDe Novogearkomste fan sontigs;
HI-C ferfolch foar chromosoom ferankering;
MRNA-sequencing foar annotaasje fan genen;
Validaasje fan 'e gearkomste.
● Service geskikt foar de oanlieding fan roman genomes as ferbettering fan besteande referinsjegefeilingen foar soarten foar soarten ynteresse.
Tsjinstbewusteens
Untwikkeling fan sequencing-platfoarms en biopformatika ynDe Novogenome gearkomste
(Amarasinghe sl et al.,Genome biology, 2020)
●Wiidweidige saakkundigens en publikaasje-record: Bmkgene hat massale ûnderfining sammele yn Genome Assembly fan ferskate soarten, ynklusyf diploed genomes en heul komplekse genomes fan polypouid en allopolyplois soarten. Sûnt 2018 hawwe wy bydroegen oan oer300 Publikaasjes fan hege ympultsjes, en 20+ fan har wurde publisearre yn natuerlike genetika.
● Ien-stop-oplossing: Us yntegreare oanpak kombineart meardere tema's Technologyen en biopformatyske analyses yn in gearhingjende workflow, leverje fan in middelbere gegeven Genome.
●Oanpast oan jo behoeften: Us servicewurkflow is oanpasbere, wêrtroch oanpassing tastiet foar genomes mei ferskaat funksjes en spesifike ûndersyksbehoeften. Dit omfettet it foldwaan fan gigantyske genomes, polypoat genomes, heul heterozygote genomes, en mear.
●Heech Falled Bioinformatics en Laboratial Team: Mei grutte ûnderfining yn sawol it eksperimintele as bioinformatika Front of Compleks Genome Assemblies en in searje patinten en software-auteursrjochtingen.
●Support foar post-ferkeap:Us tawijing wreidet út bûten de foltôging fan projekt mei in 3-moanne nei-Sale Service Perioade. Yn dizze tiid biede wy Project Follow-Up, Troubleshooting by it oplossen fan assistinsje, en Q & A-sesjes om te adressearjen relatearre yn ferbân mei de resultaten.
Tsjinstspesifikaasjes
| Genome enkête | Genome gearkomste | Chromosome-nivo | Genome annotaasje |
| 50x illumina novaseq pe150
| 30x Pacbio CCS HIFI LEADS | 100x Hi-c | RNA-Seq illumlina pe150 10 gb + (fakultatyf) RNA-SEQ Pacbio 40 GB as Nanopore 12 GB |
Tsjinsteasken
Foar genome enkête, genome gearkomste en hi-c-assemblage:
| Tissue of ekstrakt kearde kearnen | Genome enkête | Genome Assembly mei Pacbio | Hi-C Assembly |
| Dier viscera | 0,5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Dierspier | ≥ 5 g | ||
| Sûchdier bloed | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Poultry / Fish Blood | ≥ 0,5 ml | ||
| Plant- farske blêd | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Kultureszellen |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Ynsekt | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| Extracted DNA | Konsintraasje: ≥1 ng / μl Bedrach ≥ 30 ng Beheind as gjin degradaasje as fersmoarging | Konsintraasje: ≥ 50 NG / μL Bedrach: 10 μg / Flow Cell / Sample OD260 / 280 = 1,7-2.2 Od260 / 230 = 1,8-2.5 Beheind as gjin degradaasje as fersmoarging |
-
|
Foar genooch annotaasje mei transkriptyske:
| Tissue of ekstrakt kearde kearnen | Illumina transkripdeare | Pacbio Transkripts | Nanopore transkriptoom |
| Plant- root / stam / petal | 450 mg | 600 mg | |
| Plant - Leaf / sied | 300 mg | 300 mg | |
| Fabryk - fruit | 1,2 g | 1,2 g | |
| Dier hert / darm | 300 mg | 300 mg | |
| Animal Viscera / Brain | 240 mg | 240 mg | |
| Dierspier | 450 mg | 450 mg | |
| Animal bonken / hier / hûd | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - ynsekt | 6 | 6 | |
| Arthropod -crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Hiele bloed | 1 buis | 1 buis | |
| Extracted rna | Konsintraasje: ≥ 20 ng / μl Bedrach ≥ 0,3 μg Od260 / 280 = 1,7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5 PROWS /S / 18s1 | Konsintraasje: ≥ 100 Ng / μL Bedrach ≥ 0,75 μg Od260 / 280 = 1,7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5 PROWS /S / 18s1 | Konsintraasje: ≥ 100 Ng / μL Bedrach ≥ 0,75 μg Od260 / 280 = 1,7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 7,5 5 PROWS /S / 18s1 |
Oanbefellende foarbyld levering
Container: 2 ml centrifuge buis (tin folie is net oan te rieden)
(Foar de measte samples, wy advisearje dat wy net te behâlden yn Ethanol.)
Sample etiketten: samples moatte dúdlik label wurde en identyk wêze oan it yntsjinne foarbyldynformaasje formulier yntsjinne.
Ferstjoering: Droech-iis: samples moatte earst ynpakke wurde yn sekken en begroeven yn droech iis.
Workflow
Tsjinstwurkstream
Eksperimintûntwerp
Sample levering
DNA-ekstraksje
Biblioteek konstruksje
Sequencing
Gegevensanalyse
Tsjinsten foar neisoarch
Folsleine biopformatyske analyse, skieden, skieden yn 4 stappen:
1) Genome-enkête, basearre op K-Mer analyse mei NGS lêst:
Skatting fan Gunome-grutte
Skatting fan heterozygosity
Skatting fan repetitive regio's
2) Genome Assembly mei Pacbio Hifi:
De Novogearkomste
Assembly-beoardieling: ynklusyf buscoanalyse foar genoome folsleinens en yn kaart bringe werom fan ngs en pacbio hifi lies
3) Hi-C Assembly:
Hi-c Library QC: Skatting fan jildige Hi-C-ynteraksjes
Hi-C Assembly: Clustering fan Contiven yn groepen, folge troch oanhâldende bestelling yn elke groep en tawize Contig-oriïntaasje
Hi-c Evaluaasje
4) Genome annotaasje:
RNA-foarsizzing net-kodearring
Repetitive sekwinsjes identifikaasje (transposonen en tandem werhellet)
Gene-foarsizzing
§De Novo: AB initio algoritmen
§ basearre op homology
§ Op grûn fan transkripde, mei lange en koarte lêzen: lêst binneDe Novogearstald as yn kaart brocht oan it konsept Genome
§ Annotaasje fan foarsizzende genen mei meardere databases
1) Gisomyske enkête- K-mer analyze
2) Genome Assembly
2) Genome Assembly - Pacbio HiFi Lês mapping nei Draft-assemblage
2) Hi-C Assembly - Skatting fan Hi-C jildige ynteraksjeparren
3) Hi-C Post-Assembly Evaluaasje
4) Genome annotaasje - yntegraasje fan foarsizzende genen
4) Genome annotaasje - foarseine genen annotaasje
Ferkenne de AVEVENTS Faciliteare troch Bmkgene's de Novo Genome Assembly Tsjinsten fia in CURRATED COLLECT COLLECT FAN PECOLATIONS:
LI, C. et al. (2021) 'Genome-sekwinsjes iepenbiere globale ferdielingsrûtes en suggestearje konverginte genetyske oanpassingen yn' e kaorse evolúsje ', Natuer-kommunikaasje, 12 (1). Doi: 10.1038 / S41467-021-21379-x.
LI, Y. ET Al. (2023) 'Grut-skaalferoarings liede ta ôfwizen fan Genome-SCOME-útdrukking, Miljeu-oanpassing, en oanspraken yn' e Gayal (Bos Frontal) ', Molekulêre biology en evolúsje, 40 (1). Doi: 10.1093 / Molbev / MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Genome Assembly and genetyske disseksje fan in foaroansteande droechbestindich Maïse Germplasm', Natuer Genetics 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496-506. Doi: 10.1038 / S41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'OMBEIME OPOLUKSJE FAN KREPASE ALKALOID BIOSYNTEZE BIOSYNTEZE BIOSYNTEZEN FAN EINNE TWEE GENOMES IN DE SOLANACEAE FAMILY', NATION COMMUNICATIONS 2023 14: 1), PP. Doi: 10.1038 / S41467-023-37133-4.
Ut útdaagjende kaaiendúdzjes:
TALOME-TO-TALOMERE Gearkomst:Fu, A. et al. (2023) 'Taalome-to-Treomere Genome Assembly of Bitter Melon (Momordica Charantia L. VAN. Kk ôfkoarte, iepenbiere fruitûntwikkeling, komposysje en tariven foarearders, 10 (1). Doi: 10.1093 / HR / UHAC228.
Haplotype Assembly:Hu, W. et al. (2021) 'Allele-definieare genaom iepenbiere ballelyske differinsjaasje tidens cassava evolúsje', molekulêre plant, 14 (6), pp. 851-854. Doi: 10.1016 / J.MOLP.2021.04.009.
Giant Genome Assembly:Yuan, J. et al. (2022) 'genomyske basis fan' e Giga-chomosomen en Giga-genome fan beam Paeony Ostii ', Natuer-kommunikaasje 2022 13: 1, 13 (1), pp. 1-16. Doi: 10.1038 / S41467-022-35063-1.
Polyploid Genome Assembly:Zhang, Q. et al. (2022) 'genomyske ynsjoch yn' e resinte chromosome-fermindering fan Autopolyploide Saccharum SPontaneum ', Natuer Genetics 2022 54: 6, 54 (6), PP. 885-896. Doi: 10.1038 / S41588-022-01084-1.
