PacBio 2+3 Full-Length mRNA Solution
Features
● Untwerp fan stúdzje:
Gepoolde stekproef opfolge mei PacBio om transkriptisoformen te identifisearjen
Separate samples (replikaten en betingsten dy't wurde hifke) sequearre meiNGS om transkripsje-ekspresje te kwantifisearjen
● PacBio-sequencing yn CCS-modus, it generearjen fan HiFi-lêzen
● Sequencing fan de folsleine-lingte transkripsjes
● Analyse fereasket gjin referinsjegenoom; lykwols, it kin brûkt wurde
● Bioinformatyske analyze omfettet net allinich ekspresje op gen- en isofoarm-nivo, mar ek analyze fan lncRNA, gen-fúzjes, poly-adenylaasje en genstruktuer
Foardielen
● Hege Accuracy: HiFi lêst mei krektens> 99,9% (Q30), fergelykber mei NGS
● Alternative Splicing Analysis: sekwinsje fan alle transkripsjes makket isoformidentifikaasje en karakterisaasje mooglik.
● Kombinaasje fan PacBio en NGS Strengths: it ynskeakeljen fan kwantifikaasje fan ekspresje op it isoformnivo, ûntbleate feroaring dy't kin wurde maskere by it analysearjen fan 'e heule gene-ekspresje
● Wiidweidige Expertise: mei in spoarrekord fan it foltôgjen fan mear dan 1100 PacBio transkriptoomprojekten yn folsleine lingte en it ferwurkjen fan mear dan 2300 samples, bringt ús team in skat oan ûnderfining oan elk projekt.
● Post-Sales Support: ús ynset giet fierder as projektfoltôging mei in 3-moanne tsjinstperioade nei ferkeap. Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen, en Q&A-sesjes om alle fragen oan te pakken yn ferbân mei de resultaten.
Sample easken en levering
| Biblioteek | Sequencing strategy | Gegevens oanrikkemandearre | Kwaliteitskontrôle |
| PolyA ferrike mRNA CCS bibleteek | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A ferrike | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotiden
|
| Konk.(ng/μl) | Bedrach (μg) | Purity | Yntegriteit |
| Illumina Bibleteek | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | Foar planten: RIN≥4.0; Foar bisten: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beheind of gjin baseline hichte |
| PacBio bibleteek | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | Planten: RIN≥7.5 Dieren: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; beheind of gjin baseline hichte |
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Container: 2 ml centrifuge tube (Tin folie is net oan te rieden)
Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ferstjoering:
1. Droogiis:Samples moatte wurde ferpakt yn sekken en begroeven yn droech iis.
2. RNAstable buizen: RNA samples kinne wurde droege yn RNA stabilisaasje buis (bgl RNAstable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.
Omfettet de folgjende analyze:
Raw gegevens kwaliteit kontrôle
Alternative Polyadenylation Analysis (APA)
Fusion transkript analyze
Alternative Splicing Analysis
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analyze
Roman transkripsje-analyze: foarsizzing fan kodearringssekwinsjes (CDS) en funksjonele annotaasje
lncRNA-analyze: foarsizzing fan lncRNA en doelen
MicroSatelite Identification (SSR)
Differinsjaal útdrukte transkripsjes (DET's) analyze
Differinsjaal útdrukt genen (DEGs) analyze
Funksjonele annotaasje fan DEG's en DET's
BUSCO analyze
Alternative Splicing Analysis
Alternative Polyadenylation Analysis (APA)
Differinsjaal útdrukte genen (DEG's) en transkripsjes (DETs9 anlaysis
Protein-Protein ynteraksje netwurken fan DET's en DEG's
Ferkenne de foarútgong fasilitearre troch BMKGene's PacBio 2+3 mRNA-sekwinsje fan folsleine lingte fia in gearstalde samling publikaasjes.
Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamyske feroaringen yn ascorbinezuurynhâld by fruchtûntwikkeling en rypjen fan Actinidia latifolia (in ascorbate-rike fruitgewaaks) en de assosjearre molekulêre meganismen', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effektive foarsizzing fan biosyntetyske paadgenen belutsen by bioactive polyphyllins yn Parys polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinearre PacBio Iso-Seq en Illumina RNA-Seq-analyze fan' e Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome en Cytochrome P450-genen ', Ynsekten, 14(4), p. 363. doi: 10.3390 / INSECTS14040363 / S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'In enkête fan transkriptomkompleksiteit mei PacBio single-molecule real-time analyze kombineare mei Illumina RNA-sekwinsje foar in better begryp fan ricinoleic acid biosynteze yn Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
