Non-Reference basearre mRNA Sequencing-NGS
Features
● Capture fan poly mRNA foardat bibleteek tarieding
● Unôfhinklik fan elk referinsjegenoom: basearre op de novo gearstalling fan transkripsjes, it generearjen fan in list mei unigenen dy't wurde annotearre mei meardere databases (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Wiidweidige bioinformatyske analyze fan gene ekspresje en transkriptstruktuer
Service Foardielen
●Wiidweidige Expertise: mei in spoarrekord fan it ferwurkjen fan mear dan 600,000 samples by BMKGENE, oer ferskate stekproeftypen lykas selkultueren, weefsels en lichemsfloeistoffen, bringt ús team in skat oan ûnderfining oan elk projekt. Wy hawwe mei súkses mear dan 100.000 mRNA-Seq-projekten yn ferskate ûndersyksdomeinen sluten.
●Rigorous Quality Control: wy ymplementearje kearnkontrôlepunten yn alle stadia, fan sample- en biblioteektarieding oant sequencing en bioinformatika. Dizze sekuere tafersjoch soarget foar de levering fan konsekwint resultaten fan hege kwaliteit.
● Wiidweidige Annotaasje: wy brûke meardere databases om funksjoneel te annotearjen fan 'e Differential Expressed Genes (DEG's) en de oerienkommende ferrikingsanalyse út te fieren, en jouwe ynsjoch oer de sellulêre en molekulêre prosessen dy't de transkriptoom-antwurd ûnderlizze.
●Post-Sales Support: ús ynset giet fierder as projektfoltôging mei in 3-moanne tsjinstperioade nei ferkeap. Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen, en Q&A-sesjes om alle fragen oan te pakken yn ferbân mei de resultaten.
Sample easken en levering
| Biblioteek | Sequencing strategy | Gegevens oanrikkemandearre | Kwaliteitskontrôle |
| Poly A ferrike | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Sample easken:
Nukleotiden:
| Konk.(ng/μl) | Bedrach (μg) | Purity | Yntegriteit |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | Foar planten: RIN≥4.0; Foar bisten: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beheind of gjin baseline hichte |
● Planten:
Wortel, Stem of Petal: 450 mg
Blêd of sied: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Dier:
Hert of darm: 300 mg
Viscera of Brain: 240 mg
Spier: 450 mg
Bonen, hier of hûd: 1g
● Arthropoden:
ynsekten: 6g
Crustacea: 300 mg
● Folslein bloed:1 wyb
● Sellen: 106 sellen
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Container: 2 ml centrifuge tube (Tin folie wurdt net oanrikkemandearre)
Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ferstjoering:
1. Dry-ice: Samples moatte wurde ynpakt yn sekken en begroeven yn droech-iis.
2. RNAstable buizen: RNA samples kinne wurde droege yn RNA stabilisaasje buis (bgl RNAstable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Bioinformatika
Transkriptoom-assemblage en unige seleksje
Unigene annotaasje
Sample korrelaasje en beoardieling fan biologyske replikaten
Differinsjaal útdrukte genen (DEG's)
Funksjonele annotaasje fan DEG's
Funksjonele ferriking fan DEG's
Ferkenne de foarútgong fasilitearre troch BMKGene's eukaryote NGS mRNA-sekwinsjetsjinsten fia in gearstalde samling publikaasjes.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transkriptoom-assemblage en seks-biased gene-ekspresje yn' e gonaden fan Amoer-meerval (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603-2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transkriptoomanalyse fan sukrosemetabolisme by bulb-swelling en ûntwikkeling yn sipel (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (septimber), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo gearstalling, karakterisaasje en annotaasje foar it transkriptoom fan Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo transkriptoomanalyse jout ynsjoch yn' e sâlttolerânsje fan Podocarpus macrophyllus ûnder salinity stress ', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
