mRNA-seq (NGS) mei referinsjegenoom

mRNA-seq (NGS) mei referinsjegenoom

RNA-seq is in standert ark yn libbens- en gewaakswittenskippen, dy't de kleau tusken genomen en proteomen oerbrêgje. De krêft dêrfan leit yn it ûntdekken fan nije transkrippen en it kwantifisearjen fan har ekspresje yn ien assay. It wurdt in protte brûkt foar ferlykjende transkriptomyske stúdzjes, ljocht skine op genen dy't relatearre binne oan ferskate eigenskippen of fenotypen, lykas it fergelykje fan mutanten mei wylde soarten of it iepenbierjen fan gen-ekspresje ûnder spesifike omstannichheden. BMKCloud mRNA (Reference) APP yntegreart ekspresje-kwantifikaasje, differinsjaal-ekspresje-analyze (DEG), en sekwinsjestruktueranalyses yn 'e mRNA-seq (NGS) bioinformatika-pipeline en amalgamearret de sterke punten fan ferlykbere software, en soarget foar gemak en brûkerfreonlikens. Brûkers kinne har RNA-seq-gegevens uploade nei de wolk, wêr't de App in wiidweidige oplossing foar bioinformatyske analyse biedt mei ien stop. Derneist prioriteart it klantûnderfining, en biedt personaliseare operaasjes op maat fan 'e spesifike behoeften fan brûkers. Brûkers kinne parameters ynstelle en de pipeline-missy sels yntsjinje, it ynteraktive rapport kontrolearje, gegevens / diagrammen besjen en data mining folslein, lykas: doelgen-seleksje, funksjonele klustering, diagramming, ensfh.

Demo resultaten

Data mining

Ymport eask

Main analyze

Referinsje

Demo resultaten

Data mining

Ymport eask

Perron:Illumina, MGI
Strategy:RNA-Seq
Opmaak: Gepare, skjinne gegevens.
Bibleteek type:fr-ûnstrâne, fr-earste strân of fr-twadde strân
Lêze lingte:150 bp
Bestânstype:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz or *.fq.gz. It systeem silautomatysk koppele de .fastq-bestannen neffens har bestânsnammen,bygelyks *_1.fastq keppele mei *._2.fastq.
Oantal samples:D'r binne gjin beheiningen op it oantalfan samples, mar de analyze tiid sil tanimme as it oantalsamples groeit.
Oanrikkemandearre gegevensbedrach:6G per sample

Main analyze

De wichtichste analyse en bioinformatyske ark fan mRNA-seq (Referinsje)pipeline is as folget:

1. Rawdata Kwaliteitskontrôle:

• Fuortsmite fan sekwinsjes fan lege kwaliteit, adaptersekwinsjes,etc;

•Tools: eigen ûntwikkele pipeline;

2. Ofstimming fan gegevens nei in referinsjegenoom:

•Aliging lêzen mei in splice-bewust algoritme tsjin deferwizing genome.

•Tools:HISAT2, samtools

3. Biblioteekkwaliteitsanalyse:

• Ynfoegje lingte analyze, folchoarder sêding analyze, etc;

•Tools:samtools;

4. Sequence struktuer analyze:

• Alternatyf splitsingsanalyse, optimisaasje fan genstruktuer,nije gene foarsizzing, ensfh;

•Tools:StringTie, gff fergelykje, GATK,DIAMANT, InterProScan, enHMMER.

5. Differinsjaal ekspresje analyze:

•DEG screening, co-relaasje analyze, funksjoneelenrichment;

•Ferskate fisualisaasje resultaten;

•RmeiSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq

Referinsje

1. Kim, Daehwan et al. "Graph-basearre genome-ôfstimming engenotyping mei HISAT2 en HISAT-genotype.NatuerBiotechnology37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. "De Genome Analysis Toolkit: aMapReduce ramt foar analysearjen fan folgjende generaasje DNAfolchoarder fan gegevens."Genome ûndersyk209 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. "It Sequence Alignment / Map-formaat enSAMtools.”Bioinformatika25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela et al. "StringTie makket ferbettere mooglikrekonstruksje fan in transkriptoom fan RNA-seq-lêzingen."NatuerBiotechnology33 (2015): 290-295.

5. Leafde, Michael I. et al. "Moderearre skatting fan fold feroaring endispersion foar RNA-seq-gegevens mei DESeq2."GenomeBiology15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean R.. "Accelerated Profile HMM Searches."PLoS Computational Biology7 (2011): n. pag.

mRNA-seq (NGS) mei referinsjegenoom

mRNA-seq (NGS) mei referinsjegenoom

krije in offerte

Stjoer jo berjocht nei ús: