Genene Evolution
Pnas
De Evolutionary Origin and Domestication History of Goldfish (Carassius Auratus)
Pacbio | Illumina | Bionano Glenome-kaart | Hi-C Genome Assembly | Genetyske kaart | Gwas | Rna-seq
Hichtepunten
1.Kolfge Genome waard bywurke mei in hege kwaliteitsferzje, 95,75% fan Contigs ankert yn 50 Pseudochromosomen (Scaffold N50 = 31,84 MB). Twa subgenomen wiene disentangled.
2..Genomyske regio's fan selektyf sweeps by domestisaasje waarden identifisearre fan werdielingen fan 'e gegevens fan 201 yndividuen, unveiling oer 390 kandidaat genen dy't wierskynlik assosjeare binne mei dom yn' e binnenpersoanen.
3.W wid op dorsale fin yn domestisearre goudfisk iepenbiere 378 kandidaat genen dy't potensjeel assosjeare. In tyrosine-proteïne-famylje-ferslachjouwer waard identifisearre as in kandidaat kausale genysk assosjeare mei transparânsje
Eftergrûn
Goldfish (Carassius Auratus) is ien fan 'e wichtichste boere fisk, dy't domestisearre wiene fan Crucian-karper yn it âlde Sina. Se waarden kommentaar troch Charles Darwin as "foarbygean oer in hast ûneinich ferskaat fan kleur, wy moetsje mei de meast bûtengewoane modifikaasjes fan struktuer". Ekstreem ferskaat funksjes en lange skiednis fan domestisaasje en fokken meitsje goudfisk in poerbêst genetyske modelesysteem foar fisk fysiology en evolúsje.
Prestaasjes
Goldfish Genome
JOant Analyse fan Pacbio en Illompina Pair-Eind Sequencing-gegevens oplevert in initial 1.657 G Untwerp Assembly (Contig N50 = 474 KB). Bionano-optyske kaart waard generearre en korrizjeare de gearkomst yn 1.73 GB yn grutte (skatte genooch grutte: 1.8 GB). Hi-c Basearre gearkomste ferbettere fierder fierder fan 906 KB oant 31,84 MB en berikke 95,75% (1565 GB) rjochte en bestelde ferankering. It genumen omfettet 56.251 coding genen en 10,098 lang net-kodearende transkript. Boppedat waarden 38 potinsjele centromeryske regio's út 50 chromosomen foarsizze.
Fig.1 Gold Fish Genome
TWo dúdlike sets fan subgenomen waarden identifisearre yn 'e 50 goudfisk chromosomen dy't resultearre út in âlde hybridisearringsevenemint. De set chromosomen mei heger dielen ôfstimd tusken goudfisk en Barbinae waarden definieare as SUBGENOME A (CHRA2 ~ A25), en de oerbleaune, en de oerbleaune as Subgenome B (chrb01 ~ B25).
Domestisaasje en selektive sweeps
ATotaal 16 Wylde Type Crucian Carps en 185 represintative Goldfish farianten wiene mei in gemiddelde sequencing-djipte fan sawat 12,5x, generearje 4,3 terabases fan gegevens. Phylogenica Rekonstruksje en PCA-analyse befêstige in tichter relaasje tusken mienskiplike goudfisk en krúsyske karper dan oare goudfisk, dy't lêste ferdield yn twa lineegoed.
LD Decay analyse op boppe fjouwer subpopulaasjes stipe it bestean fan in befolking fan in befolkinggefeiligens tidens de domestisaasje en sterke keunstmjittige seleksje yn goudfisk. Fergrieme genetyske ferskaat (π) fan Crucian Carp foar Common Goldfish Fierder nei Wen Goldfish en aai Goldfish joech in wichtige accumulation fan genetyske fariaasjes yn har domestisaasje. 50 Selektive sweep genomyske regio's dy't 25.2 MB binne fan 25.2 MB waarden identifisearre út represintative gegevens (33 goudfisk en 16 crucian crap). Analyse útwreidzje nei 201-persoanen, 393 genen oanjûn regio's fan foltôge selektyf sweep. Dizze genen waarden fûn fan leech-ferskaat, dy't wierskynlik bydroegen wurde oan 'e fenotypen dy't assosjeare binne mei grutte domestisaasje-trekken yn goudfisk.
Fig.3 Genome-brede domestication-assosjeare analyse
Gwas op domestisearre goudfisk
DOrsal Fin is in wichtige funksje ûnderskiedt Wen goudfisk fan aai goldfish. Gwas fan Dorsal FIN op 96 WEN Goldfish en 87 Ei Goudish iepenbiere 378 kandidaat Genes ferspraat oer 13 chromosomen en in uneven ferdieling fan dizze genen tusken subgenomen waard waarnommen. Tapasbere analyse op dizze kandidaat Genes markearre biologysk prosessen, ynklusyf "selfortsignor sinjaal", "Transmembrane ferfier", "Skeletal systeemûntwikkeling", ensfh.
Fig.4 GWA's fan dorsale fin op domestisearre goudfisk
IN GWA's fan transparante skaal-relatearre trekken, ien sterke ferieningpak waard ûntdutsen. In gene kodearjen fan in tyrosine-proteïne kinestor waard identifisearre yn ien fan kandidaatregio's.
Fig.5 gwas fan transparante skaal-relatearre trekken
Referinsje
Chen d et al. De evolúsjonêre oarsprong en domestisaasjehistorie fan goudfisk (Carassius Auratus). Pnas (2020)
Nijs Doel om de lêste suksesfolle saken te dielen mei Biomarker-technologyen, capture, rêdingsromte wittenskiplike prestaasjes en ek foaroansteande techniken tapast yn 'e stúdzje.
Posttiid: Jan-04-2022