Genomule Evolution, PangeMome
Wat is Pan-Genome?
Akkumulearre bewizen litte sjen dat fariânsje tusken ferskate straffen fan in soarte enoarm kinne wêze. Ien single genoom is fier fan genôch om de heule ôfbylding te winnen fan genetyske ynformaasje fan ien soarte. It doel fan Pan-Genome-stúdzje is om in mear útwreide grafyk te krijen fan in soarten tusken trekken en genetyske codes troch Genome de Novo Assembly of Doneper and Breider MINING fan 'e fariaasjes te lieden.
Trends fan pan-genome stúdzje
Figuer 1 de trends fan publisearre ûndersykspapieren fan Pan-Genome.
OPMERKING: De figuer toant it resultaat fan it nimmen fan 'Pan-Genome "as it kaai wurd om te sykjen om de titels fan artikels te sykjen dy't publisearre yn' e natuer, sel en wittenskiplike tydskriften
in. Lês fan meardere samples binne ôfstimd oan in referinsje en net-oanstutsen wurde yn 'e romiszjes gearstald. Troch dizze roman oan te foegjen oan 'e orizjinele referinsjeginsje fan' e orizjinele referinsje kin in pangenome-referinsje konstruearre wurde. Gewoane regio's wurde bepaald op basis fan it yn kaart bringen fan alle lêzen werom nei it Pangeome.
b. De Novo Gearkomst fan 'e genomen fan meardere aksessions kinne folsleine genaom-ôfstimming oankomt om dispensbere genomyske regio's te identifisearjen.
c. In pan-genome grafyk kin wurde oanlein út heule genaom-advokaten as troch de novo-grafyk, dy't effisjinste ynformaasje winkels fan dispensbere regio's as unike paden troch de grafyk.
Hoe kinne jo in Pan-Genome konstruearje?
Figuer 2 fergeliking fan Pan-genome oanpak1
in. Lês fan meardere samples binne ôfstimd oan in referinsje en net-oanstutsen wurde yn 'e romiszjes gearstald. Troch dizze roman oan te foegjen oan 'e orizjinele referinsjeginsje fan' e orizjinele referinsje kin in pangenome-referinsje konstruearre wurde. Gewoane regio's wurde bepaald op basis fan it yn kaart bringen fan alle lêzen werom nei it Pangeome.
b. De Novo Gearkomst fan 'e genomen fan meardere aksessions kinne folsleine genaom-ôfstimming oankomt om dispensbere genomyske regio's te identifisearjen.
c. In pan-genome grafyk kin wurde oanlein út heule genaom-advokaten as troch de novo-grafyk, dy't effisjinste ynformaasje winkels fan dispensbere regio's as unike paden troch de grafyk.
Koartlyn publisearre Pan-Genomes
● ferkrêfting pan-genomes2
● Tomaat Pan-Genomes 3
● rys pan -genome4
● Sunflower Pan-Genome5
● Soybean Pan-Genome 6
● rys pan-genome7
● barre pan-genome8
● tarwe pan-genome9
● Sorghum Pan-Genome10
● Phytoplankton Pan-Genome11
Referinsje
1. Bayer PE, Golicz Aa, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant Pan-Genomes binne de nije referinsje. Nat Planten. 2020; 6 (8): 914-920. DOI: 10.1038 / S41477-020-0733-0
2 Song JM, Guan Z, Hu J, et al. Acht genomen fan hege kwaliteit iepenbiere Pan-genome Arsjitektuer en Ecotype-differinsjaasje fan brassica Napus. Nat Planten. 2020; 6 (1): 34-45. Doi: 10.1038 / S41477-019-0577-7
3. GAO L, GONDA I, SUN H, ET AL. De tomaat Pan-Genome ûntdekt nije genen en in seldsume allele regelje fruit smaak. Nat genet. 2019; 51 (6): 1044-1051. Doi: 10.1038 / S41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, LU H, et al. Pan-genome analyse markeart de omfang fan genomyske fariaasje yn kultiveare en wylde rys [publisearre korreksje ferskynt yn nat genet. 2018 Aug; 50 (8): 1196]. Nat genet. 2018; 50 (2): 278-284. Doi: 10.1038 / S41588-018-0041-Z
5. HüBNER S, Bercovich N, TODECO M, ET AL. Sinneblom Pan-Genome-analyse lit sjen dat hybridisaasje feroare gene ynhâld en sykte ferset. Nat Planten. 2019; 5 (1): 54-62. DOI: 10.1038 / S41477-018-0329-0
6. Liu y, du h, li p, et al. Pan-genome fan wylde en kultiveare sojabonen. Sel. 2020; 182 (1): 162-176.e13. doi: 10.1016 / J.CEL.2020.05.023
7 Qin P, Lu H, du H, et al. Pan-genome Analyse fan 33 Genetysk ferskaat rysynskynstân iepenbiere ferburgen genomyske fariaasjes [publisearre online foarút fanôf ôfdruk, 2021 25 maaie]. Sel. 2021; S0092-8674 (21) 00581-x. Doi: 10.1016 / J.Cell.2021.04.046
8 Jayakodi M, PadMarasu S, Haberer G, et al. It germandel fan it gerdomanlang iepenbiere de ferburgen erfenis fan mutaasjebloeding. Natuer. 2020; 588 (7837): 284-289. Doi: 10.1038 / S41586-020-2947-8
9. WalkWiag S, GAO L, MONAT C, ET AL. Meardere tarwe genomes iepenbiere wrâldwide fariaasje yn moderne fokken. Natuer. 2020; 588 (7837): 277-283. Doi: 10.1038 / S41586-020-961-X
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al. Wiidweidige fariaasje binnen it pan-genome fan kultivearre en wylde sorghum [publisearre online foarút fan ôfdruk, 2021 maaie 20]. Nat Planten. 2021; 10.1038 / S41477-021-00925-x. Doi: 10.1038 / S41477-021-00925-x
11. Fan x, qiu h, han w, et al. Phytoplankton Pangene iepenbiere wiidweidige prokaryotyske horizontale horontale gen oerdracht fan ferskate funksjes. Sci adv. 2020; 6 (18): EABA0111. Publisearre 2020 april 29 april. DOI: 10.1126 / SCIADV.ABA0111
Posttiid: Jan-04-2022