T2T Genome Assembly, Gap Fergees Genome
1stTwa rysgenomes1
Titel: Gearkomst en falidaasje fan twa GAP-frije referinsje Genomes foar Xian / Indica Reis ûntbleatet ynsjoch yn plant centromere arsjitektuer
Doi:https://doei.org/10.1101/2020.12.24.424073
Pleatst tiid: 01 jannewaris 2021.
Ynstitút: Huazhong Agricultural University, Sina
Materialen
O. Sativa Xian / IndicaReis fariëteiten 'Zhenshan 97 (ZS97)' en 'Minghui 63 (MH63)
SEQUCING STRATEGY
NGS Reads + Hifi Reads + CLR Reads + Bionano + Hi-c
Data:
ZS97: 8.34 GB (~ 23x) HIFI LEADS + 48.39 GB (~ 131x) CLR LEADS + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano IRYS CELLS
MH63: 37.88 GB (~ 103x) Hifi Reads + 48.97 GB (~ 132x) Clr Reads + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano irys sellen
Figuer 1 Twa Gap-fergese genomes fan rys (MH63 en ZS97)
2ndBanana Glenome2
Titel: Tikke-to-Treomere GAPLESS CHROMOSOMES FAN BANANA BINNE NANOPORE SEQUCING
Doi:https://doei.org/10.1101/2021.04.16.440017
Pleatst tiid: 17 april 2021.
Ynstitút: Université Paris-Saclay, Frankryk
Materialen
Dûbele haploidMusa AcuminataSPPMalaccensis(DH-Pahang)
SEQUENCING STREATY EN GATA:
Hiseq2500 Pe250 Mode + Minion / Prometion (93GB, ~ 200x) + Optyske kaart (DLE-1 + BSPQ1)
Tabel 1-fergeliking fan Musa Acuminata (DH-Pahang) Genome Assemblies
Figuer 2 Musa genomes Arsjitektuer fergeliking
3rdPhaeodactylum Tricornutum Genome3
Titel: Tilome-to-Treomere genome gearkomste fanP
Haeodactylum Tricornutum
Doi:https://doei.org/10.1101/2021.05.04.442596
Pleatst tiid: 04 maaie 2021
Ynstitút: Westerske Universiteit, Kanada
Materialen
Phaeodactylum tricornutum(Kultuersammeling fan algen en protozoa ccap 1055/1)
SEQUENCING STREATY EN GATA:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 PAPE-EIN MID-OUSPUT NIENSEQ 550 RUN
Figuer 3 workflow foar Telome-to-Treomere Genome Assembly
4thHuman CHM13 Genome4
Titel: de folsleine sekwinsje fan in minsklik genoom
Doi:https://doei.org/10.1101/2021.05.26.26.445798
Pleatst tiid: 27 maaie 2021
Ynstitút: Nasjonale ynstituten fan sûnens (Nih), Feriene Steaten
Materiaal: Cell LINE CHM13
SEQUENCING STREATY EN GATA:
30 × Pacbio Circular Consensus Sequencing (Hifi), 120 × Oxford Nanopore Ultra-lange lêzen, 100 ×), 70 × (Arima Genomics Hi-C (Hi-C), Bionano Optical-kaarten, en strân-seq
Tabel 2 fergeliking fan Grch38 en T2T-CHM13 Human Genome Assemblies
Referinsje
1.Sente nurk et al. De folsleine sekwinsje fan in minsklik genoom. biorxiv 2021.05.26.445798; Doi:https://doei.org/10.1101/2021.05.26.26.445798
2. Bipser IT Al. TALOME-TO-TALOMERE GAPLESS CHROMOSOMES FAN BANANA BINNE NANOPORE SEQUCING. biorxiv 2021.04.16.440017; Doi:https://doei.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.daniel J. Giguere et al. TALOME-TO-TALOMER GENOME FERSEE FAN PHEODACTYLUM TRIZOORTUM. biorxiv 2021.05.04.442596; Doi:https://doei.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Ji-Ming-ferske et al. Gearkomste en falidaasje fan twa GAP-frije referinsjegefein Genomes foar Xian / Indica Reis ûntbleatet ynsjoch yn plant centromere arsjitektuer. biorxiv 2020.12.24.424073; Doi:https://doei.org/10.1101/2020.12.24.424073
Posttiid: jan-06-2022