Heule gesichte resequening
Genomici-monitoring fan SARS-COV-2 ûntdekt in NSP1-ferwidering-fariant dat Modulateart Type I Interferon Reaksje
Nanopore | Illumina | Whole Genome-resequencing | Metagenomics | RNA-seq | Sanger
Biomarker Technologies levere technyske stipe oer sample Serquencing yn dizze stúdzje.
Hichtepunten
1.SARS-COV-2 Genome Sequencing en Phylynetyske analyse identifisearje 35 weromkommende mutaasjes ynklusyf 31 SNPS en 4-wykein.
2.Sassociation mei 117 klinyske fenotypen iepenbiere potensjeel
WICHTICH MUTATIONS.
Δ500-532 yn NSP1 Coding-regio korreleart mei legere viral
3.Load en serum IFN-β.
4..Viral isolaten mei δ500-532 mutaasje ferachting leger as ik
antwurd yn 'e ynfekteare sellen.
Eksperimintele ûntwerp
Prestaasjes
1. Covid-19 epidemiologyske en genomyske tafersjoch
Klinyske gegevens waarden sammele yn Sichu-Provinsje, Sina oer de útbraakperioade fan 22 jan. 20 20, 2020. Yn totaal 538 koezjes waarden befêstige troch QPCR-gefallen yn Sichuan, 28,8% fan dat út 'e Provinsje haadstêd. Befêstige gefallen yn Sichuan ferhege eksponentieel, peaking op 30 jan. Ek, gegevens stipe dat sosjale distânsje in kaai-faktor kin wêze yn it foarkommen fan firus ferspraat.
Figuer 1. Epidemiologyske stúdzje fan Covid-19 yn Sichuan Province, Sina
2. SARS-COV-2 GENOME BONUCTION EN FORIANTEN IDENTIKASJE
Mei MultiLex PCR-amping folge troch Nanopore Sawating, yn totaal fan 310 yn totaal 310 of in dielige nearomen út 248 pasjinten waarden generearre mei sawat. 80% fan genomes behannele troch 10 reads (gemiddelde djipte: 0,39 m Lêst per stekproef).
Figuer 2. Frekwinsje fan elke farianten yn 'e Sichuan Cohort
In totaal fan 104 SNPS en 18-wykein waarden identifisearre út SARS-COV-2 Genomes, wêryn 31-inden en 4-wykein waarden identifisearre as weromkommende genêzanten. Troch se te ferlykjen mei 169 samples fan Wuhan en mei 81.391 Publikse publet-sekwinsjes yn Gisaid, 29 fan 'e 35 farianten fûnen yn oare kontininten. Noty, fjouwer farianten ynklusyf δ500-532, AJ181037 en T13243c, waarden allinich te presintearjen yn Sichuan en Was oanjout dat dizze farianten tige wierskynlik wurde ôfdrukt fan Wuhan, dy't de reisregisters fan pasjinten.
Evolúsjonêre analyse mei maksimale kâns op 'e maaien (ML) Metoade en Bayesiaanske molekulêre klokferkakken waard ferwurke op 88 nije firus SFROM Sichuan en 250 Curated Genomes fan oare regio's. Genomes mei δ500-532 (ferwidering yn NSP1-kodearring regio) waarden it ferspraat bedroch bedrogen yn 'e phyloenenyske beam. Haplotype-analyse op NSP1-farianten identifisearre 5 fan har fan meardere stêden. Dizze resultaten suggereare dat it δ500-532 yn meardere stêden barde en kin meardere kearen ymporteare wurde fan Wuhan.
Figuer 2. Weromkommende genetyske farianten en phylogenyske analyze yn 'e SARS-COV-2 Genomes
3. Feriening fan weromkommende genetyske farianten mei klinyske ymplikaasjes
117 Clinical PhenotySes waarden assosjeare mei Covid-19 Severity, wêr 19 Severity-relatearre fenotypes waarden klassifisearre yn swier en net-slimme trekken. Relaasje tusken dizze trekken en 35 weromkommende genetyske farianten waarden viualisearre yn bi-kluster heatmap. In GSEA-lykas-rang-analysis werjûn dat δ500-532 negatyf korrelearde is korreleare mei ESR, Serum IFN-β AndCd3 + CD8 + T-sel telt yn it bloed. Boppedat werjûn QPCR-testen dat pasjinten dy't besmet hawwe mei Virus Harboring δ500-532 hie de heechste CT-wearde, dat is leechste virale lading.
Figuer 3. Feriening fan 35 weromkommende genetyske farianten mei klinyske fenotypes
4. Validaasje op virale mutaasje assosjeare klinyske fenotypes
Om de ynfloed te begripen fan δ500-532 op NSP1-funksjes waarden Hek239t-sellen oerbrocht mei plasmids dy't folsleine lingte útdrukke, WT NSP1 en mutante foarmen mei ferwideringen. Transkripteprofilen fan elk behannele Hek239t-sellen waarden ferwurke foar PCA-analyse, dy't sjen litte dat wiskjen mutants relatyf tichterby klustere en signifikant ferskille fan WT NSP1. De genen dy't signifikant waarden opkommende yn 'e mutanten waarden fral ferryksen yn "peptide biosynte / metableuren", ensfh. ", Ensfh. Skeakelje twa wiskundigen in ûnderskiedenpatroon út WT.
Figuer 4. Transkripkele analyse op Hek239T-sellen dy't transfekteare troch WT NSP1 en dat mei ferwideringen
De ynfloed fan ferwideringen oer IFN-1-reaksje waard ek testen yn overxpresseare stúdzje. Alle testen wiskundige waarden toand om IFN-1 repsonse te ferminderjen yn Transferected Hek239t en A549-sellen op sawol transkripmoom en proteïnivo. Ynteressant waarden de signifikant down-regele genen yn 'e wiskundige yn' e "ferdigenje op firus", "Vir Aleome replikaasje", "Oardering fan transkripsje troch Rna Polymerase II" en "reaksje op Type I Interferon".
Figuer 5. Omleech regeljouwing fan ynterferon-sinjaalpaden yn δ500-532 mutant
Yn dizze stúdzje waarden de ynfloed fan dizze ferwideringen op firus fierder befêstige troch stúdzjes fan Virale ynfeksje. Firussen mei bepaalde mutanten waarden isoleare fan klinyske samples en ynfekteare nei calu-3-sellen. Detaillearre resultaten oer stúdzje fan virale ynfeksje kin wurde lêzen yn it papier.
Doi:10.1016 / j.Com.2021.01.015
Referinsje
LIN J, Tang C, Wei H, et al. Genomyske monitoaring fan SARS-COV-2 ûntdekt in NSP1-ferwidering fariant dy't it moduleartype dat ik interferon reaksje [J]. CHEL HOST & MICOB 2021.
Nijs en hichtepunten Doel om de lêste suksesfolle saken te dielen mei Biomarker-technologyen, capture, rêdingsromte wittenskiplike prestaasjes en ek foaroansteande techniken tapast yn 'e stúdzje.
Posttiid: jan-06-2022