Nanopore Transkriptoom fan folsleine lingte

Nanopore transkriptoom-sekwinsje is in krêftige metoade foar it foljen fan cDNA's fan folsleine lingte, sekuer identifisearjen en kwantifisearjen fan transkriptisoformen. De BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline is ûntworpen om RNA-Seq-gegevens generearre op it Nanopore-platfoarm te analysearjen tsjin in heechweardich goed annotearre referinsjegenoom, en leveret kwalitative en kwantitative analyse op sawol it gen- as transkriptnivo. Nei kwaliteitskontrôle wurde folsleine net-chimeryske (FLNC) sekwinsjes krigen en konsensussekwinsjes wurde yn kaart brocht oan it referinsjegenoom om oerstallige transkrippen te ferwiderjen. Ut dizze transkripsje set wurdt ekspresje kwantifisearre en differinsjaal útdrukte genen en transkripsjes wurde identifisearre en funksjoneel annotearre. De pipeline omfettet ek alternative polyadenylaasje (APA) analyse, alternative splicing-analyze, ienfâldige sekwinsje-repetysje (SSR) analyse, foarsizzing fan lncRNA en oerienkommende doelen, foarsizzing fan kodearingssekwinsjes (CDS), genfamyljeanalyse, transkripsjefaktoranalyse, foarsizzing fan nije genen en funksjonele annotaasje fan transkripsjes.