mRNA-seq (NGS) - De novo

mRNA-sekwinsje makket profilearjen fan alle mRNA-transkrippen yn sellen mooglik ûnder spesifike omstannichheden en is in breed brûkte technology yn ferskate ûndersyksgebieten. De BMKCloud De novo mRNA-seq-pipeline is ûntworpen om poly-A-ferrike sequencing-biblioteken te analysearjen as gjin referinsjegenoom beskikber is. De pipeline begjint mei kwaliteitskontrôle, folge trochde nijtranskript gearstalling en unige set seleksje. De unige struktueranalyse foarseit kodearringsekwinsje (CDS) en ienfâldige sekwinsjerepetysjes (SSR). Ferfolgens fynt de differinsjaal ekspresje-analyse differinsjaal útdrukte genen (DEG's) ûnder de hifke betingsten, folge troch funksjonele annotaasje en ferriking fan DEG's om biologyske ynsjoggen te ekstrahearjen.