Hi-c Basearre genochele gearkomste
Hi-c is in metoade ûntworpen om chromosome-konfiguraasje fan te fangen troch ynteraksjes op 'e proximiteit te kombinearjen-basearre ynteraksjes en heechstekpersoanen. De yntinsiteit fan dizze ynteraksjes wurdt leaud negatyf korreleare te wêzen mei fysike ôfstân op chromosomen. Dêrom wurdt hi-C-gegevens brûkt om it kluster te lieden, bestelle en oriïntearje fan gearstalde sekwinsjes yn in konsept-genoom en ferankering fan dyjingen op in bepaald oantal chromosomes. Dizze technology omfettet in chromosome-nivo genoomsnivo yn 'e ôfwêzigens fan in befolking-basearre genetyske kaart. Elk genich genoom hat in hi-c nedich.
Tsjinstfunksjes
● Sequencing op Illumina Novaseq mei Pe150.
● Tsjinst fereasket tissue-samplen, ynstee fan ekstrakt keargen, om te krúsjen, nei krús-keppeling mei formaldehyd en behâld fan 'e ynteraksjes fan DNA-Proteinen.
● It Hi-C-eksperimint giet mei beheining en einreparaasje fan 'e sticky einiget mei biotin, folge troch sirkularis fan' e resultearjende blasse-einiget by it behâlden fan 'e ynteraksjes. De DNA wurdt doe oplutsen mei streptavidin kralen en suvere foarôfgeande foarôfgeande bibleteek tarieding.
Tsjinstbewusteens
Oersjoch fan Hi-c
(Lieberman-Aids E et al.,Wittenskip, 2009)
●Elimineerde de needsaak foar genetyske befolkinggegevens:Hi-c ferfangt de essensjele ynformaasje nedich foar oan- foar Contig-ferankering.
●Hege markerdensiteit:liedend ta in hege contig-ferbrâne ferhâlding boppe 90%.
●Wiidweidige saakkundigens en publikaasje Records:Bmkgene hat grutte ûnderfining mei mear dan 2000 gefallen fan hi-c genome montage fan 1000 ferskillende soarten en ferskate patinten. Mear dan 200 publisearre gefallen hawwe in akkumulative ynfloed faktor fan mear dan 2000.
●Hiel feardigens bioinformatika-team:Mei yn-hûs patinten en software auteursrjochtingen foar hi-c eksperiminten en gegevensanalyse, ynskeakelje de softualisaasjedatualisearjende gegevenssoftware hânletter te bewegen, omkeare, omkeard, en opnij dwaande.
●Support foar post-ferkeap:Us tawijing wreidet út bûten de foltôging fan projekt mei in 3-moanne nei-Sale Service Perioade. Yn dizze tiid biede wy Project Follow-Up, Troubleshooting by it oplossen fan assistinsje, en Q & A-sesjes om te adressearjen relatearre yn ferbân mei de resultaten.
●Wiidweidige annotaasje: Wy brûke meardere databases om de genen te annotearjen mei identifisearre fariaasjes en de korrespondearjende ferrykensanalyse út te fieren, ynsjoch te jaan oer meardere ûndersyksprojekten.
Tsjinstspesifikaasjes
| Tarieding fan biblioteek | SEQUCING STRATEGY | Oanbefellende gegevens útfier | Kwaliteitskontrôle |
| Hi-C Library | Illumina novaseq pe150 | 100x | Q30 ≥ ≥ 85% |
Foarbyldfeediening
| Weefsel | Fereaske bedrach |
| Dier viscera | ≥ 2 g |
| Dierspier | |
| Sûchdier bloed | ≥ 2 ml |
| Poultry / Fish Blood | |
| Plant- farske blêd | ≥ 3 g |
| Kultureszellen | ≥ 1x107 |
| Ynsekt | ≥ 2 g |
Tsjinstwurkstream
Eksperimintûntwerp
Sample levering
Biblioteek konstruksje
Sequencing
Gegevensanalyse
Tsjinsten foar neisoarch
1) RAW gegevens QC
2) Hi-c Library QC: Skatting fan jildige Hi-C-ynteraksjes
3) Hi-C Assembly: Clustering fan Contiven yn groepen, folge troch kontinaasje binnen elke groep en tawize Contig-oriïntaasje
4) Hi-c Evaluaasje
Hi-C Libleteek QC - Skatting fan Hi-C jildige ynteraksjeparren
Hi-C Assembly - statistyk
Post-assemblage evaluaasje - heatmap fan sinjaalintensiteit tusken Bins
Ferkenne de avideminten fasiliteare troch de Hi-C-assemblage-tsjinsten fan Bmkgene's Hi-C-assemblage fia in skearders fan publikaasjes.
Tian, T. et al. (2023) 'Genome Assembly and genetyske disseksje fan in foaroansteande droechbestindich Maïse Germplasm', Natuer Genetics 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496-506. Doi: 10.1038 / S41588-023-01297-y.
Wang, Zl et al. (2020) 'In chromosoom-skaalfergoeding fan' e Aziatyske huningee APIS CERANA GENOME ', FRIENDERS IN Genetics, 11, P. 524140. DOI: 10.3389 / FGENE.2020.002779 / Bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) 'OMBEIME OPOLUKSJE FAN KREPASE ALKALOID BIOSYNTEZE BIOSYNTEZE BIOSYNTEZEN FAN EINNE TWEE GENOMES IN DE SOLANACEAE FAMILY', NATION COMMUNICATIONS 2023 14: 1), PP. Doi: 10.1038 / S41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomes fan' e Banyan-beam en Pollinator-WASP jouwe ynsjoch yn Fig-Wasp Covevolution ', Cell, 183 (4), PP. 875-889.e17. Doi: 10.1016 / J.Cell.2020.09.043
