Hi-c basearre chromatin-ynteraksje
Tsjinstfunksjes
● Sequencing op Illumina Novaseq mei Pe150.
● Tsjinst fereasket tissue-samplen, ynstee fan ekstrakt keargen, om te krúsjen, nei krús-keppeling mei formaldehyd en behâld fan 'e ynteraksjes fan DNA-Proteinen.
● It Hi-C-eksperimint giet mei beheining en einreparaasje fan 'e sticky einiget mei biotin, folge troch sirkularis fan' e resultearjende blasse-einiget by it behâlden fan 'e ynteraksjes. De DNA wurdt doe oplutsen mei streptavidin kralen en suvere foarôfgeande foarôfgeande bibleteek tarieding.
Tsjinstbewusteens
●Optimale beheining enzymûntwerp: Om in hege Hi-C-effisjinsje te garandearjen op ferskate soarten mei maksimaal 93% jildige ynteraksjeparren.
●Wiidweidige saakkundigens en publikaasje Records:Bmkgene hat grutte ûnderfining mei> 2000 hi-c sequencing projekten fan 800 ferskillende soarten en ferskate patinten. Mear dan 100 publisearre gefallen mei in akkumulative ynfloed faktor fan mear dan 900.
●HOOD-FALLED BioINFormatics Team:Mei yn 'e patinten en software auteursrjochten foar Hi-C Experiminten en gegevensanalyse en in sels-ûntwikkele fisualisaasje-gegevens software.
●Support foar post-ferkeap:Us tawijing wreidet út bûten de foltôging fan projekt mei in 3-moanne nei-Sale Service Perioade. Yn dizze tiid biede wy Project Follow-Up, Troubleshooting by it oplossen fan assistinsje, en Q & A-sesjes om te adressearjen relatearre yn ferbân mei de resultaten.
●Wiidweidige annotaasje: Wy brûke meardere databases om de genen te annotearjen mei identifisearre fariaasjes en de korrespondearjende ferrykensanalyse út te fieren, ynsjoch te jaan oer meardere ûndersyksprojekten.
Tsjinstspesifikaasjes
| Biblioteek | SEQUCING STRATEGY | Oanbefellende gegevens útfier | Hi-c sinjaalresolúsje |
| Hi-C Library | Illumina pe150 | Chromatin Loop: 150x TAD: 50x | Chromatin Loop: 10kb Tad: 40kb |
SERVICE-fereaske
| Foarbyldtype | Fereaske bedrach |
| Dierweefsel | ≥2g |
| Hiele bloed | ≥ frelike |
| Fungi | ≥1g |
| Plant- jonge tissue | 1G / aliquot, 2-4 Aliquotes oanrikkemandearre |
| Kultureszellen | ≥1x107 |
Omfettet de folgjende analyse:
● Rau gegevens QC;
● Mapping en Hi-C Library QC: Jildige ynteraksjespearen en ynteraksje-ferfalsponinten (ides);
● Genome-brede ynteraksje profiling: CIS / Trans Analyse en Hi-C-ynteraksjekaart;
● Analyse fan A / B-kompartimenferdieling;
● Identifikaasje fan Tads en Chromatin-loops;
● Differentlike analyse op 3D chromatinstruktuer eleminten ûnder samples en korrespondearjende funksjonele annotaasje fan byhearrende genen.
Cis en transferdielingsferdieling
HeatMap fan chromosomale ynteraksjes tusken samples
Genomom-wide ferdieling fan A / B-kompartiminten
Genome-Wide ferdieling fan chromatin loops
Fisualisaasje fan tads
Ferkenne de Faciliteare foar ûndersyksvinne troch de Hi-C-ferfoljende tsjinsten fan Bmkgene's Hi-C-sequencing fia in skearders fan publikaasjes.
Meng, T. et al. (2021) 'In ferlykjende yntegreare multi-omics-analyse identifiseart CA2 as in romanbelesting foar Chordoma',Neuro-onkology, 23 (10), pp. 1709-1722. Doi: 10.1093 / Neuonc / noab156.
Xu, L. et al. (2021) '3D desorganisaasje en oardering fan genomaaske leverje ynsjoch yn pathogenese fan Nafld troch Nafld troch yntegreare Hi-c, Nanopore en RNA-sequencing',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), pp. 3150-3164. Doi: 10.1016 / J.APSB.2021.03.022.
