Genome-wide Association Analysis
Workflow
Service Foardielen
●Wiidweidige saakkundigens en publikaasje records: mei opboude ûnderfining yn GWAS hat BMKGene hûnderten soarten projekten foltôge yn populaasje GWAS-ûndersyk, ûndersikers bystien om mear dan 100 artikels te publisearjen, en de kumulative ynfloedfaktor berikte 500.
● Wiidweidige bioinformatika analyze: workflow omfettet analyse fan SNP-eigenskipferiening, it leverjen fan in set fan kandidaatgenen en har oerienkommende funksjonele annotaasje.
●Heech betûft bioinformatika-team en koarte analysesyklus: mei grutte ûnderfining yn avansearre genomika-analyse, leveret it team fan BMKGene wiidweidige analyzes mei in rappe omlooptiid.
●Stipe nei ferkeap:Us ynset giet fierder as projektfoltôging mei in 3-moanne tsjinstperioade nei ferkeap. Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen, en Q&A-sesjes om alle fragen oan te pakken yn ferbân mei de resultaten.
Service spesifikaasjes en easken
| Soart sequencing | Oanrikkemandearre befolking skaal | Sequencing strategy | Nukleotide easken |
| Folsleine Genome Sequencing | 200 samples | 10x | Konsintraasje: ≥ 1 ng/ µL Totaal bedrach ≥ 30ng Beheind as gjin degradaasje of fersmoarging |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Tagdjipte: 10x Oantal tags: <400 Mb: WGS wurdt oanrikkemandearre < 1Gb: 100K tags 1 gb > 2Gb: 300K tags Maksimum 500k tags | Konsintraasje ≥ 5 ng/µL Totaal bedrach ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose gel: gjin of beheinde degradaasje of fersmoarging
|
Materiaal Seleksje
Ferskillende fariëteiten, ûndersoarten, lânrassen / genbanken / mingde famyljes / wylde boarnen
Ferskillende soarten, ûndersoarten, lânrassen
Half-sib famylje / folsleine-sib famylje / wylde boarnen
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Omfettet de folgjende analyze:
- Genome-wide assosjaasje analyze: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM model
- Funksjonele annotaasje fan kandidaatgenen
SNP-trait assosjaasje analyze - Manhattan plot
SNP-trait assosjaasje analyze - QQ plot
Ferkenne de foarútgong fasilitearre troch BMKGene's de GWAS-tsjinsten fia in gearstalde samling publikaasjes:
Lv, L. et al. (2023) 'Ynsjoch yn 'e genetyske basis fan ammoniaktolerânsje yn scheermesskel Sinonovacula constricta troch genome-wide assosjaasjestúdzje',Aquaculture, 569, s. 739351. doi: 10.1016 / J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Multi-omics-analyzes fan 398 foxtail-gierst-oankomsten litte genomyske regio's sjen dy't ferbûn binne mei domestikaasje, metabolite-kenmerken, en anty-inflammatoire effekten',Molekulêre plant, 15(8), s. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genome-Wide Association Mapping of Hulless Barely Phenotypes in Drought Environment',Frontiers in Plant Science, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, dy't in sulfotransferase kodearret, jout ferset tsjin sojamozaïekvirusstammen G2 en G3',Plant, Sel & Miljeu, 44(8), s. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
