De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE biedt alsidige oplossingen foar fungal genomes, catering oan ferskate ûndersyk behoeften en winske genome folsleinens. It brûken fan koarte-lêzen Illumina-sekwinsje allinich lit de generaasje fan in konseptgenoom mooglik meitsje. Koarte lêzen en langlêzen sequencing mei Nanopore of Pacbio wurde kombinearre foar in mear ferfine skimmelgenoom mei langere contigs. Boppedat fersterket it yntegrearjen fan Hi-C-sekwinsje de mooglikheden fierder, wêrtroch it berikken fan in folslein genoom op chromosoomnivo mooglik is.
Service Features
Mei trije mooglike opsjes om út te kiezen ôfhinklik fan de winske graad fan genome folsleinens:
● Untwerp Genome Option: Koarte lêzen sequencen mei Illumina NovaSeq PE150.
● Opsje foar fungal fine genome:
Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.
Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi-lêzen) of Nanopore PromethION 48.
● Fungalgenoom op chromosoomnivo:
Genome Survey: Illumina NovaSeq PE150.
Genome Assembly: PacBio Revio (HiFi-lêzen) of Nanopore PromethION 48.
Contig ferankering mei Hi-C montage.
Service Foardielen
●Meardere sequencing strategyen beskikber: Foar ferskate ûndersyksdoelen en easken fan genome folsleinens
●Folsleine wurkflow foar bioinformatika:Dit omfettet genome-assemblage en de foarsizzing fan meardere genomyske eleminten, funksjonele genannotaasje, en contig-ankering.
●Wiidweidige Expertise: Mei mear as 12,000 mikrobiele genomen gearstald, bringe wy mear as in desennium oan ûnderfining, in heul betûft analyseteam, wiidweidige ynhâld, en poerbêste post-ferkeapstipe.
●Stipe nei ferkeap:Us ynset giet fierder as projektfoltôging mei in 3-moanne tsjinstperioade nei ferkeap. Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen, en Q&A-sesjes om alle fragen oan te pakken yn ferbân mei de resultaten.
Service Spesifikaasjes
| Tsjinst | Sequencing Strategy | Kwaliteitskontrôle |
| Untwerp Genome | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Fine genome | Genome survey: Illumina PE150 50 x Gearstalling: PacBio HiFi 30x of Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT Unicellular) contig N50 ≥500kb (Oaren) |
| Genoom op chromosoomnivo | Genome survey: Illumina PE150 50 x Gearstalling: PacBio HiFi 30x of Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x | Contig ankerferhâlding>90%
|
Service Requirments
| Konsintraasje (ng/µL) | Totaal bedrach (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Unicellular fungus: ≥3.5x1010 sellen
Makro-fungus: ≥10 g
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Omfettet de folgjende analyze:
Genome Survey:
- Sequencing gegevens kwaliteit kontrôle
- Genome skatting: grutte, heterozygosity, repetitive eleminten
Fine Genome Assembly:
- Sequencing Data Quality Control
- De novoGearkomste
- Genome Component Analysis: Foarsizzing fan CDS en meardere genomyske eleminten
- Funksjonele annotaasje mei meardere algemiene databases (GO, KEGG, ensfh.) En avansearre databases (CARD, VFDB, ensfh.)
Hi-C Assembly:
- Hi-C Library Assessment.
- Contigs ferankerjen klustering, oarderjen en oriïntearjen
- Evaluaasje fan HI-C Assembly: Basearre op referinsjegenoom en waarmtekaart
Genome survey: k-mer distribúsje
Genome-assemblage: gene homologous annotation (NR-database)
Genome assembly: functional gene annotation (GO)
Ferkenne de foarútgong fasilitearre troch BMKGene syn skimmelgenoom assembly tsjinsten fia in gearstalde kolleksje fan publikaasjes.
Hao, J. et al. (2023) 'Yntegrearre omyske profilearring fan 'e medisinale paddestoel Inonotus obliquus ûnder ûnderdompele omstannichheden',BMC Genomics, 24(1), s. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genome-sekwinsje ûntbleatet de evolúsje en patogene meganismen fan' e tarwe skerpe eyespot-pathogen Rhizoctonia cerealis ',It Crop Journal, 11(2), s. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genomeboarnen foar fjouwer Clarireedia-soarten dy't dollarspot op ferskate turfgrasses feroarsaakje',Plante sykte, 107(3), s. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetyske en molekulêre bewiis fan in tetrapolêr paringssysteem yn 'e Edible Mushroom Grifola frondosa',Journal of Fungi, 9(10), s. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
