Folsleine lingte Mrna Sequencing-Nanopore
Funksjes
● Fange fan poly-in mrna folge troch cdna-synthese en library tarieding
● SEQUENCING FAN DE FERGESJOCHT FAN DE FOLLE LIPTEN
● Bioynformatyske analyse op basis fan ôfstimming oan in referinsje Genome
● Bioynforatyske analyse omfettet net allinich útdrukking by Gene en Isoform-nivo, mar ek analyse fan LNCRNA, Gene fusions, poly-adenylaasje en gene struktuer
Tsjinstbewusteens
●Kwantifikaasje fan útdrukking by it isoform nivo: Detaillearre en krekte útdrukking analyse ynskeakelje, ûnverige feroaring dy't kinne wurde masked by it analysearjen fan 'e heule gen-ekspresje
●Redusearre gegevens easken:Yn ferliking mei folgjende generaasje ferfolchjen (NGS), sequeneart Nanopore-easken fan legere gegevens, wêrtroch lykweardige nivo's fan saturaasje fan Gene-útdrukking sêding hawwe mei lytsere gegevens.
●Hegere krektens fan útdrukking kwantifikaasje: sawol op Gene en Isoform Level
●Identifikaasje fan ekstra transkriptyske ynformaasje: Alternative polyadenylaasje, fusion genen en lcnrna en har doel gena's
●Wiidweidige ekspertize: Us team bringt in rykdom oan ûnderfining oan elk projekt, nei it ynfoljen fan 850 nanopore-transkripde projekten en ferwurke oer 8.000 samples.
●Support foar post-ferkeap: Us tawijing wreidet útwreidet bûten it foltôgjen fan projekt mei in tsjinstperioade fan 3 moannen. Yn dizze tiid biede wy Project Follow-Up, Troubleshooting by it oplossen fan assistinsje, en Q & A-sesjes om te adressearjen relatearre yn ferbân mei de resultaten.
Sample-easken en levering
| Biblioteek | SEQUCING STRATEGY | Gegevens oanrikkemandearre | Kwaliteitskontrôle |
| Poly in ferryke | Illumina pe150 | 6/12 GB | Gemiddelde kwaliteitsscore: Q10 |
Foarbyldkeasken:
Nucleotiko's:
| CONC. (NG / μL) | Bedrach (μg) | Suverens | Yntegriteit |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | Od260 / 280 = 1,7-2.5 Od260 / 230 = 0.5-2.5 Beheind as gjin proteïne as DNA-fersmoarging werjûn op gel. | Foar planten: rin24.0; Foar bisten: rin7.5; 5.0≥260 / 18s 60.0; beheind as gjin innelderige hichte |
● planten:
Woartel, stam as petalje: 450 mg
Blêd as sied: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Dier:
Hert as in darm: 300 mg
Viscera as harsens: 240 mg
Spier: 450 mg
Bonken, hier as hûd: 1g
● arthropods:
Ynsekten: 6G
Crustacea: 300 mg
● heule bloed: 1 buis
● Sellen: 106 sellen
Oanbefellende foarbyld levering
Container: 2 ml centrifuge buis (tin folie is net oan te rieden)
Sample etiketten: Groep + replika, bygelyks A1, A2, A3; B1, b2, b3.
Ferstjoering:
1. Droech-iis: samples moatte ynpakt wurde yn sekken en begroeven yn droech iis.
2. Rnastable buizen: RNA-samples kinne wurde droege yn RNA-stabilisaasjebuis (bgl. Rnastable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.
Tsjinstwurkstream
Nucleotiko's:
Sample levering
Biblioteek konstruksje
Sequencing
Gegevensanalyse
Tsjinsten foar neisoarch
Tsjinstwurkstream
Weefsel:
Eksperimintûntwerp
Sample levering
RNA-ekstraksje
Biblioteek konstruksje
Sequencing
Gegevensanalyse
Tsjinsten foar neisoarch
● Rau gegevensferwurking
● Tsjinst-identifikaasje
● Alternative splicing
● Utdrukking kwantifikaasje yn GenEnivo en Isoform Level
● Differinsjale ekspresje analyse
● Funksje annotaasje en ferriking (degs en dets)
Alternative splicing analyse
Alternatyf Polyadenylaasje-analyse (APA)
LNCRNA-foarsizzing
Annotaasje fan roman Genes
Klustering fan dets
Protein-Protein Networks yn Degs
Ferkenne de avideminten Faciliteare troch de Nanopore fan Bmkgene fan Bmkgene Folsleine Lengte Mrna Sequencing Tsjinsten fia in skriklike samling fan publikaasjes.
Gong, B. et al. (2023) 'Epenetic en Transcription-aktivearring fan' e sekreto's kines FAM20C as oncoge as in oncogene yn glioma ', tydskrift of genetika en genomics, 50 (6), pp. 422-433. Doi: 10.1016 / J.JGG.2023.01.008.
Hy, Z. et al. (2023) 'Skeakelje fan folsleine lingte fan Lymfocyten op IFN-γ iepenbiere in TH1-Ske-immuun-antwurd yn flounder (paraale olivaceus)', Fish & Shellish immunology, 134, p. 108636. DOI: 10.1016 / J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Fergeliking Analyse fan Pacbio en ONT RNA SEQUCING METODEN FOAR NEMOPILEMO NOMURAI VEM IDENTIFIKASJE', genomika, 115 (6), s. 110709. DOI: 10.1016 / J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-SEQ-analyse ûntbleatet ferskate funksjonele oanstriid tusken exosomen en mikrovesicles ôflaat fan Humssc', Stam Cell-ûndersyk en terapy, 14 (1). 1-13. DOI: 10.1186 / S13287-023-03491-5 / TABLES / 6.
