Eukaryotyske mRNA-analyze (Referinsje basearre en de novo opsjes beskikber)
Dizze pipeline brûkt NGS RNA-Seq-gegevens as ynfier en produseart resultaten fan meardere downstream-analyzes ynklusyf, mar net beheind ta: beoardieling fan sequencing fan gegevenskwaliteit,de nijtranskripsje site annotaasje, fariabele splicing analyze, differinsjaaloperator ekspresje analyze, funksje annotaasje en ferriking analyze.
Lange net-kodearjende RNA-analyze
Lange net-kodearjende RNA's (lncRNA) binne net-kodearjende transkrippen mei lingten langer dan 200 nt en bekend om rollen te spyljen yn chromatineorganisaasje en -regeling. Sequencingtechnologyen mei hege trochput en bioinformatika hawwe ús ferstân fan lncRNA-sekwinsjes en posisjonearringynformaasje bemachtige om lncRNA's te identifisearjen mei krúsjale regeljouwingsfunksjes. Dizze pipeline leveret lncRNA-analyse neist analyses neamd yn 'e eukaryotyske mRNA-analysepipeline.
16S / 18S / ITS amplicon sequencing
De Amplicon Sequencing pipeline foar analyse fan mikrobiële ferskaat waard ûntwikkele op basis fan jierrenlange ûnderfining yn projektanalyse fan mikrobiële ferskaat. De pipeline befettet standerdisearre basisanalyse, dy't de mainstream-analyze-ynhâld beslacht fan aktueel mikrobieel ûndersyk en personaliseare analyze. It analyserapport is ryk en wiidweidich, mei de opsje om ferskate persoanlike analyses út te fieren. Derneist kinne samples en groepen op 'e flecht wurde wizige foar ekstra oanpassing en kontrôle.
Shotgun Metagenomics Analyse
De Pipline Shotgun Metagenomic Analysis brûkt NGS-gegevens fan mingde genomyske materialen ekstrakt út miljeumonsters. Ynbegrepen analyzes jouwe detaillearre ynformaasje oer soarten ferskaat en oerfloed, populaasjestruktuer, fylogenetyske relaasje, funksjonele genen, en korrelaasjenetwurken mei omjouwingsfaktoaren.
NGS-WGS Fariantanalyse
De NGS-WGS Variant Analysis is in yntegreare fariantdeteksjepipeline dy't gegevenskwaliteitskontrôle, folchoarderôfstimming, annotaasje en genmutaasjeanalyse útfiert. De pipeline folget GATK bêste praktiken foar SNP- en InDel-deteksje en brûkt Manta foar strukturele fariantoprop.
Genome Wide Association Study (GWAS)
De GWAS-pipeline is in streamôfwerts analyse dy't earder oanmakke VCF-bestannen en oerienkommende fenotypegegevens foar in kohort fan yndividuen as ynput nimt. Mei help fan spesifike statistyske metodologyen is GWAS as doel om genoombrede nukleotidefariaasjes te ûntdekken korrelearre mei fenotypyske ferskillen. It spilet in krúsjale rol by it ferkennen fan funksjonele genen ferbûn mei komplekse minsklike sykten en yngewikkelde eigenskippen yn planten en bisten.
Bulk Segregation Analysis (BSA)
BSA-analyze omfettet it sammeljen fan yndividuen mei ekstreme fenotypyske eigenskippen fan in segregearjende befolking. Troch it fergelykjen fan differinsjaal lokaasjes tusken de gearstalde samples identifisearret dizze oanpak rap nau keppele molekulêre markers ferbûn mei doelgenen. In soad brûkt yn genetyske yn kaart bringen fan planten en bisten, it is in weardefol ark foar marker-assistearre fokkerij.
Evolúsjonêre genetyske analyze
De workflow fan evolúsjonêre genetika-analyze brûkt de wiidweidige ûnderfining fan BMKGENE yn projekten foar genetyske evolúsje en omfettet fylogenetyske beambou, analyse fan keppelingsûnlykwicht, beoardieling fan genetyske ferskaat, selektive sweepidentifikaasje, sibskipanalyse, analyse fan haadkomponinten, en karakterisaasje fan populaasjestruktuer.
