Evolutionary Genetics
Tsjinstbewusteens
Takagi et al.,De plantjoernaal, 2013
●Wiidweidige Bioynforatyske analyse:wêrtroch de skatting fan genetyske ferskaat ynskeakelje, dy't it evolúsjonele potensjele fan soarte reflekteart, en betroubere phylogenetyske relaasje tusken soarten iepenet mei minimalisearre ynfloed fan konvergint evolúsje en parallelle evolúsje
●Opsjonele oanpaste analyse: lykas de skatting fan ôfwiking tiid en snelheid basearre op fariaasjes by nucleotide en aminosoeren nivo.
●Wiidweidige ekspertize en publikaasje records: Bmkgene hat massale ûnderfining sammele yn befolking en evolúsjonele genetyske tûzen soarten, ens en bydroegen en bydroegen oan mear dan 1000 mei opdracht, molekulêre planten, plant biotechnology Journal, ensfh.
● Heech Falled BioinFormatics Team en syklus fan koarte analyse: Mei grutte ûnderfining yn Advanced Genomics-analyse leveret Bmkgene's Team wiidweidige analyses leveret mei in rappe omslach.
● Support foar post-ferkeap:Us tawijing wreidet út bûten de foltôging fan projekt mei in 3-moanne nei-Sale Service Perioade. Yn dizze tiid biede wy Project Follow-Up, Troubleshooting by it oplossen fan assistinsje, en Q & A-sesjes om te adressearjen relatearre yn ferbân mei de resultaten.
Tsjinstspesifikaasjes en easken
| Soart ferfolging | Oanbefellende befolkingskaal | SEQUCING STRATEGY | Nucleotide-easken |
| Heule gesichte ferfolching | ≥ 30 persoanen, mei ≥ 10 persoanen út elke subgroep
| 10x | Konsintraasje: ≥ 1 ng / μl Totaal bedrach 30ng Beheind as gjin degradaasje as fersmoarging |
| SPESIFIEP-LOCUS UMPLIED FRAGMENT (SLAF) | Tag djipte: 10x Oantal tags: <400 MB: wgs wurdt oanrikkemandearre <1GB: 100k Tags 1GB > 2GB: 300k tags Maks 500k tags | Konsintraasje ≥ 5 ng / μl Totaal bedrach ≥ 80 ng Nanodrop od260 / 280 = 1,6-2.5 Agarose Gel: Gjin of beheinde degradaasje as fersmoarging
|
Tsjinstwurkstream
Eksperimintûntwerp
Sample levering
Biblioteek konstruksje
Sequencing
Gegevensanalyse
Tsjinsten foar neisoarch
Tsjinst omfettet analyse fan befolkingstruktuer (phylogense beam, PCA, befolkingstratifikaasjekaart), befolkingferdieling, en befolking Disequilibrium, selektive sweep-seleksje fan foardielich siden). De tsjinst kin ek oanpaste oanpaste analyse omfette (bgl. Dividgence Time, Gene Flow).
*Demo-resultaten werjûn hjir binne allegear út genomes publisearre mei Bmkgene
1.evolân-analyse befettet konstruksje fan phylogenyske beam, befolkingstruktuer en pca basearre op genetyske fariaasjes.
Phylogenetyske beam fertsjintwurdiget staxonomyske en evolúsjonêre relaasjes ûnder soarten mei mienskiplike foarâlder.
PCA is fan doel om tichtby te visualisearjen tusken subbefolkingen.
Befolkingstruktuer lit de oanwêzigens sjen fan genetysk ûnderskate subbefolking yn termen fan allele frekwinsjes.
Chen, et. al.,Pnas, 2020
2.Selektive sweep
Selektive sweep ferwiist nei in proses wêrtroch in foardielige side is selektearre en frekwinsjes fan keppele neutrale siden wurde ferhege en dy fan ûnbeheinde siden binne fermindere, resultearre yn fermindering fan regionaal.
Genome-breed-deteksje op selektive sweep-regio's wurde ferwurke troch berekkenjen fan befolking genetyske yndeks (π, fst, tajima's d) fan alle SNPS (100 KB) op bepaalde stap (10 Kb).
Nucleotide Diversity (π)
Tajima's D
Fixaasje-yndeks (FST)
Wu, Et. al.,Molekulêre plant, 2018
3.gene Flow
Wu, Et. al.,Molekulêre plant, 2018
4.demografyske skiednis
Zhang, Et. al.,Natuer Ecology & Evolution, 2021
5.Dive tiid
Zhang, Et. al.,Natuer Ecology & Evolution, 2021
Ferkenne de AVEVENTS-fasiliteare troch de Evolúsjonêre Tsjinsten fan Bmkgene troch in CURRATE COLLECT fan publikaasjes:
Hassanyar, AK et Al. (2023) 'Discovery of SNP Molekularmarkers en kandidaat Genes assosjeare mei SacBrorou-firusresistinsje yn Apis Cerana Cerana Larana troch heule renome-resequencing',Ynternasjonaal tydskrift fan Molekulêre Wittenskippen, 24 (7). Doi: 10.3390 / IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Discovery of a Wild, Genetically Pure Sineeske Giant Salamander skept nije Conservation Kânsen',Zoölogysk ûndersyk, 2022, Vol. 43, Utjefte 3, siden: 469-480, 43 (3), PP. 469-480. Doi: 10.24272 / j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Phylogeografyske patroan en befolking Evolution History of Indigentuze Elymus Sibiricus L. Op Qinghai-Tibetan Plateau',Frontiers yn Plant Science, 13, p. 882601. DOI: 10.3389 / FPLS.2022.882601 / bibtex.
Wang, J. et al. (2022) 'Genomyske ynsjoch yn Longaanske evolúsje út in chromosoom-nivo genumige gearkomste en befolke genomaasjekens fan longaanske aksions',Tearlikens Undersyk, 9. DOI: 10.1093 / HR / UHAC021.
