Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
Features
● Capture fan poly mRNA foarôfgeand oan biblioteek tarieding
● Opsjonele rjochting mRNA bibleteek tarieding foar it mooglik meitsjen fan strân-spesifike sequencing gegevens
● Bioinformatyske analyze fan gene ekspresje en transkriptstruktuer
Foardielen
●Wiidweidige Expertise: Us team hat mear dan 600,000-monsters ferwurke by BMKgene, oer ferskate stekproeftypen lykas selkultueren, weefsels en lichemsfloeistoffen. Wy bringe in skat oan ûnderfining nei elk projekt en hawwe mei súkses foltôge mear dan 100,000 mRNA-Seq-projekten yn ferskate ûndersyksdomeinen.
●Rigorous Quality Control: Wy ymplementearje kearnkontrôlepunten yn alle stadia, fan sample- en biblioteektarieding oant sequencing en bioinformatika. Dizze sekuere tafersjoch soarget foar de levering fan konsekwint resultaten fan hege kwaliteit, en garandearret jo dat jo projekt yn betroubere hannen is.
●Wiidweidige annotaasje: Wy brûke meardere databases om funksjoneel te annotearjen fan de Differentially Expressed Genes (DEG's) en korrespondearjende ferrikingsanalyzes út te fieren. Dizze wiidweidige oanpak leveret ynsjoch yn 'e sellulêre en molekulêre prosessen dy't de transkriptoom-antwurd ûnderlizze, en soarget derfoar dat jo folslein ynformeare binne oer de resultaten fan jo projekt.
●Post-Sales Support: Us ynset giet fierder as projektfoltôging mei in 3-moanne tsjinstperioade nei ferkeap. Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen, en Q&A-sesjes om alle fragen oan te pakken yn ferbân mei de resultaten.
Sample easken en levering
| Biblioteek | Sequencing strategy | Gegevens oanrikkemandearre | Kwaliteitskontrôle |
| Poly A ferrike | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Sample easken:
Nukleotiden:
| Konk.(ng/μl) | Bedrach (μg) | Purity | Yntegriteit | |
| Standert Bibleteek | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | Foar planten: RIN≥4.0; Foar bisten: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beheind of gjin baseline hichte |
| Directional Library | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | Foar planten: RIN≥4.0; Foar bisten: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beheind of gjin baseline hichte |
● Planten:
Wortel, Stem of Petal: 450 mg
Blêd of sied: 300 mg
Fruit: 1,2 g
●Bist:
Hert of darm: 300 mg
Viscera of Brain: 240 mg
Spier: 450 mg
Bonen, hier of hûd: 1g
● Arthropoden:
ynsekten: 6g
Crustacea: 300 mg
● Folslein bloed:1 wyb
● Sellen: 106 sellen
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Container: 2 ml centrifuge tube (Tin folie wurdt net oanrikkemandearre)
Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3; B1, B2, B3......
Ferstjoering:
1. Dry-ice: Samples moatte wurde ynpakt yn sekken en begroeven yn droech-iis.
2. RNAs tafel buizen: RNA samples kinne wurde droege yn RNA stabilisaasje tube (bgl RNAstable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Bioinformatika
Eukaryotyk mRNA sequencing analyze workflow
Bioinformatika
ØRaw gegevens kwaliteit kontrôle
ØReferinsje genome alignment
ØTranskripsjestruktuer analyze
ØEkspresje kwantifikaasje
ØDifferinsjaal ekspresje analyze
ØFunksje annotaasje en ferriking
Reference Genome Alignment
Data Saturation
Sample korrelaasje en beoardieling fan biologyske replikaten
Differinsjaal útdrukte genen (DEG's)
Funksjonele annotaasje fan DEG's
Funksjonele ferriking fan DEG's
Ferkenne de foarútgong fasilitearre troch BMKGene's eukaryote NGS mRNA-sekwinsjetsjinsten fia in gearstalde samling publikaasjes.
Huang, L. et al. (2023) 'Triclosan en triclocarban ferswakje de olfaktoryske kapasiteit fan goudfisk troch it beheinen fan geurerkenning, fersteuring fan olfaktoryske sinjaaltransduksje, en fersteurende olfaktoryske ynformaasjeferwurking', Water Research, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus kapt minsklike p11 om fungal-befette fagosomen te redirect nei net-degradative paad', Cell Host & Microbe, 31(3), s. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP-transkripsjefaktoren belutsen by Shootûntwikkeling fan Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, p. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'De Chrysanthemum lavandulifolium genome en it molekulêre meganisme ûnderlizzende ferskate capitulum types', Horticulture Research, 9. doi: 10.1093 / HR / UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'In kaskade nanoreactor foar it ferbetterjen fan sonodynamyske terapy op kolorektale kanker fia synergistyske ROS-fergrutting en autofagy-blokkade', Nano Today, 49, p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
