Illumina pre-makke biblioteken
Features
●Platfoarms:Illumina NovaSeq 6000 en NovaSeq X Plus
●Sequence modes:PE150 en PE250
●Kwaliteitskontrôle fan biblioteken foardat sequencing
●Folgjende gegevens QC en levering:levering fan QC-rapport en rûge gegevens yn fastq-formaat nei demultiplexing en filterjen fan Q30-lêzen
Service Foardielen
●Veelzijdigheid fan sequencing tsjinsten:de klant kin kieze om te foltôgjen troch baan, flow sel, of troch hoemannichte gegevens nedich (diele lane sequencing).
●Wiidweidige ûnderfining op Illumina sequencing platfoarm:mei tûzenen sletten projekten mei ferskate soarten.
●Levering fan folchoarder QC rapport:mei kwaliteitsmetriken, gegevenskrektens en algemiene prestaasjes fan it sequencing-projekt.
●Mature sequencing proses:mei koarte omlooptiid.
●Rigorous Quality Control: wy implementearje strange QC-easken om de levering fan konsekwint heechweardige resultaten te garandearjen.
Sample Platforms
| Perron | Flow Cell | Sequencing modus | Ienheid | Skatte útfier |
| NovaSeq X | 10B (8 banen) | PE150 | Single Lane Partial Lane | 375 Gb / Lane |
| 25B (8 banen) | PE150 | Single Lane Partial Lane | 1000 Gb/baan | |
| NovaSeq 6000 | SP Flow-sel (2 banen) | PE250 | Flow Cell Single Lane Partial Lane | 325-400 M reads / Lane |
| S4 Flow sel (4 banen) | PE150 | Flow Cell Single Lane Partial Lane | ~800 Gb / Lane |
Sample Requirements
| Gegevensbedrach (X) | Konsintraasje (qPCR/nM) | Folume | |
| Partial Lane Sequencing
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Lane Sequencing | Per Lane | ≥ 1,5 nM / Biblioteekpool | ≥ 25 μl / Biblioteekpool |
Neist konsintraasje en totale bedrach is ek in gaadlik pykpatroan nedich.
Opmerking: Lane-sekwinsje fan biblioteken mei leech ferskaat fereasket PhiX-spike-in om robúste basisoprop te garandearjen.
Wy riede oan om pre-poolde bibleteken as foarbylden yn te tsjinjen. As jo BMKGENE nedich hawwe om biblioteekpooling út te fieren, ferwize dan nei
de biblioteek easken foar in part lane sequencing.
Biblioteekgrutte (Pykkaart)
De wichtichste peak moat binnen 300-450 bp wêze.
Biblioteken moatte ien haadpiek hawwe, gjin adapterfersmoarging en gjin primerdimers.
Nim asjebleaft kontakt mei ús op as jo samples net foldogge oan de easken foar útgongsmateriaal.
Service Workflow
Bibleteek kwaliteit kontrôle
Sequencing
Gegevens kwaliteit kontrôle
Projekt levering
Biblioteek QC rapport
In rapport oer de kwaliteit fan 'e bibleteek wurdt levere foardat sequencing, beoardieling fan biblioteekbedrach en fragmintaasje.
Sequencing QC rapport
Tabel 1. Statistiken op sekwinsje gegevens.
| Sample ID | BMKID | Raw lêst | Raw Data (bp) | Skjin lêzen (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22.870.120 | 6.861.036.000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
| C_02 | BMK_02 | 14.717.867 | 4.415.360.100 | 96,00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
figuer 1. Kwaliteit ferdieling lâns lêzen yn eltse stekproef
figuer 2. Basis ynhâld distribúsje
figuer 3. Ferdieling fan lêzen ynhâld yn sequencing gegevens
