Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud Ynlogge

Produkten

DNA / RNA Sequencing -Pacbio Sequencer

Pacbio Sequencing Platform is in lange lêzen op lange lêzen op lange lêzen, dy't ek wol bekend is as ien fan 'e tredde-generaasje Sequencing (TGS) Technologies. De Core-technology, single-molekule real-time (smrt), empowers de generaasje fan lêzen mei tsientallen kilo-basis yn 'e lingte. Op basis fan "Sequencing-by-synthese" wurdt single nukleuride resolúsje berikt troch nul-modus wachgeguide (ZMW), wêr't allinich beheind folume oan 'e ûnderkant (side fan molekule synteze), wurdt ferljochte. Derneist foarkomt SMRT-sequeny-spesifike befolking yn NGS-systeem yn NGS-systeem, yn dat de measte fan PCR-amplifikaasje stappen net fereaske binne yn biblioteek bouwproses.

PLATFORM: Sequel II, Revio

Kontakt mei ús opnimme

Tsjinstskeilen

Demo-resultaten

Funksjes

Twa sequencing-modi op Pacbio Sequencer: trochgeande lange lêzen (CLR) en Circular Consensus lêzen (CCS)

SEQUCING MODE

Biblioteekgrutte

Teoretyske gegevensOpbringst (per sel)

IenbasisKrektens

Oanfregaasjes

CLR

20 kb, 30kb, ensfh.

80 GB oant 130 GB

Sawat 85%

De Novo, SV Calling, ensfh.

CCS

15-20 kb

14 oant 40 GB / sel (Sequel II)

70 oant 110 GB / Cell (REVIO)

Hinget ôf fan 'e samples

Sawat 99%

De Novo, SNP / INDEL / SV CALLING, ISO-SEQ,

Ferliking fan 'e prestaasjes en funksjes fan REVIO EN SEQUEL II

Betingsten	Sequel II System	Revio-systeem	Ferheging
Hegere tichtheid	8 miljoen ZMWS	25 miljoen zmws	3x
Unôfhinklike stadia	1	4	4x
Koarter run kearen	30 oeren	24 oeren	1,25x
30x hifi minsklike genomes / jier	88	1.300	15x Oer it algemien

Tsjinstbewusteens

● Mear dan 8 jier ûnderfining op Pacbio Sequencing Platfoarm mei tûzenen sletten projekten mei ferskate soarten.

● Folslein útrist mei de lêste Pacbio Sequencing Platplatformten, REVIO om foldwaande perquinsje te garandearjen.

● Fasters turn-Around Time, Hegere gegevens opleverje en krekteregegevens.

● Bydroegen yn hûnderten fan hege ynfloed fan hege ympuls-basearre publikaasjes.

Foarbyldfeediening

Foarbyldtype

Tal

Konsintraasje (Qubbit®)

Folume

Suverens

Oaren

Genomyske DNA

Ofhinklik fan gegevenseasken

≥50 ng / μl

≥15μl

Od260 / 280 = 1,7-2.2;
Od260 / 230 = 1,8-2.5;
Clear Peak op 260 NM,Gjin kontaminaasjes

Konsintraasje moat wurde mjitten troch qubit en Qubit / Nanopore = 0,8-2,5

Totaal RNA

≥1.2μg

≥120 ng / μl

≥15μl

Od260 / 280 = 1,7-2.5;
Od260 / 230 = 0.5-2.5;Gjin kontaminaasjes

Rin wearde ≥7.5

5 PROWS /S / 18s1

Tsjinstwurkflow

Sample tarieding

Biblioteek konstruksje

Sequencing

Gegevensanalyse

Projekt levering

Foarige: OEM Makker Mron Akecing Service - Long Non-Coding Sequencing-Imlammina - biomarker

Folgjende: Illumina pre-makke biblioteken

1. Ynskriuwe foar hûskema

Gegevens genereare út 63 CCS-sellen (fan 26 soarten)

DATA-Pacbio-CCS-15 KB	Trochsneed	Maks	Min	Mediaan
Opbringst - Subreads (GB)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS (GB)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polymerase n50	145.651	175.430	118,118	144.689
SUBREADS NE50	17/6,509	23.924	12.485	17.584
CCS N50	14.490	19,034	9.876	14.747
Gemiddelde lingte-polymerase	67.995	89,379	49.664	66,433
Gemiddelde lingte-subreads	15.866	21,036	11,657	16.012
Gemiddelde lingte-ccs	14.489	19,074	8.575	14.655

Gegevens genereare fan 16 CLR-sellen (fan 76 soarten)

Data-pacbio-clr-30kb	Trochsneed	Maks	Min	Mediaan
Opbringst - Subreads (GB)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polymerase n50	39.456	121,191	15,389	35,231
SUBREADS NE50	28,490	41.012	14.430	29,063
Gemiddelde lingte-polymerase	22,063	48.886	8.747	21.555
Gemiddelde lingte-subreads	17.720	27,225	8.293	17.779

2.Data QC - DemoStatistiken oer gegevensopjefte

Foarbyld	CCS LEADS NUM	Totaal CCS Bases (BP)	CCS lêst N50 (BP)	CCS gemiddelde lingte (BP)	CCS LANGEST LEAD (BP)	Subreads Bases (BP)	CCS-rate (%)
PB_BMKXXXX	3.444.159	54.164.122,586	15.728	15.726	36,110	863.326.330.465	6.27