Folsleine lingte mRNA sequencing -PacBio
Features
● cDNA synteze út poly-A mRNA folge troch biblioteek tarieding
● Sequencing yn CCS-modus, it generearjen fan HiFi-lêzen
● Sequencing fan de folsleine-lingte transkripsjes
● De analyze fereasket gjin referinsjegenoom; lykwols, it kin brûkt wurde
● Bioinformatyske analyze makket analyze fan transkripsjes isoform lncRNA, genfusjes, polyadenylaasje en genstruktuer mooglik
Service Foardielen
●Hege krektens: HiFi lêst mei krektens> 99,9% (Q30), fergelykber mei NGS
● Alternative Splicing Analysis: folchoarder fan de folsleine transkripsjes makket isoform identifikaasje en karakterisaasje mooglik
●Wiidweidige Expertise: mei in spoarrekord fan it foltôgjen fan mear dan 1100 PacBio transkriptoomprojekten yn folsleine lingte en it ferwurkjen fan mear dan 2300 samples, bringt ús team in skat oan ûnderfining oan elk projekt.
●Post-Sales Support: ús ynset giet fierder as projektfoltôging mei in 3-moanne tsjinstperioade nei ferkeap. Yn dizze tiid biede wy projektopfolging, help by it oplossen fan problemen, en Q&A-sesjes om alle fragen oan te pakken yn ferbân mei de resultaten.
Sample easken en levering
| Biblioteek | Sequencing strategy | Gegevens oanrikkemandearre | Kwaliteitskontrôle |
| PolyA ferrike mRNA CCS bibleteek | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Sample easken:
Nukleotiden:
● Planten:
Wortel, Stem of Petal: 450 mg
Blêd of sied: 300 mg
Fruit: 1,2 g
● Dier:
Hert of darm: 300 mg
Viscera of Brain: 240 mg
Spier: 450 mg
Bonen, hier of hûd: 1g
● Arthropoden:
ynsekten: 6g
Crustacea: 300 mg
● Folslein bloed:1 wyb
● Sellen: 106 sellen
| Konk.(ng/μl) | Bedrach (μg) | Purity | Yntegriteit |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel. | Foar planten: RIN≥7.5; Foar bisten: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; beheind of gjin baseline hichte |
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Container: 2 ml sintrifugebuis (Tin folie wurdt net oanrikkemandearre)
Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ferstjoering:
1. Dry-ice: Samples moatte wurde ynpakt yn sekken en begroeven yn droech-iis.
2. RNAstable buizen: RNA samples kinne wurde droege yn RNA stabilisaasje buis (bgl RNAstable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
RNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
Omfettet de folgjende analyze:
● Raw gegevens kwaliteit kontrôle
● Alternative Polyadenylation Analysis (APA)
● Fusion transkript analyze
● Alternative Splicing Analysis
● Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO) analyze
● Roman transkripsje-analyze: foarsizzing fan kodearringssekwinsjes (CDS) en funksjonele annotaasje
● lncRNA-analyze: foarsizzing fan lncRNA en doelen
● MicroSatelite Identification (SSR)
BUSCO analyze
Alternative Splicing Analysis
Alternative Polyadenylation Analysis (APA)
Funksjonele annotaasje fan roman transkripsjes
Ferkenne de foarútgong fasilitearre troch BMKGene's Nanopore mRNA-sekwinsjetsjinsten mei folsleine lingte yn dizze featured publikaasje.
Ma, Y. et al. (2023) 'Fergelykjende analyze fan PacBio en ONT RNA sequencing metoaden foar Nemopilema Nomurai venom identifikaasje', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'The developmental dynamics of the Populus stem transcriptome', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamyske feroaringen yn ascorbinezuurynhâld by fruchtûntwikkeling en rypjen fan Actinidia latifolia (in ascorbate-rike fruitgewaaks) en de assosjearre molekulêre meganismen', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effektive foarsizzing fan biosyntetyske paadgenen belutsen by bioactive polyphyllins yn Parys polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinearre PacBio Iso-Seq en Illumina RNA-Seq-analyze fan' e Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome en Cytochrome P450-genen ', Ynsekten, 14(4), p. 363. doi: 10.3390 / INSECTS14040363 / S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'In enkête fan transkriptomkompleksiteit mei PacBio single-molecule real-time analyze kombineare mei Illumina RNA-sekwinsje foar in better begryp fan ricinoleic acid biosynteze yn Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
